在此基础上，有人又突发奇想，自然界的动物都有自救的本能，朴素原始的医学也应该来自人类相似的本能，于是有了“动物本能说”，而且堂而皇之地成了中医起源的一种解释。
的确，自然界的动植物有许多千奇百怪的本能。有的动物具有很高的预测能力，例如，在中古时代，欧洲有些人如果想知道冬天的长短，往往会用铁锹挖开土拨鼠的洞，看看土拨鼠的存粮情况，如果洞中存粮比往年多，则意味着即将到来的冬天寒冷而且漫长，如果存粮很少，则意味着一个暖冬。一些植物也有预测能力，例如，老乡们常常在春天观察梧桐树的花色，如果花色赤红，则年景必旱；如果花色浅白，则年景必涝。有些植物甚至还懂得历法，梧桐树叶平年为12，遇闰年则为13。
除了以上本能，动物还有自救的本能。中国医书记载，古代人用沾上毒药的弓箭来猎杀老虎，可老虎中毒箭后，会食用清泥来解毒；雉被鹰在空中抓伤后，会飞到地面上，到处找地黄（一味中药），并将地黄叶贴到伤口处。有人曾做过这样一个实验，以礜石毒老鼠，老鼠中毒以后像喝醉了酒，也不怕人，但它们还是会找泥汤处，喝上几口，一会儿就没事了。
现代研究表明，任何一种动物都有一些自救医疗的方法，比如，蛇是冷血动物，但当受到外伤而感染时，它会找到一处太阳光充足的地方，躺下来让阳光直射身体，为的是使体温升高2—3度。美国罗维雷斯研究所的生理学家马特·克鲁格认为：“已经有大量证据表明，支持发热是一种针对感染的防御性适应，在整个动物界已经存在了亿万年之久。”他认为，用药物控制发热，有时反而会使病情加重，甚至致命。他在实验室里搜集了一批重要的证据：当蜥蜴被感染时，会选择一个温暖的地方使体温升高一些，大约20℃左右，如果找不到一个能使体温升高20℃的温暖的地方，则蜥蜴多半会死去。小兔不能自己发热，因此一旦患病，它也会找一个暖和的地方去升高它的体温；成年兔能自行发热，一旦被退烧药阻断，也多半会死去。
然而，动物本能与中医起源有内在逻辑关系吗？我们看不出什么关系，这就好比“风马牛不相及”。如此类比是可笑的。比如说，现代科学新成立了一个学科称为“未来学”，当我们讨论其起源的时候，是否要这样说：未来学起源于动物的本能。因为上面举到的例子中，动物的预测能力并不比人类差。如果将这一类比推广开来，你会得出一个笑破肚皮的结论：人类的所有文明都起源于动物的本能。
再说，直接以植物、动物、矿物入药并非中国所独有，世界其他民族也有，例如，甘草、大黄、食盐、胆矾等，不但中国有，西方国家也有。此外，中国其他少数民族也有自然药物，例如，蒙药323种，藏药404种……这些药物中有许多与中药是相同的。不同的是，汉民族中医的自然药使用，是按照中医的基本理论进行的，在这个意义下，自然药才能称之为“中药”，否则也就无所谓中药了。药，本无中西之分，就看以什么样的原则来使用。
可见，中医的形成一直在理论的指导之下，离开了理论，中国的古代医药就不能称为中医，只能与世界其他民族一样。如此研究，必然会得出中医不存在的结论。
或许有人会说：中医的实践与理论的关系应该是这样的，我们的祖先在长期的实践当中，首先积累了大量自然药物以后，然后才总结发展出了一套精深的理论。所以中国医药称为“中医”是很晚的事，大约在战国以后。而在那以前的漫长历史时期中，中国只有巫医，只有经验医学。
这个观点恐怕是现代学者们的主流观点，它符合渐进的思维模式，也符合常规文明起源的解释。但我们认为它还是不正确的，因为有两个问题它无法解决：
第一、中国医学的历史实践，我们可以凭借甲骨文字形及一些实物考古资料来证实，但中医理论的来源却没有任何资料，战国时期是理论的成书时间、记录时间，绝不是理论发明的时间。所以我们既不能证明实践先于理论，也不能证明理论先于实践。任何的情况都可能存在，这里没有权威。
第二、先实践后理论的观点，没办法解答如下疑问：为什么中医存在简单实践与精深理论的脱节现象？就如同有人用一斤面粉，意外做出了十斤面的馒头。这里又牵连一个问题：中医理论究竟是怎么发明的？中医理论不但在深度上与实践脱节，而且更重要的是我们发现它无法从实践中直接导出，也就是说，中医理论并非建立在实践的原型上。比如，它的藏象理论就与解剖实践彻底脱节，中医五脏并非解剖学上的五脏。
在这样的情况下，我们反而认为，中医理论很可能先于实践，而且简单、直接的实践可能不完全反映理论的所有成就，这源于我们对理论的理解不足。从中医理论与实践的矛盾中，我们再一次看到“动物本能说”的荒唐可笑。
