原理学、中国政治沿革得失、万国政治沿革得失、政治应用学、群学等；考据之学，包括中国经学、史学、万国史学、地理学、数学、格致学等；词章之学，包括中国词章学、外国语言文字学。
这些课程，虽然还是以传统的学术为主干，但与当时专学八股、帖括词章的传统学堂形成了鲜明的对比。在体育方面，除规定上体育课之外，康有为又将体育与习礼结合起来，寓体育于礼仪音乐之中，并举行兵操和射击练习。在弟子们的帮助下，康有为编着了《新学伪经考》和《孔子改制考》，托古改制，宣传今文经说，鼓吹变法维新。起初学生不满20人，后增至100多人，培养出了一批着名的维新变法人才，其中梁启超、麦孟华、徐勤等成为戊戌变法的骨干。1894年，康有为赴北京参加会试，学堂一度停办。1896年后又有短期讲学活动。由于万木草堂明确提出中体西用为办学宗旨，而且采用中西并重的教育内容，对当时的书院教学影响很大。后来梁启超在湖南主讲时务学堂时，基本上承袭了万木草堂的办学精神。
第二，康有为把西方政治资本主义学说同传统儒家思想相结合宣传维新变法，撰写了《新学伪经考》和《孔子改制考》，奠定了资本主义维新派进行变法的理论基础。
第三，梁启超在《时务报》上发表《变法通议》，指出：“法者天下之公器也，变者天下之公理也。”指明变法有四条途径：“其一，像日本，自变；其二，如突厥，他人执其权而代变者也；其三，如印度，见并于一国而代变者也；其四，如波兰，见分于诸国而代变者也。吉凶之故，去就之间，其何择焉？”主张学习日本，迅速变法，避免印度、波兰那样亡国的命运。
第四，发动“公车上书”，使维新思想发展成为爱国救亡的政治运动。1895年，李鸿章跟伊藤博文签订《马关条约》，签完字之后需要两国的皇帝批准，加盖玉玺，用玺之后才能生效，当时日本给的期限是10天。消息传来，康有为正好在北京参加会试，联络各省会试的举人1300多人联名给皇帝上书，康有为在北京南城杨椒山祠写就的上书里说：“闻日本索偿二万万，是使我臣民上下三岁不食乃能给之。若借洋债，合以利息扣折，百年亦无偿理，是自毙之道也。与其以二万万偿日本，何如以二万万外修战备，内变法度哉！”听说日本要赔两亿，我们上至老佛爷，下至小百姓，勒紧裤腰带三年不吃才能给它。要是向洋人借钱，不晓得几时能还清，这是死路一条。要是这两万万自个儿花多爽，你赔它干吗？所以康有为提出拒和、迁都、练兵、变法四项主张。
拒和就是拒不签订《马关条约》。康有为提议迁都到西安去，那个地方离大海远，周秦汉唐历代兴王之地，小日本登陆一定到不了那儿。练兵，练20万精兵，拿2亿两银子练兵、买武器，跟小日本再决一死战。变法，“窃以为今之为治，当以开创之势治天下，不当以守成之势治天下；当以列国并立之势治天下，不当以一统垂裳之势治天下。”康有为引经据典，说《易经》里头说了：穷则变，变则通。董仲舒也说了，为政不调，甚者更张，乃可谓理。要是祖宗的法不能变的话，那么世祖何尝没有变太宗皇帝的法？要是用八贝勒的旧法治天下，那我清朝怎能够长治久安呢？不变法而割祖宗之疆土，到最后亡国，与变法而使宗庙得以继续，孰轻孰重，孰得孰失，皇上必能分辨的。康有为用古圣先贤、列祖列宗的例子说明变法的合理性。这一封上书，皇上是看不到的。朝廷的法度是京官四品以上，地方官三品以上，才有权上折子。否则全国那么多官员，人人给皇上上折子，皇上不得看吐血？清朝每一代皇帝有这种专折奏事权的官员就300多个人，300多人一天给皇上上一折子，300多份折子皇上从早看到晚，你老百姓上折子那不可能。通政使司衙门拒绝代奏，所以皇上没看到。但是此文在报纸上一发表，康、梁火了，成了知识分子的偶像，一夜爆红，名震天下。
第五，创办《中外纪闻》。《中外纪闻》是资产阶级早期政治团体的机关刊物，它登载一些格致有用的书，探讨万国强弱的原因，提出言政敷治的建议，在中国近代政治史、新闻史上有一定地位。后来，这份刊物成为维新派的重要舆论期刊，其前身是《万国公报》，由梁启超、汪大燮任主编，是中国资产阶级政党报刊的萌芽。该报的出版使广大官员和知识分子渐知新法的好处，为改良派政治团体的建立和改良运动的进一步开展创造了有利条件。
格致是中国古代认识论的一个命题，指穷究事物的道理而求得知识。
