三年减一钱，以至于完全取消律贴为止。谁知到了嘉庆十一年，陕西布政使藉口户部的公文未到，把津贴完全不发，“新兵”想领四钱都领不到，不用说五钱了。他们于是杀了副将、劫了银库造反。
清廷派了他们的老长官德楞泰与杨遇春，带九千兵来“剿”他们，仅仅和他们在方柴关打了一个平手。幸亏杨芳勇敢，单骑走入他们的营垒中劝降，才算化大事为无事，牺牲两个发难的新兵（陈先伦与陈达顺），销案。
糊涂的清廷，却斥责德楞泰等人姑息，把德楞泰免去“钦差大臣”事职，杨遇春由“固原提督”降为宁陕镇总兵，杨芳则不仅免去总兵之职，而且遣戍伊犁。已降的新兵首领蒲大芳等二百多人押至新疆，到了新疆以后一律砍头。
第二次兵变，发生在这一年十二月，地点是四川绥定（达县），由总督勒保打平。第三次兵变，发生在次年的正月，地点是陕西西乡，由德楞泰打平。这两次，被杀的新兵均极多。
在林清、李文成失败以后，嘉庆十八年年底，陕西岐山县的三才峡，肓所谓“箱贼之乱”。为首的姓万行五，本是一个制造木箱的工匠，清廷派总督长龄，会同提督杨遇春，总兵祝廷彪、吴廷刚等人去打，打到十九年的二月，才算解决。
湖南与贵州的苗胞，自从乾隆皇帝厉行改土归流的高压政策以来，一再武装抵抗，死伤极多，但始终不愿屈服。清廷也因此损了不少兵马，耗了不少金钱。乾隆的宠臣福康安与和牡艿芎土眨吻斐跄瓴∷烙诙悦缱髡降那胺健＞菟担逋⒌鞫似吒鍪〉木樱逃胱し谰┘甘蛉酥啵思盖蛄揭樱拧拔茸 绷司置妗Ｌ炔皇怯幸桓鲂」俜锘颂地臼凳┑锝苏铰裕钟猛吞镅撸还餐涂蚜耸蚰兑陨希狻懊缏摇笨赡馨亚宄贤鑫埂�
在云南的维西厅地区，彝胞很多。清朝的官吏欺侮他们，引起了他们的领袖腊者布在嘉庆七年（1802年）二月起事。清延又只得动员正规军，派琅柿欤ズ屠罢卟甲髡剑搅巳鲈拢呕竦檬だ�
在云南的另一处临安地区，夷胞也动起武来。时间是嘉庆二十二年（1817年）三月，领袖叫做高罗衣。清廷派云南总督伯龄去打，勉强打赢。到了次年三月，高罗衣的本家侄儿老五再度起兵，也是费了三个月工夫，才被总督伯龄打平下去的。
清朝在嘉庆时开始有外患，然而政府与人民均无感觉。政府与人民所感觉到的，仅是重重叠叠的内忧而已。
当时政府与人民对西洋各国无知。连近在澳门的葡萄牙人，究竟属于何国，都茫然不晓，笼而统之称他们为西洋人。葡萄牙人自己，也乐得夜郎自大，把他们的国家在华文公文上称为“大西洋国”。至于，这大西洋国位于何处，面积多大，距离中国多远，清朝的大小官也懒得打听。
自从明世宗嘉靖三十六年（1557年），葡萄牙人租借澳门以来，中国明、清两朝的两广总督位置，一向是最肥的“缺”。到两广去当总督或总督以下的官与吏，叫做“发洋财”。洋人以澳门为居留地，到广州来做买卖，除了缴纳关税、船税与五六十种附加税收以外，还得送礼。
嘉靖以后，广东的海洋贸易最初原由葡萄牙人独占。等到荷、英两国相继于万历二十八年（1600年）及万历三十年（1602年）成立联合东印度公司与英国东印度公司，葡萄牙人因霸权被荷、英冲破而衰弱下去。于是荷、英两国就展开猛烈的争霸战，结果英国获胜。
郑成功光复台湾，与荷兰结下了仇，荷兰转而对清朝表示好感，清朝让荷兰人在厦门做生意。同时，郑成功与他的儿子郑经也让荷兰的敌人英国人在台湾做生意。
荷兰人在厦门的时间不长，到康熙五年便停止了，原因是康熙下旨“禁海”，把闽、浙两省沿海三十里的地带都禁止人民居住，以割断台湾与大陆人民的来往。
郑经的儿子郑克塽，于康熙二十二年（1683年）降清。次年，康熙开放“海禁”，而且在广州、澳门、宁波、镇江分设四个海关，称为粤海关、闽海关、浙海关、江海关，欢迎外国商人前来贸易。
乾隆在乾隆二十二年（1757年），改变康熙的“四口通商”的政策，封闭广州以外的三个港口，只许洋人在广州一个地方贸易。
并且，不许洋人把妇女带来广州，亦不许在广州雇用中国女仆。洋人只能把“家”放在澳门，到广州来的时候只能住在所谓“商馆”，由清朝政府所指定的若干家“公行”负责照料。洋人在广州不许乘轿子，也不许买中国书、学说中国话。
“公行”，后来共有十三家，俗称“十三行”（行字读杭）。十三行是清朝政府与外国商人之间的中间人，实际上等于代表清朝政府实施“国营国际贸易”。洋商买货，须向十三行买；洋商卖货，须向十三行卖。洋商纳税、送礼、上禀帖，也须由十三行经手。
