亲饯景隆于江浒，召耿炳文还京师。李景隆乘传至德州，收集耿炳文败亡将卒，并调各路军马五十万，进营于河间。燕王闻之。呼景隆小字曰：“李九江膏梁竖子耳，寡谋而骄，未尝习兵，付以五十万众，是自坑之也。”乃谋出外以诱之。
初，太祖诸子，燕王善战，宁王善谋。帝恐宁王与燕合，诏削宁王三护卫，燕王闻之喜曰：“取大宁必矣。”乃遣宁王书，告以穷蹙求解，而阴帅师趋大宁，驻师城外。燕王单骑入城会宁王，执手大恸，言北平旦夕且破，非吾弟表奏，吾死矣。宁王为草表谢，请赦其罪。居数日，情好甚洽，燕王辞去。宁王出饯郊外，伏兵起，遂拥宁王及妃妾、世子、宝货还北平。
李景隆闻燕师攻大宁，遂帅师进攻北平。都督瞿能奋勇，与其二子率精骑千余，杀人张掖门，城几破。景隆忌其成功，使人止之。于是城中守益坚，燕王以拔大宁之兵，还击之。城中兵亦出，内外夹攻，景隆不能支，遂败。走还德州。黄子澄等匿不以闻，但云天寒，暂屯德州，俟明春大举。
二年四月，景隆又自德州进兵，过河间，与郭英、吴杰等合军六十万，号百万，次于白沟河，与靖难兵合战，都督平安、瞿能父子率众奋击，矢石如雨，杀伤甚众。南军飞矢如注，射燕王马，马三被枪，三易之，马却，阻于堤，几为瞿能所及。
燕王急走登堤，佯麾鞭，若招后继者。景隆疑有伏，不敢上堤，会旋风忽起，折南军大将旗，南军大乱，崩声如雷，瞿能父子力战而死。燕王因命每次风纵火，焚其诸营。于是郭英等溃而西，景隆溃而南，被杀溺死者二十余万人。靖难兵入德州，燕王帅师围济南，山东参政铁铉、统兵盛庸等悉力抗御，大挫燕兵。燕王命决堤水灌城，城中大惧。铉曰：“无恐。”乃诈令军民出降，请燕王无带多兵入城。王大喜，许之，遂止灌。铉定计，伏以炮击城。城将破，铉书高皇帝神牌悬城上，燕兵不敢击。燕兵围济南三月，不能破。因勇士开门侯王入，悬铁板伏城上，下之。发太早中燕王马首，王惊，易马而驰。王大怒，乃解去。铁铉、盛庸等乘势复德州，兵势稍振。上召李景隆还，以铁铉为兵部尚书，盛庸为平燕将军，以御北军。熬王率兵至汶上，掠济宁，盛庸、铁铉蹑其后，营于东昌，燕兵向东昌，庸与铉等背城而阵，具列火器毒弩以待。燕军至，即鼓噪前薄之，尽为火器所伤。会平安兵至，与庸军合，于是庸麾兵大战。
燕王以精骑冲左翼，入中坚，庸军围燕王数重。朱能率藩骑冲入，奋力死战，翼热王出。张玉不知王出，突入阵救之，没于阵。庸军乘胜擒斩万余人。蒸兵大败，遂北奔。庸促兵追之，击杀无算。燕王独以一骑殿后，追者数百人，诸将以奉帝诏，莫敢加刃。适高煦领指挥华聚等至，击退庸兵而去。北平大震，僧道衍谓燕王曰：“前固已言之，师行必克，但费两日耳。两日，昌字也，自此全胜矣。”与朱能力劝复起兵前进。燕王自撰文，祭阵亡将士张玉等，涕零如雨，自褫所服袍焚之，以衣亡者。引兵而前。盛庸及靖难兵大战于夹河，忽东北风大起，尘埃障天，庸军中昏暗，不辨咫尺。燕兵大呼，乘风纵击，庸军大败，踏践死者无箅，遂还保德州。燕王遣都指挥李远烧南军积聚。远等至济宁，焚粮船数万艘，粮数百里，军资器械俱为煨烬。德州粮饷遂艰，京师大震。
