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马利诺会议以后不久，在8 月13日，沙里尔重新行使其共和国总理的职权。这时为了吸收一些马斯友美党的成员进入共和国内阁，内阁进行了改组。虽然马斯友美党人的加入，毫无疑问是有利于共和国的统一事业的，但是他们反对荷兰的倾向，对同荷兰政府达成协议来说，却是一个新阻碍。再则，荷兰与印度尼西亚武装部队在爪哇和苏门答腊继续发生摩擦；为了报复“盟军的进攻行动”，印度尼西亚共和国于7 月24日停止对被拘留者的撤退工作，被拘留者有三万人仍留在共和国手中，结果使得营救工作停顿了两个月。
1946年8 月，荷兰议会通过法律，决定设立一个总委员会代表政府，同印度尼西亚共和国谈判；这个委员会被授予很大的权力，它不必象范穆克那样经常需要向海牙请示。从荷兰派来的总委员会的三个成员，即舍默尔霍256 恩、前总理范波尔和前荷兰海运公司董事德博尔，于9 月17日到达巴达维亚，在那里与另一个成员范穆克会合。英国政府方面委派它在东南亚的特别专员基勒恩勋爵作为调停人。基勒恩勋爵访问了爪哇，安排从9 月27日开始继续撤退被拘留人员。他同印度尼西亚共和派和荷兰人都进行了讨论，10月间，他主持了由沙里尔率领的共和国代表团和荷兰总委员会之间的会议。此外，成立了三方面的停战委员会，10月14日，该委员会同意，现有的军事部署应予保持，各个方面的部队不应该增加到超过他们的现有人数，联合委员会在条件可能时，应尽快发布停火令。实际上，停火令是在11月4 日发布的。
政治谈判要求各有关方面具有高度的政治家气派。共和派现在不得不至少暂时放弃建立单一的印度尼西亚国的任何希望，不得不承认有必要成立联邦，其中大部分外省将组成不同于共和国而与共和国具有平等地位的成员国；但是他们不准备接受在马利诺会议上制定的原则，即苏门答腊应该脱离爪哇。荷兰人表示愿意承认这一点。在井里汶附近的林芽椰蒂的会议上达成了一项协定。
林芽椰蒂协定于1946年11月15日草签，其条文中包括下列各条：
（1 ）荷兰承认印度尼西亚共和国在爪哇、马都拉和苏门答腊的事实上的政权；这些岛上由荷兰或其他盟国部队占领的地区将逐步移交给共和国，移交过程将于1949年1 月1 日前完成。
（2 ）荷兰与共和国政府将合作建立一个以联邦为基础的独立自主的民主国家，称为“印度尼西亚合众国”，它将在1949年1 月1 日前建立。
（3 ）印度尼西亚合众国将由三个邦组成，即共和国、婆罗洲和大东；这无损于各邦有权经过民主程序决定不进入联邦而和印度尼西亚合众国及荷兰建立一种特殊的关系，也无损于各邦有权决定对其在印度尼西亚合众国中的地位作出不同的安排。
（4 ）荷兰与共和国同意合作建立荷兰—印度尼西亚联邦，由王国（包括荷兰、苏利南和库拉索）和印度尼西亚合众国组成；这个荷兰… 印度尼西亚联邦将在1949年1 月1 日前建立。257 （5 ）荷兰… 印度尼西亚联邦将有自己的机构处理有关共同利益的事务，诸如外交、国防和某些经济和文化方面的事务。
（6 ）印度尼西亚合众国宪法将由代表各成员邦的立宪会议制订。
（7 ）共和国同意承认所有的非印度尼西亚人有权恢复他们的权利，并有权要求对他们的财物给予赔偿。
（8 ）因本协定产生的任何争端，将由以中立国为主席的联合委员会仲裁解决；如双方对选定主席意见不能一致，则由国际法庭庭长选定之。
这样，共和国得到了事实上的承认；由于在协定中提到国际法庭庭长可能介入，就加强了这种承认；共和国因而被接受为国际大家庭的一个成员。关于苏门答腊问题，共和国也达到了它的目的。此外，印度尼西亚在联邦里将与王国是一个平等的同伴，而不是在王国里作荷兰的同伴。另一方面，荷兰达到了使共和国接受其联邦的原则，共和国结果降低到几个自治邦之一的地位，并保持印度尼西亚和荷兰的联系。
1946年11月30日，林芽椰蒂协定草签后两星期，最后一批英国军队离开了巴达维亚，盟军统帅部的职责停止了。在作战的那一段时间里，英军遭受严重伤亡，英军人数最多时达九万二千人，其中有五百六十三人被杀，一千四百四十一人受伤，三百十五人失踪。
林芽椰蒂协定原则的明细实施办法尚待拟订，而双方的摩擦几乎马上出现了。
共和派人士认为，这种措施与用合作办法发展政府机构的措施相违背；荷兰人于12月18日在巴厘的巴塘召开会议，讨论了新大东国的机构，这使共和派人士感到憎恶。
