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用汲这次奏疏，完全是对准居正的。在他上疏的时候，居正还没有回朝，内阁诸人，吕调阳在病假中，张四维拟旨，用汲革职为民。居正六月十五日入京，十六日召见，事后会见张四维、马自强、申时行，知道事情原委，这才调出用汲原疏细看。不看犹可，看了增加不少的愤慨。居正随即上疏请求鉴别忠邪。他指明用汲微意所在，只在居正一人；他说用汲底本心，只在离间君臣；他甚至说用汲请皇上独揽乾纲，只是要皇上为刚愎自用之秦始皇，谗害忠良之隋文帝。然后他慨然地说起：夫国之安危，在于所任，今但当论辅臣之贤不贤耳。使以臣为不肖耶，则当亟赐罢黜，别求贤者而任之。如以臣为贤也，皇上以一身居于九重之上，视听翼为，不能独运，不委之于臣而谁委耶？先帝临终，亲执臣手，以皇上见托，今日之事，臣不以天下自任而谁任耶？羁旅微贱之臣，一旦处百僚之上，据鼎铉之任，若不得明主亲信委用，又何以能肩知负重，而得有所展布耶？况今各衙门章奏，无一不经圣览而后发票，及臣等票拟上进，亦无一不请圣裁而后发行，间有特出宸断，出于臣等智虑所不及者：今谓皇上漫不经意，一切委之于臣，何其敢于厚诬皇上耶？臣自受事以来，排赤心以尽忠帝室者，神明知之矣。赖我皇上神圣，臣得以少佐下风，数年之间，纪纲振举，百司奉职，海内之治，庶几小康，此市人田夫，所共歌颂而欣庆者也。今乃曰，“人人尽私，事事尽私，”又何颠倒是非一至此耶？然用汲之言如此也，而意不在此也，其言出于用汲也，而谋不止于用汲也。缘臣赋性愚戆，不能委曲徇人，凡所措画，惟施一概之平；法所当加，亲故不宥，才有可用，疏远不遗；又务综核名实，搜剔隐奸，推炌善良，摧抑浮竞；以是大不便于小人，而倾危躁进之士，游谈失志之徒，又从而鼓煽其间，相与怂恿撺嗾，冒险钓奇，以觊幸于后日，为攫取富贵之计，蓄意积虑，有间辄发；故向者刘台为专擅之论，今者用汲造阿附之言。夫专擅阿附者，人主之所深疑也，日浸月润，铄金销骨，小则使臣冒大嫌而不自安，大则使臣中奇祸而不自保。明主左右，既无亲信重臣，孤立于上，然后呼朋引类，借势乘权，恣其所欲为，纷更变乱，不至于倾复国家不已。此孔子所以恶利口，大舜所以疾谗说也。臣日夜念之，忧心悄悄，故敢不避烦凟，一控于圣明之前，遂以明告于天下之人：臣是顾命大臣，义当以死报国，虽赴蹈汤火，皆所不避，况于毁誉得丧之间！皇上不用臣则已，必欲用臣，臣必不能枉己以徇人；必不能违道以干誉；台省纪纲，必欲振肃；朝廷法令，必欲奉行；奸充之人，必不敢姑息，以挠三尺之公；险躁之士，必不敢引进，以坏国家之事；如有捏造浮言，欲以荧惑上听，紊乱朝政者，必举祖宗之法，请于皇上，而明正其罪。此臣之所以报先帝而忠皇上之职分也。尤望皇上大奋乾断，益普离明，大臣之中，有执法奉公如陈炌者，悉与主持裁断，俾得以各守其职业而无所畏忌，则国是不移而治安永保矣。臣诚不胜怀忠奋义，愤发激切之至。（奏疏八《乞鉴别忠邪以定国是疏》）
奏疏上去以后，奉上谕：
朕践祚之初，方在冲幼，赖卿受遗先帝，尽忠辅佐，以至于今，纪纲振肃，中外乂宁，此实宗社之灵，所共昭鉴。惟是奸邪小人，不得遂其徇私自便之计，假公伺隙，肆为谗谮者，累累有之。览奏，忠义奋激，朕心深切感动。今后如再有讹言侜张，挠乱国是的，朕必遵祖宗法度，置之重典不宥。卿其勿替初心，始终辅朕，仅臻于盛治，用副虚己倚毗至怀。（同上）
居正这次上疏，是一篇独裁者政治立场的宣言。居正有综核名实，整顿纲纪的决心；同样也有修明庶政，安定内外的能力：然而居正采取的政治路线，在当时不是平常的政治路线。他曾经希望穆宗实行独裁政治，现在付诸实行，独裁者便是他自己。居正底路线，实际是从一般的君主政治走向独裁政治，但是对于这一点，居正自己没有意识到。他只觉得这是“报先帝而忠皇上之职分”。其实他那种“皇上以一身居于九重之上，视听翼为，不能独运，不委之于臣而谁委耶”的口吻，从神宗听来，未必怎样悦耳。当然，十六岁的皇帝，谈不到和居正争权，但是事态正在逐日地演变，神宗也正在逐日地长大。独裁者和君主底对立，成为必不可免的结果。假使万历十年，居正不死，我们很难推测他底前途，而居正一死，神宗立即成为他底最大的敌人，从政治关系看，正是最易理解的现象。这一切，在万历初年，神宗、居正都没有看到；而刘台、王用汲这一流人只觉得居正太专擅了，希望神宗给他一些应有的制裁。