燕王棣发北平，决计直趋金陵，帅师南下，陷东阿，入沛县。平安等与燕兵战于淝河，燕设伏以败南军。安骁将火耳灰者、哈三帖木耳俱被擒。平安退屯宿州。燕兵陷萧县，总兵何福、都督平安等师屯灵璧。上命徐辉祖帅师会何福等，与靖难兵大战于齐眉山。何福击破燕军，斩燕将陈文于阵。平安转战而前，遇燕王于北阪。王急，几为安槊所及，安马忽蹶，不得前。燕番骑指挥王骐跃入阵，援燕王得脱。南军勇气百倍，一时传言靖难兵败北归。廷臣有曰：“燕兵北矣，京师不可无兵。”
乃召徐辉祖还京。何福孤军无援，燕遣轻骑截南军粮饷，何福下令，移营灵壁以就粮。燕兵劫粮，平安等帅师救之。为燕伏兵所败。何福、平安等入营坚守，燕兵围之。是夜，福下令，期明日闻炮三声，即突围出师，就粮于淮河。明日未旦，燕军攻灵壁营，燕王帅诸将先登，军士蚁附而上：燕兵三震炮，福军误以为己炮，急趋门，门塞不得出，营中纷扰，燕兵急攻之，遂破其营。何福遁走，平安被执，南军势益衰。
时驸马都尉梅殷，尚高帝长公主，镇守淮安，悉心防御。
燕王来假道，殷拒之甚严。燕王不得道，乃渡泅水，攻盛庸。
盛庸帅马步兵数万，战舰数千，列营南岸。燕王令舷舟编筏，扬旗鼓噪，若将渡者。潜遣邱福、朱能、狗儿等西行二十里，以小舟潜渡出庸后，渐近庸营，连举炮，南军惊走。庸股栗，不能上马，遂单舸脱去。燕兵尽得其战舰，渡淮驻南岸，樊士信死之。燕兵陷盱眙天长，进至扬州，守将崇刚、监察御史王彬死之。燕兵至高邮，遂陷仪真。诏天下勤王。仪真既破，北舟往来江上，旗鼓蔽天。燕王驻师江北，朝廷六卿大臣多为自全计，求出守城，都城空虚，遣使四出，征兵勤王。
方孝孺请于帝，以吕太后命，遣庆城郡主如燕师议和，以割地分南北为请。郡主，燕王从姐也。燕王见郡主哭，郡主亦哭。燕王问：“周齐二安在？”郡主言：“周王召还，未复爵，齐王仍拘囚。”燕王悲不自胜。郡主徐申割地议，燕王曰：“凡所以来，为奸臣耳。皇考所分吾地，且不能保，安望割也。为我谢天子，吾与上至亲，无他意，但得奸臣之后，谒孝陵，朝天，求复典章之旧，免诸王之罪，即还北平，只奉藩辅。更为我语诸弟妹，吾几不免，赖宗庙神灵，相见有日矣。”郡主还，具言之。上出与方孝孺议，孝孺曰：“长江天堑，但尽烧江北船，北师岂能飞渡耶！”燕王兵至浦子口，盛庸诸将逆战，败之。会高煦引北骑至，燕王大喜，抚煦背曰：“勉之，世子多疾，事成，吾以汝为太子。”于是煦殊死战。燕王帅精骑直冲庸阵，庸军小却。帝遣都督佥事陈瑄，帅舟师往援盛庸，瑄乃降燕。埴具舟至江上，来迎热王，王乃誓师渡江。庸所驻海艘，列兵沿江，上下二百里，皆大惊愕。师渐近岸，庸等整众以御。
燕王麾诸将鼓噪先登，以精骑数百冲庸军，溃，迫奔数十里，庸单骑走，余将士皆降燕。燕兵招降镇江而进，方孝孺请令诸王分守城门。乃命谷王穗、安王楹分守都城门，帝会群臣恸哭。
或劝帝且幸浙，或曰不如幸湖湘。方孝孺请坚守京城以待援。
