降，斩之，以牢之都督青、兖七州军事。道子又以重利啖桓玄及杨佺期，使讨殷仲堪。玄与佺期等虽喜于朝命，而资仲堪兵势，不得不与之合，乃联名上疏，申理仲堪无罪。乃以桓玄为江州刺史，复以殷仲堪为荆州刺史，敕使回军。
殷仲堪恐桓玄跋扈，乃与杨佺期结婚为援。玄引兵击杀仲堪，与佺期克荆、雍二州，求领荆、雍、江三州牧。朝廷不能违。
朝廷以会稽世子元显为扬州刺史，显性苛刻、生杀任意。
孙恩因民心骚动，自海岛帅其党攻陷会稽，杀内史王凝之，自称征东将军。表奏会稽王道子及世子元显之罪，请诛之。于是内外戒严。朝廷加道子黄钺，命元显领中军，命徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军，以讨孙恩。刘牢之亦发兵讨恩，拜表辄行。琰与牢之转斗而前，所向每克。初，彭城刘裕勇健有大志，以卖履为业，好樗蒲，为乡闾所贱。刘牢之击孙恩，引裕参军事，使将数十人觇贼，遇敌数千人，即迎战击之，从者皆死，裕坠岸下。敌临岸欲下，裕奋长刀仰砍杀数人，乃得登岸，仍大呼逐之，敌皆走，裕所杀伤甚众。刘敬宣怪裕久不返，引兵寻之。见裕独驱数千人，咸共叹息，因进击敌，大破之，斩获千余人。孙恩闻刘牢之引兵济江，驱男女二千余口逃入海岛。
朝廷以谢琰为会稽太守，琰不为武备。孙恩复攻会稽，太守谢琰败死。恩转攻临海，朝廷大震，令兵讨之，不克，以刘裕为下邳太守，讨孙恩于郁州，大破之。孙恩复攻，临海太守景辛击破之。恩所掠三吴男女，死亡殆尽，恩赴海死。其党从死者以百数，谓之水仙。余众数千人，推恩妹夫卢循为主。循神采清秀，雅有才艺，而志存不轨。桓玄欲抚安东土，以循为永嘉太守。循虽受命，而寇暴不已。桓玄表其兄伟为江州刺史，镇夏口。司马刁畅为辅国将军镇襄阳。令其将皇甫敷、冯该戍隘口，厉兵训卒，专伺朝廷之隙。数使人上己符瑞，又致笺于会稽王道子，追论王恭之事，元显大惧。张法顺谓元显曰：“桓玄始得荆州，人心未附，若使刘牢之为前锋，大军继进，玄可取也。”元显以为然，会武昌太守庾楷使人自结于元显，请为内应，元显大喜。遣法顺至京口说牢之，牢之以为难。法顺还谓元显曰：“观牢之言色，必贰于我，不如召入杀之，不尔败人大事。”元显不从，大治水军，以刘牢之为前锋，谯王尚之为后部，讨桓玄。玄闻之大惊，遂举兵反。玄兵至姑熟，刘牢之叛于玄，元显军溃，玄入建康，自为太尉，总百揆，杀元显及谯王尚之等。以刘牢之为会稽内史。牢之曰：“如此殆夺我兵，祸其至矣。”于是大集僚佐，议据江北以讨玄。参军刘袭曰：“事之不可者，莫大于反。将军往年反王恭，近日反司马元显，今复反桓玄，一人三反，何以自立？”语毕，趋出，僚佐多散走。牢之惧，帅部曲北走，至新州，缢而死，道子等皆死。
桓玄初至，黜佞奸，擢贤士，京师欣然，冀得少安。既而奢华纵恣，政令无常，朋党互起，凌侮朝廷。帝几不免饥寒，由是众大失望。玄自为相国，封十郡为楚王，加九锡，未几篡之，即皇帝位，国号楚。废帝为平固王，迁浔阳。玄登座而御床忽陷，群下失色。刘裕从桓修入朝，玄后刘氏有智鉴，谓玄曰：“刘裕龙行怒步，瞻视不凡，恐终不为人下，不如早除之。”