还有一点必须注意，世界许多民族都有自己的传统医学，而且这些传统医学的实践与中医有几分相似之处，可为什么他们没有发明中医学？除印度以外，甚至我们看不到一点点与中医理论相似的痕迹。这一现象的本身就是对“动物本能说”的批判，也是对先实践后理论观点的批判。
早期的巫术与医学
人们常在电影中看到这样的镜头：一个道士手持一柄木剑，直指天空，喝令鬼神，驱逐邪魔，最后口中必定大喝一声“急急如律令”。其实这并非仅仅是道士、巫师的把戏，中国古代的医术也有此项。《素问·移精变气论》曰：“惟其移精变气，可祝而已。”后人称此科为“祝由科”，即是诅咒，“祝由”的本身既是巫术。唐代医圣孙思邈在《千金翼方·禁经》中为我们记载比较详细的情况：“吾为天师祭酒，为天地所使，身佩乾灵之兵千百万亿，在吾前后，罗列左右，何神敢往，何鬼敢当？正神当住，邪鬼速去！急急如律令。”
俄国作家格利格罗维奇在小说《乡村》中曾记有这样一件事：村里的铁匠德隆死去后，经常在村子里出现，吓唬村里的人。后来村长的弟弟看到铁匠在村里闹腾没个完，就刨了铁匠的坟，把他的尸体翻了个身，在背上钉上一个又长又大的白杨钉子。这也是巫术。
巫术在任何一个民族的早期文化中都有印迹，即使到了现代，巫术也没有彻底消失，变成了一些习惯的行为。例如，中国人晚上如果做了恶梦，他会吐口水，同时伴随“呸”的发音。印度人每次打呵欠时，总要用手指向左右两边各弹一下，防止魔鬼乘机进入口中，而西方人则在打完呵欠后要祝福，防止灵魂随气喷出。这些习惯，如果追其根源，都来自巫术。
自然，在古代实施巫术的人就是巫师了，也有的国家将其称为祭祀。其实巫师在古代是一个很特殊的群体，有点像现在的大学教授或专家，他们属于知识分子阶层。由于古代生产能力有限，社会财富不丰富，不可能养活更多的文化人，所以巫师的身份极其复杂，他们既是科学家，也是艺术家、文学家、星占家、哲学家、建筑学家……他们是综合人才，是一切文化的掌握者、传播者。古代帝王的顾问学者只有两类人，一类是史，即是史官；另一类就是巫，而且巫的地位总比史要高一些，《礼记·礼运》记载：“王前巫而后史，卜巫瞽侑，皆在左右。”
因此，中国古代的巫与医是合而为一的，《广雅》在训古医字云：“醫，巫也。”在这个意义上巫医可以合称，故《论语》曰：“人而无恒，不可以作巫医。”甚至有一种说法认为，是巫师创造了医学，古籍中有两条资料可以为证，《世本·作篇》记载：“巫彭作医。”意思是巫彭发明了医学，《说文》也沿用了此说：“古老，巫彭初作医。”有人将这两条资料进一步发挥，得出一个结论：中医学源于巫，巫医同源。甚至有人认为，中医实际上是巫术的副产品，巫师在长期的巫术行为中，一不留神就发明了中医学。
巫师曾经履行过医生的职责，这恐怕没有什么争议。但如果说巫师发明了中医学，恐怕很值得商榷。
首先是资料的问题，关于巫的记载有很多，从《山海经》开始，春秋战国时期的古籍中几乎都有记载，甚至到秦汉时也有记载。但一般资料只说巫与医药有关，如《山海经·海内西经》记载：“开明东有巫彭、巫抵、巫阳、巫履、巫凡、巫相，夹窫窳之尸，皆操不死之药以拒之。”记载中只说巫“操不死之药”，而没有说到巫与医药的具体细节。如此一来，仅这条资料就可以证明许多东西，如道家长生不死之说也往往用它来证明。
其次是巫与医起源的时间。考古学发现，新石器晚期的山顶洞人墓地中，发现一些骸骨上有红色赤铁矿粉末。现代许多学者都用这条资料来证明巫师的起源，并认为这是“朱色辟邪术”的最早源头，由此将巫的起源上推到4万年以前。我们认为这样使用资料不当。中国史籍明确记载，不同部落有不同的颜色偏好，有的喜欢朱红，也有的喜欢白色、还有的喜欢黑色，即使后来有“朱红辟邪”一说，我们也不能肯定出现在山顶洞中的赤铁粉末与此巫术思想有何关联。因此我们认为，此事仅可证明人类灵魂观念的产生，原始宗教的萌芽，而不能证明巫师职业的出现。
据神话记载，在很久以前是没有巫师的，当时天与地是相连的，人与神也是相杂的，根本不需要一个中间环节来沟通。后来天地发生了分离，神与人的关系变得远了，神在天上，而人留在了地上，此时才出现了巫师。最早记载巫师职业的，大约是《山海经》，例如《大荒西经》记载：“大荒之中……有灵山，巫咸、巫即、巫盼、巫彭、巫姑