会议任命了一位国家主席，组成了内阁，并为召集预备议会作好准备。在这个会议上，“大东”的名称被放弃，而用“东印度尼西亚”。一些代表提出了新几内亚的地位问题，范穆克答道，荷兰政府无意把这块领土从印度尼西亚合众国或东印展尼西亚国中排除出去，但到目前为止，还不可能搞清居民们的看法。
这样，到1946年底，印度尼西亚战后历史的第一阶段结束了。英国军队已撤走了，荷兰人和印度尼西亚人留下了。现在形成对峙局面。他们之间在原则上达成了一项协定，剩下的任务是在实践中加以贯彻了。
第四节 印度支那
（一）越南
1945年8 月15日日本投降时，印度支那的形势大概比印度尼西亚的形势更加混乱。在印度尼西亚，唯一有活动力的因素是日本人和共和派人士，而在印度支那，不仅有日本人和战斗的印度支那民族主义运动，而且也必须把法国人考虑在内；不仅是英国占领军，而且中国占领军，也将在这里出现。
盟国对印度支那政策的目标与对印度尼西亚政策的目标是相似的：对日本的投降人员必须看管，落在日本人手中的法国侨民必须得到关怀；而同印度尼西亚一样，国家的经济生活必须尽快恢复，特别是大米贸易必须恢复。战前印度支那是世界上第三个最大的大米输出国，仅次于缅甸和暹罗，每年出口一百多万吨，其中大部分运往中国，但也有相当数量运往欧洲。重新组织大米出口是非常迫切需要的。在战争期间，大米出口严重受阻而致中断，当时主要是转而运往日本。现在需要的是使印度支那的大米能够供应世界谷物市场。大部分供出口的大米是在南方法属殖民地交趾支那生产的；仅少量来自交趾支那北面法国保护下的柬埔寨王国；很少是从沿着中部海岸线的安南，或从在北面的法国保护地东京（越南）输出的，而东京（越南）在好儿年间实际上是一个缺粮地区。但是印度支那陷入了混乱。象印度尼西亚那样，独立的共和国宣告成立，这是“越南独立同盟”（简称为“越盟”）的成就。
“越盟”起源于印度支那共产党。1940年共产党起义被法国镇压下去，许多共产党人逃往中国，1941年他们在那里建立了这个新的组织，这个组织曾打算包括所有安南民族主义的团体。由于期望能得到那些想要从法国统治下解放出来而又不愿接受共产主义思想的安南人的支持，同盟不是以共产主义，而是以民族独立，作为它的公开目标。后来组成了一个由所有反法党派的安259 南人参加的流亡的越南共和国临时政府。安南的民族主义者的目标是完全推翻法国的控制。由于法国人未能保护他们的殖民地使之不受日本统治，他们比英国人和荷兰人更丢脸，因为在印度支那，欧洲人对日本的侵入几乎没有什么反抗；而且在日本的压力下，法国交出了沿湄公河面对暹罗边境的领土。另一方面，经日本人同意，他们保留了一些行政上的痕迹。
可是，由于日本战胜盟国的希望减少，法国反抗日本的控制加剧了，直到1945年3月，日本人缴了法国军队的械，并拘留了法国平民。法国的行政管理就此结束，虽然法国的一些小部队撤入山区，在那里继续进行反抗。
因此日本投降时，法国人在某种程度上仍是那种局势中的一个因素。法国人还有个有利条件，就是在其他故区，自由法国已赢得了控制，并且和盟国合作；同时，由于宗主国法国在1944年解放，它得以在1945年输送部队到印度支那。尽管如此，法国那时在印度支那的威望仍然是低的，那里的法国政体已经被摧毁了。这样产生的行政管理上的空白，现在由安南人来填补了。由于日本人的支持扶植，安南皇帝保大——他也是东京（越南）的名义上的统治者——宣布废除法安条约（安南这个法国保护国是根据这一条约建立的），并宣告他的国家独立。新政府成立了，配备了亲日的安南人员。可是由此而一生的行政混乱，却使越盟得以开展他们的宣传，扩展他们的组织；当1945年8 月太平洋战争结束时，越盟伪拥护者已能实现更进一步的革命，并企图依靠自己的力量来控制全国。1945年8 月29日，即越盛取得对东京（越南）实际控制的一天（那时他们在安南和交趾支那也在很快地建立自己的政权），在阮爱国主席即后来众所周知的胡志明的领导下，宣告了越南民主共和国成立；胡志明长期以来是安南的革命者和共产党的领导人。皇帝保大退位，接受了新政府的最高顾问的职务，直到翌年3 月，他去国外。
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