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苏哈托所要对付的最紧迫问题之一，是陆军战略司令部对面的独立广场上的两营部队。他们的倒向很重要。这两营部队曾奉命“保护伟大的革命领袖。”他们是从中爪哇第454营和东爪哇第530营调来参加计划在10月5日举行的建军节阅兵典礼的。他们已在前一天接受了苏哈托的检阅，并没有出现靠不住的迹象。
陆军战略司令部的士兵很快就同这两个营的士兵进行了接触。苏哈托将军亲自和驻守在陆军司令部对面的这两营军官谈话，并告诉他们，翁东中校在苏加诺总统有生命危险的借口下，将利用他们来反对国家的真正利益。经过好几个小时的协商，双方仍然僵持不下。
下午3时，苏哈托表现出强硬姿态。他对这两个营的指挥官发出最后通牒。“我给你们30分钟去集合队伍并投降，否则我将粉碎你们。”在苏哈托的高压威胁下，除第454营的一个连外，这两营军队最后投降了，举起了白旗，放下了武器。
这个连撤到了首都郊外的哈利姆空军基地革命委员会总部。
苏哈托扼要地把情况通报给他在雅加达所能接触到的司令官，包括海军、空军和警察官员。与此同时，他命令雅加达和爪哇以外的司令官让部队处于戒备状态。苏哈托甚至用无线电和远在北苏门答腊棉兰的伊德利斯将军通话，当时他正待命率领该师部队进攻马来西亚。苏哈托要求伊德利斯立即派一个旅到雅加达。后来这个旅按时在10月中旬抵达雅加达，参加了镇压在中爪哇的共产党人的起义。
10月1日下午5时，获得陆军战略司令部告急的消息后，陆军伞兵突击团从首都以南的营地赶来。这支精锐部队的一部分，当时在沙尔沃·艾狄上校的率领下，奉调前往哈利姆空军基地附近的芝利利坦，而该团的一个营则留下来增强陆军战略司令部总部能动用的部队。大约就在这个时候，总部设在万隆的西里万吉师的第一机械化部队到达雅加达。这个精锐师并非第一次奉命镇压共产党的起义。印尼人不会忘记，西里万吉师在镇压1948年共产党领导的茉莉芬起义中起了决定性作用。
只是到这个时候，苏哈托将军才掌握了主动权。下午6时30分，他下令在尽可能不开枪的情况下，占领位于独立广场的印度尼西亚共和国电台和中央邮电局。“我本来在上午就可以用武力占领这两个地方，但我认为引起当时就已在意料之中的流血，那是愚蠢的。我宁愿采取不声不响的行动，所以，大约在下午7时，不用挑起激烈的巷战，我就大体上控制了首都的局势。”
纳苏蒂安将军于下午4时左右来到陆军战略司令部。这就进一步加强了这个反政变的陆军中心的力量。苏哈托上午就已从纳劳蒂安将军一张简短的便条中获悉，这位4星将军脱险的消息。纳苏蒂安脚上缠着绷带，头上也有一些擦伤，看起来疲倦不堪。
1。3 苏加诺总统迂回周旋
9月30日晚上，苏加诺总统在史纳延体育馆举行的全国技术人员协商会议上发表演说之后，大约在当晚11点钟回到独立宫。
他首先冲了个淋浴，因为天气太热，加上他动情地演说，因而出了一身汗。他洗完澡，穿上了宽大的浴衣，这时侍者已端上了茶点，他稍微休息了一会儿，就换上了一件方格衬衫，一条灰色马裤。这是他妻子黛维夫人从日本带回来的。为了迎接她，他特意穿上这身她喜欢的衣服。然后他驱车前往印度尼西亚饭店去接他的日本妻子黛维。而她在苏加诺出席史纳延体育馆会议的时候，已在尼尔哇纳夜总会度过了一段时间。黛维夫人年轻漂亮，具有东方女性的一切魅力。她身穿艳丽的大花连衣裙，一头黑油油的披肩长发，戴着一幅大号变色镜。在苏加诺总统赶来之前，她早已在那里等候了。她抱怨苏加诺来晚了，苏加诺总是笑嘻嘻地表示歉意。然后两人同往史利比区卡托·苏布罗托街黛维夫人的豪华住宅。总统就在那儿过夜。
10月1日上午6时左右，一阵急促的电话铃声把苏加诺从梦中惊醒，他一手按了床头的台灯，离开身边的黛维夫人去接电话。他获得关于市区发生“不寻常事件”和纳苏蒂安将军及莱梅纳部长住宅遭到袭击的第一次报告。当他询问是否可以回到独立宫去时，黛维夫人住宅的警卫人员给予肯定的回答，于是苏加诺在少数警卫人员护送下动身。在前往独立宫途中，到达印度尼西亚饭店附近时，总统接到治安员萨伊兰上校的无线电话，要求总统不要进入独立宫，因为那里很不安全。他要求总统继续前往另一个妻子哈雅梯夫人在格罗戈尔的住宅。
