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大学士徐阶等宣遗诏，请上第三子裕王载厔即位，是为穆宗庄皇帝，改元隆庆。立妃陈氏为皇后，追录先朝忠谏诸臣杨继盛、沈炼等，并复职赠荫谕祭，复海瑞官。追赠王守仁为新建侯，谥文成。诸方士伏诛。以张居正为大学士，徐阶致仕，以高拱为内阁大学士。北敌俺答孙把汉那吉者，酋妇所钟爱也，因小忿，率其仆阿力哥等来降，总督王崇古纳之。边吏大哗，以为不可，崇古不听，以闻于朝，廷臣喧然，以为不可，御史叶梦熊争之尤力。上曰：“慕义来降，宜加奖励。”以把汉那吉为指挥使，阿力哥为五千户，备赐衣一袭。俺答妻恐中国杀其孙，日夜怨俺答，俺答亦自悔，遂拥众十万压境，崇古令人谕以国恩，县邀其缚叛人示信。俺答夫妇感且愧曰：“汉乃肯全吾孙，吾且啮臂盟，世世服属，何有于叛人？”遂定盟，通贡市马，执赵全等来献，崇古遣那吉归。诏封俺答为顺义王，以功进王崇古为兵部尚书，世袭锦衣千户。五月，上不豫，既而大渐，召阁臣高拱、张居正、高仪至乾清官，受顾命。翌日上崩。在位六年，寿三十六岁。上宽仁大度，勤俭爱民，留心边事，处置咸宜，足称令主。及崩，太子翊钧即位，年方十岁，是为神宗显皇帝。以明年为万历元年。
时，太监冯保方居中用事，张居正乃结保以自固。首相高拱谋逐冯保，反为冯保所逐。未几，高仪亦病卒，而居正哀然首辅矣。上早期，出乾清官，见一无须男子，伪作宦者状，袖有佩刀，趋走惶遽，左右执之。冯保立鞫之。对曰：“我是南兵，名王大臣，自总兵戚继光所来。”张居正因密语冯保曰：“可借以除高氏。”因教之言：“高相君怨望，使来行刺，愿先首免罪。”群臣俱忿忿不平。及会审，风霾，天晦，雨雹，杂治王大臣，王大臣不能堪，冯保问曰：“谁主使者？”大臣曰：“尔教我言高相公主使。”冯保惧，遂罢审。已而王大臣中毒，哑不能言，遂处斩，自是居正威望日重矣。居正虽内结冯保以，自固，然性深沉，多智数，亦不甚贪财，而能辅上以正。请帝日御经筵，又进《帝鉴图说》，进《讲章》，进《宝训》、《实录》等类，以辅成君德。又信赏必罚，知人善任，赈饥荒，蠲积逋，动合机宜。灭岭东贼兰一清。又两浙兵民乱，命张佳允视师两浙，遂不动声色而乱平。于治河，则用潘季驯；于治兵，则用李成梁、戚继光等，天下大治。而刘台等犹劾其专权。张居正以父丧去位，帝手诏慰留之。吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝、邹元标等，交章劾居正忘亲贪位。居正大怒。上俱杖谪之。居正在丧次，凡阁中事，令吏赍奏，就拟处分，手诏称元辅，称太师，称先生，慰谕甚至。六年五月，帝始冠。三月，立妃王氏为后。十年六月，大学士张居正卒。上震悼辍朝，遣司礼太监张诚监护丧事，赐赙甚厚。两宫太后及中宫，俱赐金币。赐祭十六坛，赠上柱国，谥文忠。未几，废司礼监冯保南京闲住，冯保每裁抑中贵，毋与朝政，内侍多怨之；又每辅上以正，上亦恨之，故坐贬。
时潞王婚礼，所需珠宝未备，太后以为言，上曰：“办此不难，年来廷臣无耻，尽献张、冯二家耳。”于是御史羊可立追论居正罪恶。一时攻之者锐气不可解。诏夺张居正封诰赠谥，籍没其家。家财不甚丰，株连颇多，荆州骚动。其长子敬修不胜刑，自缢死。其弟张居易，次子张嗣修，及张顺、张书等，俱发烟瘴地面充军。刑部尚书潘季驯上言：“居正家产奉旨抄没，国法已正，众愤已平。但其八旬老母衣食不周，子孙死亡相继，殊失罪人不孥之意。”上恻然，乃诏有司保全之。自是大臣无敢实心任事者矣。以申时行、王锡爵入阁办事，天下亦治。及张位秉政，奸人史锦、王君锡等请开矿。二十四年冬，张位以为天地自然之利可益国，无病民，采之便，于是遣太监张忠往山西，曹金往两浙，赵钦往陕西，鲁坤往河南，一时各遣内官四出开矿。编富民为矿头，而矿实无银，勒民间纳银以代税，违者即破其家。遣内监采木于川、贵、湖广间，又遣内监开皇店于各处。又命内监采珠于广州，兼征市舶，又设福建市舶，又命采云南大理石。诸内监各处肆虐，民不堪命。临清民变，殴税使马堂几死。税监陈奉勒居民黄金，拷及妇人，并拘钟祥知县邹尧弼，远近大震。武昌民变，逐陈奉。奉匿楚府中，从执奉左右六人投之江。有旨降知府、知县为民。太监孙隆采税浙江，驻苏州，激变市人，饥民倡义，杀其委官七人。