玄曰：“我方平疡中原，非裕莫可用者。俟关河平定，然后别议尔。”刘裕与何无忌同舟还京口，密谋兴复晋室。刘毅家于京口，亦与无忌谋讨玄。无忌曰：“天下草泽之中，非无英雄也。”毅曰：“所见惟有刘下邳。”无忌笑而不答，还以告裕。
遂与毅定谋。无忌夜草檄文，其母刘牢之姐也，密窥之，泣曰：“吾不及东海吕母明矣！汝能如此，吾复何恨？”裕问无忌曰：“急须一府主簿，何由得之？”无忌曰：“无过刘道和。”道和者，东莞刘穆之也。裕即驰信召焉，至则署为主簿。刘裕托以游猎，与何无忌收合徒众，得百余人。诘旦，京口城开，无忌著传诏服，称敕居前，徒众随之齐人，即斩桓修以徇于众。
刘毅复帅壮士直入，斩桓宏，众推刘裕为盟主。玄时忧具特甚，或曰：“刘裕乌合之众，势必无成。”玄曰：“刘裕足为一世之雄。刘裕家无担石之储，樗蒲一掷百万。何无忌酷似其舅，共举大事。何谓无成？”玄欲复舟山，按兵坚阵以待之，桓谦等固请战。遂与裕战于复舟山，裕大破之。裕与刘毅等分为数队并进，裕拭身先之，裕军与玄枭将吴甫之遇于江东，斩之，进与玄将皇甫敷战，又斩之。将士皆殊死战，无不一当百，呼声震动天地。时长北风急，因纵火焚之，烟火冲天，鼓噪之音震动京邑，诸军大溃。玄率亲信数千人，趋走石头城。裕入建康，率百官奉迎乘舆，诛桓玄宗族之在建康者。裕至建康，诸大处分皆委于刘穆之，仓笋立定，无不允惬。时晋政宽弛，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙。穆之斟酌时宜，随方矫正。裕以身先物，戚禁内外，百官肃然。刘毅等与玄战于峥嵘州，大破之。玄复挟帝入江陵，宁州督护冯迁迎击之，抽刀而前。玄曰：“汝何人？敢杀天子。”迁曰：“我杀天子之贼耳。”遂斩之。乘舆反止于江陵。毅等传送玄首，枭于大桁，诛诸桓氏，特宥桓冲之孙孕。安帝至建康，以刘裕都督中拜渚军事，出镇京口。以卢循为广州刺史，循遣使贡献，遗刘裕益智棕，裕报以续命汤。时扬州刺史王猛卒，刘毅等不欲裕入辅政，议以谢琨为扬州刺史。穆之密白裕曰：“晋命已移，公勋高位重，岂得遂为守藩将耶。扬州根本所系，不可假人。”裕从之，遂自领扬州牧。刘裕抗表伐南燕，南燕起没见二十四回。
初，苻氏之败，王猛、孙镇恶来奔，骑射不能及人，而有谋略，善果断，或荐于裕，与语悦之，曰：“吾闻将门有将，信然。”裕帅舟师自淮入泗，南燕主超召群臣会议。公孙五楼曰：“吴兵轻入，利在速战。宜据大岘，使不得入。沮其锐气，坚壁清野。简精骑，循海而南，绝其粮道。敕段晖帅兖州之众，缘山东下，腹背击之。”超不从。裕过大山，举手指天，喜形于色。左右曰：“公未见敌而先喜，何也？”裕曰：“兵已过险，士有必死之士，余粮栖亩，人无匮乏之忧，虏入吾掌中矣。”
进与蒸兵战于临朐，燕众大败，斩段晖等十余人，超遁还广固。
广固，今在山东青州府城北。裕乘胜逐北至广固，克其大城。