九月间，居正母赵夫人入京。司礼太监魏朝一直伴送到京，神宗又命司礼太监李佑出郊慰劳，随即护送赵夫人直至居正私宅。两宫皇太后都派宫中管事太监一同慰劳。不久以后，皇上和太后底赏赐颁下了。皇上赐金累丝镶嵌青红宝石长春花头面一副，银八宝豆叶一百两、红纻丝蟒衣一匹、青纻丝蟒衣一匹、红罗蟒衣一匹、青罗蟒衣一匹、里绢四匹、甜食二盒。仁圣皇太后赐金累丝首饰一副、织金闪色纻丝六表里、荤素盒八副。慈圣皇太后赐金累丝镶嵌青红宝石珍珠花头面一副、珍珠宝石环一双、红罗蟒衣一匹、青公丝蟒衣一匹、红绸蟒衣袄儿、绿膝遥挂惶住⑶嗬偹框掳蓝⒙汤偹堪祷ㄈ挂惶住⒁吮Χ挂度⒚堪健⒒缢睾邪烁薄＞诱屑ぬ榱悖谏鲜璩菩坏氖焙颍灯穑壕滔铮俑恤⑸穑党甲硬桓谊橹舛鳎嘣丶次胖⑹隆Ｓ旮吆瘢┑币菩⒁宰髦遥独遥蚁Ь枨槭住＃ㄗ嗍璋恕缎淮湍甘资蔚任锸琛罚�
赵夫人年龄太高了，而且疾病连绵，没有入宫叩谢，仍由居正至会极门叩头代谢。（见奏疏八《谢两宫圣母疏》及《文忠公行实》）王世贞说神宗和皇太后慰谕居正母子，几用家人礼，假如赵夫人入宫，这是很可能的待遇。
居正底感激，在书续中常时流露。五年十月，他和致仕的王崇古说起：别来一岁中，奔命驱驰，忧瘁万状，重蒙圣主垂念乌鸟私情。老母入京，又荷两宫圣母慰问勤惓，赐赉优渥，夫士感知己之分，一饭之恩，犹欲以死酬报，况如不肖者，将何以仰答圣恩于万一乎？自是当永肩一心，矢死靡他，虽举世非我，亦有所不暇顾矣。（书牍十《答王鉴川》）
在居正归葬、入京的中间，曾经两次和高拱会晤。到十月间，高拱死了。隆庆六年和万历之初，政治界的三大人物是徐阶、高拱和张居正。徐阶是前辈，隆庆元年，年六十四岁，他已经开始感觉到政治生活的厌倦，所以不久便致仕了，剩下高拱、居正。他们是多年的朋友，六年的政敌。在能力方面，他们正是敌手，在性情方面，他们也许有一些不相同，但是这仅是很几微的一点，在大体上，他们是一致的。这样的两个人物，倘使在同一的局面里，他们必然会从摩擦而冲突；但是在不同的局面里，他们也许会从了解而倾慕。隆庆六年六月以后，高拱失败了，他好比一匹负伤的猛兽，回到草莽间呻吟，他那部《病榻遗言》，对于居正加以攻击，原在意中。但是居正对于高拱的情感，从隆庆六年到万历六年，正在不断地移转，道过新郑的访问，流露出内心的好感，在他目中只看到一位二十年的旧交。现在高拱死了，居正写信给他底弟弟，谈到恤典的事：三十年生死之交，一旦遂成永隔，刺心裂肝，痛何可言？犹幸比者天假其便，再奉晤言，使孤契阔之悰，得以少布，而令兄翁亦遂长逝而无憾也。今嗣继既定，吾契且忍痛抑哀，料理家事，至于恤典诸事，须稍从容，俟孤于内廷多方调处，俾上意解释，孤乃具疏以请。旦夕有便，当告之贵省抚、按，托其具奏报也。（书牍十四《答参军高梅庵》）
高拱底嗣子务观确定了，恤典还没有把握。居正是高拱底政敌，但是居正始终没有仇视高拱。仇视高拱的冯保，也还有转圆底余地：最困难的是这一位“十岁孩子”。居正所谓“多方调处”者指此。最后决定由高拱妻张夫人上疏请求恤典，果然神宗拒绝了。
居正这才委婉上疏；
看得高拱赋性愚戇，举动周章，事每任情，果于自用，虽不敢蹈欺主之大恶，然实未有事君之小心，以此误犯天威，死有余戮。但伊昔侍先帝于潜邸，九年有余，犬马微劳，似足以少赎罪戾之万一。皇上永言孝思，凡先帝簪履之遗，犹不忍弃，况系旧臣，必垂轸念；且当其生前，既已宽斧钺之诛，今值殁后，岂复念宿昔之恶？其妻冒昧陈乞，实亦知皇仁天复，圣度海涵，故敢以匹妇不获之微情，仰干鸿造也。……夫保全旧臣，恩礼不替者，国家之盛典也，山藏川纳，记功忘过者，明主之深仁也：故臣等不揣冒昧，妄为代请，不独欲俯存阁臣之体，实冀以仰成圣德，覃布鸿施，又以愧死者，劝生者，使天下之为臣子者，皆知竭忠尽力，以共戴尧舜之君也。（奏疏八《为故大学士高拱乞