万一不利，车驾幸蜀，收集士马，以图后举。齐泰奔广德州，黄于澄奔苏州。帝叹息曰：“事出汝辈，而今皆弃我去乎！”长吁不已，燕王整兵而进，屯金川门。时谷王穗与李景隆守金川门，遂开门降。魏国公徐辉祖率师迎战，败绩。京城破。朝中文武俱迎降。帝命左右摔徐增寿至，盖增寿通燕，时为燕地，以致帝败也。帝大恨，责以大义，遂手刃之。急命举火焚大内，皇后马氏赴火死。上欲自杀，翰林院编修程济曰：“不如出亡。”
少监王钺跪进曰：“昔高帝升遐时，有遗箧，曰临大难可开，谨收藏奉先殿之左。”群臣齐言：“急出之。”俄而舁一红箧至，四围俱固以铁，二锁亦灌以铁，帝见而大恸。程济急碎箧，得度牒三张，一名应文，一名应能，一名应贤，袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀俱备，白金十锭，朱书箧内：“应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮会于神乐观之西房。”帝曰：“数也。”程济即为帝祝发，吴王教授杨应能愿祝发随亡。监察御史叶希贤曰：“臣名贤，应贤无疑。”亦祝发，各易衣披牒，凡五六十人，俱矢从亡。帝曰：“多人不能无生，得失宜各从便。”九人从帝至鬼门，而一舟舣岸，为神乐观道士王升，见帝叩头称万岁，曰：“臣固知陛下之来也。畴昔之夜，高皇帝见梦，令臣至此耳。”乃乘舟至太平门。升导至观，已薄暮矣。俄而，杨应能、叶希贤等十三人同至，共二十四人。帝曰：“今后但以师弟称呼，不必拘主臣礼也。”约定左右不离者三人，杨应能、叶希贤俱称比丘，程济称道人，给运衣食者六人，冯凗、郭节、宋和、赵天泰、王之臣、牛景先；余俱遥为应援。黎明，取道溧阳而去。帝在位四年。孝敬宽和，仁慈节俭，尊贤礼士，一时风俗醇厚，天下共爱戴之。惜乎拘泥古礼，擅改祖制，庸腐拘执，无驾驭雄才，遂及于难。
初，帝在官分别时，兵部侍郎廖永请于帝。匿帝长于文煃以去，寄于黎平土司曾长官家，遂姓曾氏。平以少妹妻之。其后复姓朱氏，至后嗣繁衍。帝遁后，先入蜀，未几入滇。尝往来浙东、天台、广西、云贵诸寺中。正统五年，出滇南，语寺僧曰：“我建文皇帝也。”寺僧大惧。白思恩州官，转迎至藩司堂，南面跌坐，身称原姓名。送至京，朝廷命当时太监吴亮审视，建文帝一见亮，辄曰：“汝非吴亮耶？”亮曰：“非也。”
建文帝曰：“吾昔御便殿，食子鹅，赐汝肉，汝手执壶，我弃肉于地，汝据地，狗餂之，乃云非是耶？”亮伏地哭。建文左趾有黑痣，摩视之，持其踵复哭，不能仰视，退而自经。于是迎建文入西内，宫中人俱呼为老佛。程济闻之，乃散去。建文帝二十六岁出亡，归京时，年六十四岁，后以寿终，葬于西山。
不封不树，此是后话。时京城既破，诸王及文武臣僚，皆诣燕王劝进。燕王命驾谒孝陵毕，然后入城。七月朔旦，大祀天地于南郊，遂诣奉天殿即皇帝位，是为太宗文皇帝。诏是年仍称洪武三十五年，以明年为永乐元年。复周王橚、齐王榑封爵，清官三日，诸宫人女官内官多诛