超收众入保小城，裕筑长围守之。北方之民，执兵负粮归裕者，日以千计。南燕内城久不下，裕悉众攻之。南燕尚书悦寿开门纳晋师，超突围出走，追获之，送超诣建康，斩之。初，卢循之姐夫徐道复向刘裕北伐，劝循乘虚袭建康，循从之。朝廷急征刘裕，裕方议留镇下邳，经营司雍。会诏书，引兵还，以船载辎重，自帅精锐步卒归。至山阳，闻何无忌败死，虑京邑失守，卷甲兼行，将济江，风急，众咸难之。裕曰：“若天命助国，风当自息，不然覆溺何害。”即命登舟，舟移而风止。及至建康，毅与卢循战于桑落州，毅兵大败。卢循至淮口，中外戒严。裕谓将佐曰：“贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且避之。若回泊西岸，此成擒耳。”循回泊西岸，裕率众齐力击循，循大败走，趋豫章，收散卒径还番禺，奔交州。刺史杜慧度羽斩之，送首建康。刘裕帅师袭荆州，杀都督刘毅，又杀豫州刺史诸葛长民。又击并州司马休之，休之奔后秦。太尉裕戒严，将伐后秦。后秦起没见二十四回。刘穆之为左右仆射，总摄内外。穆之决断如流，宾客满座，求诉百端，目览词讼，手答书笺，耳行听受，口并酬应，不相参涉，悉皆瞻举。裕发建康，遣王镇恶、檀济、沈田子等，数路并进。王镇恶、檀道济所向皆捷，进逼洛阳，克之。裕至潼关，秦主泓使姚丕守渭桥，王镇恶大破之于渭，泓兵不战而溃，单马还宫，将妻子群臣诣王镇恶军门降。王恶抚慰，号令严明，百姓安堵。太尉裕入长安，送姚泓诣建康斩之。裕留于长安，经略西北，而诸将士皆久役思归。会刘穆之卒，裕以根本无托，遂决意东还。乃以次子桂阳公义真都督雍、梁、秦三州诸军事。义真时年十二，以王镇恶为司马。是役也，镇恶之功为多。田子等忌之，屡言镇恶家在关中，不可保信。裕曰：“古语云：猛兽不如孤群。卿等十余人，何惧镇恶？”
裕发长安，自洛入河，开汴渠而归。夏主赫连勃勃闻之大喜。使其子赫连王贵帅骑二万向长安，勃勃自将大军为后继。
沈田子将兵拒之，畏其众盛，不敢进。王镇恶闻之，曰：“公以十岁儿付吾，当共竭力。而拥兵不进，贼何由得败乎？”遂与田子俱出。田子与镇恶素有相图之志，至是益忿惧。勃勃独惧镇恶一人，闻二人不协，使人大播谣言，言镇恶欲尽杀南人，据关中反。田子遂请镇恶至营中计事，矫称太尉刘裕之令斩之。
义真与王修被甲登门，以察其变。修执田子，数以专戮而斩之。
勃勃进据咸阳，长安樵采路绝。裕闻之，召义真东归，以朱龄石代镇长安。赫连王贵帅众三万追义真，力战数日。晋兵大败，义真仅得免归。勃勃克长安，朱龄石欲奔还，至潼关，夏兵追执送长安，勃勃杀之。宋公刘裕以谶文云：昌明之后，尚有二帝。及使中书侍郎王韶之与帝左右密谋弑帝，而立文德。文德常在帝左右，韶之不得间。会文德有疾出居于外，韶之以散衣缢帝于东堂，安帝在位二十二年而被杀。
裕因称遗诏，奉帝母弟琅琊王文德即位，是为恭帝。宋公裕进爵为王，移镇寿阳。宋王裕欲受禅，而难于发言，乃集群臣宴饮，从容言曰：“桓玄篡位，鼎命已移。我倡义兴复，功成业著，遂荷九锡。今年将衰暮，物忌盛