十三行的老板，当然必须“从中取利”。英国东印度公司的当局认为，与其让十三行赚不少钱，何如与清朝政府或中国人民直接贸易？与其在广州一口贸易，何如到广州以外的其他许多港口贸易？因此，便在乾隆、嘉庆两朝，好几次派使臣来中国办交涉。
英国第一次派遣大使来华，是在乾隆五十二年（1787年）。所派的人叫做卡思卡儿特，但是他在抵达中国国境以前中途病死。
第二次，是在乾隆五十七年（1792年），所派的人叫做马戛尔尼，此人位居伯爵；另有一个副使斯当东，是一个“爵士”，地位在公侯伯子男之下。
马戛尔尼与斯当东二人，在乾隆五十八年的夏天到达热河的避暑山庄，觐见乾隆，行了屈一膝之礼，获得相当的赏赐。他们向清朝要求在广州以外的宁波、珠山（舟山群岛）与天津等地通商，租借舟山一岛，在京城设立货仓，让英国商人在广州自由居住，自由来往于广州、澳门之间。这些要求，统被乾隆拒绝。 这一年，是1793年，英国已与革命的法国进行战争。英、法两国从此或断或续地一直打到嘉庆二十年（1815年）为止。
中间，在嘉庆七年二月，英国的兵船开入澳门，说是为了保护澳门，防备法国海军袭击。葡萄牙人与清朝的两广总督吉庆均很气愤，颇想用武力对付，但英国兵船在澳门停留五个月就走了，因为英、法已经讲和。
嘉庆十三年（1808年），英、法又打了起来，于是英国的兵船
重行来到，在阴历八月初二日（9月21日）把澳门占领。
这时候的两广总督是吴熊光。吴熊光派人责备英国商人的领袖“大班”，不得要领。事实上，大班是英国东印度公司委派的，无权管辖英国政府的海军。
吴熊光就下令“封舱”，停止英国商人与华人公行之间的贸易。一个多月以后，英国兵船昂然直入，驶进虎门，停泊在黄埔岛。这显然是侵犯中国的领海，向清朝政府挑战。
吴熊光不敢应战，仍旧只有用封舱的老办法对付。英国商人公请他们的大班刺佛出面，与吴熊光商淡。吴熊光向刺佛宣读嘉庆的圣旨，圣旨里说，要调动大兵防守黄埔与澳门。结果，英国兵船在阴历十一月撤离黄埔，移泊澳门，在第二年春天撤离澳门。
事后，嘉庆怪吴熊光胆怯，将他革职，发往伊犁充军，派永保继任两广总督。永保在到任以前病死，由百龄继任。百龄来后不久便请准嘉庆，让英国商人继续贸易。
英国在嘉庆十七年（1812年）与美国发生战争；两年以后就在中国的领海捉了一艘美国商船亨透号（Hunter），作为战利品。其后，又在黄埔岛附近捉了一艘两桅小船。这显然也是无视中国的主权，侵犯中国的中立。清朝的两广总督蒋攸銛向大班益花臣交涉，照样不得要领，便逮捕了一个通事（翻译）。大班下令，叫英国商人完全撤离广州。蒋攸銛软下来，于是不了了之。
英国于维也纳会议以后，决心与中国建立正常的外交关系，以促进对华的贸易。于是，在嘉庆二十一年（1816年）第三次派遣使臣来华，所派的是阿美士特勋爵。
阿美士特于阳历2月8日离开英国的朴茨茅斯港，8月l2日到达天津大沽口，他被欢迎到通州的木厂公馆暂住。嘉庆皇帝派工部尚书苏楞额、理藩院尚书和世泰、礼部尚书穆克登额，劝导阿美士特演习三跪九叩首的大礼，阿美士特不肯。
到了阴历七月七日（8 月29日）这一天的黎明，嘉庆在正大光明殿升朝，等阿美士特觐见。阿美士特这时已被苏楞额等连夜由通州送到宫门，却借口礼服与国书尚在通州，不肯进宫。苏楞额等向嘉庆报告，说英国的贡使临时得了急病。
嘉庆传旨宣召副使，副使也为了不愿磕头，不肯进宫。苏楞额等只得又报告嘉庆，说副使也得了急病。
嘉庆大怒，叫把阿美士特与副使由陆路送回广州，“贡表”（国书）与“贡物”（礼品）均拒绝收受。
事后，嘉庆才知道并非阿美士特与副使托病不肯入宫，而是苏楞额等不曾把磕头的道理说服他们，于是下旨将苏愣额等免职。
从此，中、英两国的邦交更加恶化。到了嘉庆的继承者道光皇帝之时，便爆发了鸦片战争。
通商问题以外，又有传教的问题，给清朝政府带来很大的烦恼。
清朝初年，直到康熙四十六年为止，天主教的传教士在中国颇受优待。这些传教士多数是耶稣会的会员，认为中国人祭祖与祭祀孔子并非崇拜偶像，因此就准许中国人于受洗入教以后，继续祭祖、祭孔。
在天主教内部，另有一派传教士不赞成耶稣会会员的看法与作风，向当时的教宗（教皇）告了一状。教宗派地铎罗到中同来禁止中国天主教徒祭祖、祭孔。康熙知道了，将铎岁驱逐出境。
康熙特地颁发诏书：传教士必须不反对祭祖、祭孔，才由内务府颁给印票，没有印票的传教士一律逐去澳门。
雍正皇帝在雍正元年（1723年）扩大康熙的禁令：只准在中国政府任职的外国人