抚按诘乱民有葛成者，独引服，不及其余，下狱论死。云南矿务太监杨荣，恣行威福，杖毙数千人。榜掠指挥樊高明等，指挥贺世勋、韩光大倡众杀荣，焚其署，徒众辎重皆为灰烬。事闻上，怒不食，曰：“荣不足惜，何纪纲顿废至此。”于是世勋下狱死，光大戍边。御史况上进、王立贤，给事中杨应文、包见捷、田大益，刑部侍郎吕坤，礼部侍郎冯琦、郭正域，户部尚书赵世卿，辅臣朱赓，皆上章极言矿使之为害。勿听。凤阳巡抚李三才上疏，言：“矿税繁兴，万民失业，千里之区，中使四布；加以无赖亡命，附翼虎狼，沿途掘坟，得财方止。奸淫子女，侮官虐民，圣心安乎？不安乎？试观朝廷有如此政令，天下有如此景象而不乱者哉？”不报。
历来朝鲜国（即高丽国）与辽东接壤，舆地六千里，饶庶有华风，时国王李日公，湎于酒，而倭酋关白平秀吉、起人奴篡立，以枭雄据六十六州。倭酋，即日本，关白，犹华言宰相也。
平秀吉闻朝鲜驰备，遂攻陷之。李日公奔辽东求救，上以其修贡谨，遣总兵祖承训率兵渡鸭绿江援之。攻平壤，失利。上复遣宋应昌为经略，李如松为大将，援之，遂败倭酋于平壤，而明师精锐亦多丧。会倭酋遣使请朝贡，于是群议急图休息，遂撤兵还。朝廷以李宗城充正使，杨方亨为副使。封日本平秀吉为王。宗城经行之处，在在索赂，次对马岛，太守义智饰美女更番纳行幄中，宗城安之。宗城闻义智妻美，必欲淫之。义智大怒，诳其左右曰：“倭将有变。”宗城惧，遂弃玺书逃回。事闻，下宗城于狱，乃改杨方亨为正使，沈惟敬为副使。倭酋复攻陷朝鲜，上复命邢玠为经略，杨镐为经理，以麻贵、刘綎为将军讨之。凡三年，平秀吉死，倭酋陆续遁归。麻贵、刘綎等分道进兵追击，破之，擒乎秀、政平、正成等。二十六年，南海遂平。
二十七年，四川播州宣慰司杨应龙（即北宋扬业后也） ，置关据险，劫掠州县，令诸苗对父奸女，面夫淫妻，或令妇女裸体高卧，用团头箭射中其阴，以为乐；或烧蛇入妇女阴中，使之号叫踊跳，以至人蛇俱毙。蜀臣奏闻，上命将军刘綎等发兵讨之。刘綎率将士，分道并进。应龙子杨朝栋，统苗兵数万迎敌，官军夹攻，大败之，退守关险。刘綎从间道攀援直入娄山关，营火烛天。应龙大惧，遂同二爱妾阖室缢死。擒其妻子，献俘阙下，遂以其地为遵义、平越二府。时有姚安知府李贽，寄居麻城，谓大道不分男女，作观音问，引诱士人妻女归教，用邪术掩人耳目，诡言入房中传道，白日行淫。诏逮系狱，贽自经死。又有凤阳人刘天叙，与其党抬一小佛像，历乡村募化，妄言有法术，能指天天开，画地地陷，且能积压人生三世事。
引诱愚人妇女为徒，择美少妇女，声言传道，即携去行淫。聚徒万余人，遂谋反，将据城僭号。有司捕擒之，诏为首者磔，为从者斩。
初，申时行为相，性宽平，所斥必旋加拔擢。至是沈一贯为相，以才自许，不为人下。文选司郎中顾宪成，以言事被谪，归讲学于东林，故杨时书院也。孙丕扬、邹元标、赵南星等，以蹇谔自负，每与政府相持，皆附之。而宪成讲学，天下趋之。
结淮抚李三才党，更相倾轧，垂五十年。上晚年，因有足疾，高居深宫，惟宠郑贵妃，全置国事于不理。于遥执朝政，号东林党。而沈一贯持权求胜，附一贯者，科道亦有其人，号为浙党。其后二奏疏，概留中，无所处分，惟言路所纠，其人不待旨，竟罢去。于是台省之势，积重不返，有齐、楚、浙三方鼎峙之名。诸臣结党相攻，章奏日烦，上皆不理，甚至告老乞休表章亦不发。诸臣不待命，竟归。诸司员缺，皆不补官，镇抚司缺理刑官，日久无人问断。监犯淹系死亡，家属中百余人，聚哭长安门。辅相不问是非贤否，俱为言官所劾，乃以摸棱为工。群臣但为己私，不复为国，南北科道互相攻诋，纷如聚讼。
户部库银，现存止八万两，国事大坏，天下将亡。
大清太祖高皇帝崛起东方，戊午正月，改万历四十六年为天命元年，帝王历数，已有所归。今且将明朝之事叙完。
大清兵入抚顺，大败明师。明以杨镐为兵部右侍郎，经略辽东。明神宗恐师老财匮，下廷议。于是大学土方从哲，兵部尚书黄嘉善，兵科赵兴邦等，发红旗，趋杨镐进兵。镐不得已，分四路出师，计胜兵十余万。命马林督金台失兵攻北路；命杜松攻西路；李如柏攻南路；刘綎督朝鲜兵攻东路。时蚩尤旗现，长竟天；又彗见东方，星陨地震，识者知为败征。四十七年正月十九日出兵，值大雪，兵不前，师期泄。杜松欲立首功，越五岭关，先期抵浑河，既渡遇伏，杜松血战，力竭而死，兵无存者。马林由三岔堡，抵二道关，闻松败，结营自固。清兵乘胜攻之，林败，游击麻岩死之。