总统在哈雅娣夫人住宅时，接到了更多的消息：将领被绑架、纳苏蒂安将军的女儿受重伤和纳苏蒂安逃走。苏加诺听取了这些报告后说，这些事件对他来说是“太突然了。”然后他问萨伊兰上校：“你认为我应该怎么办？”
萨伊兰没有立即回答。他命令苏巴托少校跟海军、空军和警察部队的司令宫联系，但没有与陆军战略司令部苏哈托联系。最忠于苏加诺总统的苏巴托少校只和部长、空军司令奥马尔·达尼联系后就回到哈雅娣夫人住宅。因为奥马尔·达尼是政变的参与者，他告诉苏巴托，其他地方都不安全，尤其是陆军战略司令部。他说让总统来哈利姆吧，这里最安全。
苏巴托向总统作了汇报后，苏加诺当时也弄不清那一方已控制局势，于是决定去哈利姆。
当苏加诺坐着直升飞机来到哈利姆时，他得到了空军少将奥马尔·达尼和空军准将雷奥·瓦蒂梅纳的欢迎。政变的领导人达尼和苏巴佐准将向总统报告了已经发生的事件。
苏巴佐曾经作为政变一方的代表在上午6时左右到达独立宫，试图会见苏加诺总统，但他没有如愿，两手空空地回到哈利姆。直到上午9时过后不久，他才有机会向总统报告情况。当苏巴佐谈到国防和统筹部长、武装部队参谋长已经逃走时，苏加诺总统的反应是要求弄清情况。苏加诺总统十分同情政变的左翼势力，因为长期以来陆军势力已成尾大不掉的局势，直接威胁苏加诺总统的地位。苏加诺总统对绑架将领的评论是：“在革命过程中发生这样的事情是很自然的。”
同时提醒政变参加者，纳苏蒂安的逃脱可能会产生的影响和后果。
总统的出现对政变者以很大的精神鼓舞，但苏加诺犹豫不决，避免明确表态，这使当时的局势更加混乱。政变者由于准备不足，难以对付苏哈托的攻势。在政变部队即将陷入困境的时候，苏加诺派出第二个使者到达陆军战略司令部。使者在下午7时30分到达，这时苏哈托忙于组织一支特遣部队，准备给空军基地的政变部队以致命的打击。苏哈托和陆军战略司令部仔细研究后，决定继续进行军事准备，同时派遣自己的使者到哈利姆劝总统尽快离开空军基地，因为攻击即将开始。苏加诺由于在国内外享有极高的威望，使苏哈托难以对他下手，也不可能一脚把他踢开。所以他还是作为最高统帅的忠实军官的面目出现。由于作战的需要，陆军战略司令部迁到史纳延体育馆。
苏加诺的到达和派出的使者，并没有能挽救政变失败的命运，因为苏哈托将军牢牢地掌握了军权，他指挥的部队在进一步缩小包围圈。政变的领导人劝苏加诺总统乘飞机到日惹去，总统没有接受，而是听从第二副总理莱梅纳的劝告，在几乎不被人发现的情况下，当晚10点乘小车到达雅加达以南40英里的茂物总统行宫。这时，空军基地便成为政变部队与苏哈托部队冲突的战常进攻哈利姆的特遣部队在陆军伞兵突击团团长沙尔沃·艾狄上校率领下，于10月2日凌晨3时到达空军基地的外围。陆军伞兵突击团的部队、第328古羌营、一个装甲车连和一个坦克连已经作好了进攻的准备。但在冲突前敌对双方用印度尼西亚人传统的方法进行协商。
哈利姆空军基地负责防御的德宛托空军准将和他的对手沙尔沃·艾狄上校，尽力避免在武装部队之间发生流血事件。
德宛托说服沙尔沃·艾狄，前往茂物进行一次最高级协商，因为几小时前苏加诺总统已经离开空军基地到他的茂物行宫去了。当这两位司令官去茂物时，他们的军队继续面对面地对峙着，准备战斗。
在茂物行宫，总统命令在印尼士兵之间避免发生流血冲突。当艾狄带着总统命令回到陆军战略司令部时，苏哈托已完成了他的军事部署。因此他能在下午1时左右离开史纳延陆军战略司令部到茂物去会见总统。苏加诺、苏哈托和武装部队的其他司令官在行宫停留了5个小时。会议期间潜伏着紧张局面，但始终没有发生直接对抗。总统宣布，陆军领导权现在由他掌握。他指定陆军部长第三助理普拉诺托少将临时主持陆军日常工作；同时委任陆军战略司令部司令苏哈托将军“按照我提出的政策负责恢复治安和秩序。”
苏哈托毫无表情地接受了总统以坚定语气表达的意志。
雅加达的许多晨报早已发表了分散陆军领导权的总统命令。
这项消息和陆军情报中心发布的消息互相矛盾。陆军情报中心发布的消息说，“苏哈托少将暂时掌握陆军领导权。”这两项公告的日期都是10月1日。
苏哈托与总统的会谈，越来越陷入困境，尤其反对苏加诺总统分散陆军领导权。他气冲冲地说：“在军队生活中，同时正式任命两个指挥官是从来没有的事。”于是他决定撇开普拉诺托将