汪大燮（18601929），原名尧俞，字伯唐，原籍安徽黟县，清光绪十五年（1889年）中举，援例为内阁中书，升侍读，户部郎中，后考入总理衙门章京，以明敏谨慎着称。辛丑和议时，沙俄妄图在山东享受特别权利，汪上书陈述利害，被清廷采纳，拒绝了沙俄的无理要求。1914年，汪任教育总长，明言废除“中医”之举，为近代中国第一次掀起废中医之议。1917年，汪任代理国务总理。同孙宝琪、钱能训合称“三老”。晚年致力于红十字会慈善事业。
第六，成立强学会，又称强学书局，或译书局。入会者众多。袁世凯曾捐银入会。帝师李鸿藻、翁同龢等予以支持。李鸿章也愿捐银2000两入会，因签订《马关条约》名声不好，遭到拒绝。英国传教士李提摩太等也加入强学会。北京强学会成立之后，康有为立即南下南京，游说两江总督张之洞。11月，上海强学会成立。1896年1月12日刊《强学报》，提出开议院的政治主张，倡导维新变法。强学会之后，各地也纷纷组织会社，有湖北质学会、广州圣学会、湖南南学会、广东粤学会、苏州苏学会、陕西味经学会，上海有不缠足会、农学会、译书会、蒙学会等。强学会已具有现代政党的雏形。
李提摩太（18451919），英国浸礼会教士，1870年来到中国，最初他在山东、东北一带传教。积极投入山东、山西的救灾活动，在甲午战争、戊戌变法、义和团运动期间，他积极活动在上层人士中间，曾建议将中国置于英国的“保护”之下。他主持广学会达25年，出版《万国公报》等十几种报刊，通过译介西学，出版刊物，李提摩太影响了许多官员和知识分子。他参与了戊戌变法，被维新派视为精神导师。李提摩太在中国近代外交舞台上也扮演了重要角色。他经常参加中国和列强间的斡旋活动。另外，他还热心中国的教育，创办了山西大学堂，这是中国最早的教会大学之一。1916年，由于健康原因，李提摩太回到英国。着有《亲历晚清四十五年》。
第七，同封建顽固势力论战。论战中的封建顽固势力，包括洋务派。论战主要围绕三方面展开：要不要维新变法；要不要兴民权，实行君主立宪；要不要提倡西学，改革教育制度。中心是要不要让资产阶级参与政权，实行君主立宪制度代替君主专制制度。维新派同封建顽固势力的论战，是近代史上维新与守旧的论战，是资本主义思想与封建主义思想的第一次正面交锋。使一些知识分子开始摆脱封建思想的束缚，推动了维新变法运动的高涨。
第八，德国强占胶州湾，康有为再次上书光绪帝，迅速变法。康有为跟皇上讲，说现在是“万国报馆，议论沸腾，咸以瓜分中国为言，若箭在弦，省括即发。海内惊惶，乱民蠢动……瓜分豆剖，渐露机芽，恐惧回惶，不知死所……恐自尔后，皇上与诸臣虽欲苟安旦夕，歌舞湖山而不可得矣，且恐皇上与诸臣求为长安布衣而不可得矣。自台湾割让后，天下皆知朝廷之不可恃，人无固志，奸宄生心……加以贿赂昏行，暴乱于上，胥役官差，蹙乱于下，乱机遍伏，既无强邻之逼，揭竿斩木，已可忧危。”瓜分豆剖，这个时候渐露机芽，德国能占胶州湾，法国就能占广州湾，英国就能占威海卫，意大利都想租三门湾，中国面临被瓜分，面临着严重的外患。
同时，老百姓内乱，要造反了，所以面临着内忧外患，皇上需要迅速变法。在上书中，康有为围绕召开国会、定宪法的主张，进一步提出变法的上、中、下三策。皇帝仿效彼得大帝和明治天皇，亲自主持大计，宣布变法，是上策；召集有才能的人，共商变法的具体方案和步骤，依次推行，是中策；责成督抚在各省实施新政，是下策。当时康有为中了进士，授官六品工部主事，闲衙冷曹一个小官，皇帝见他不符合规矩，但给了他专折奏事权，你虽然见不着我，你可以给我上折子，你不是让我变吗，咱们怎么变，大变？小变？所以康有为给皇上上了一个《应诏统筹全局折》。
第九，1898年，康有为起草《应诏统筹全局折》，这是资产阶级维新派的施政纲领。在这份折子里，康有为写道：“今天世界上的守旧国家，没有不被分割，不亡国的。被人家割了土地被人民推翻的有波兰；有捞权捞利被举事而亡的缅甸；有亡尽土地，人民还是人民，国家不过徒有虚名的越南；有收利权而后亡的印度；有自己握其权利而慢慢被分割最终亡国的土耳其、埃及。我朝今天没有士，没有兵，没有粮饷，没有船只，没有军械，虽名为国，而土地、铁路、轮船、商务、银行，只要听到洋人一声命令，任凭取之。虽然形式上没有亡国，实际上国已经不存了。以后会是怎样，我不忍心说。看世界各国，都以变法而自强，守旧而亡国。以皇上的聪明，看各国的形势，能变则全，不变则亡，大变则强，小变仍亡。”
康有为还进一步分析，“今之部寺，率皆守旧之官，骤与改革，势实难行”，所以主张“既立制度局总其纲，宜立十二局分其事”，设立法律局、度支局、学校局、农局、工局、商局、铁路