定主意，后来在徐增寿的蛊惑下竟然将朱棣三个儿子送归燕国。朱棣大喜过望，连称“天助”，欣喜之情难以言表。几个月后毫无顾忌的朱棣造反，建文帝真是后悔莫及！
智擒张谢北平布政使张昺、都指挥使谢贵是建文帝安插在朱棣身边的两双眼睛，负责监视朱棣的一举一动。这时燕王府护卫百户邓庸赴南京公干，被齐泰逮捕入狱，经审讯，供认燕王准皇帝尊亲之宝（白石）备举兵的各项事宜。建文帝大惊，密令张昺、谢贵捉拿燕王府官属，伺机逮捕朱棣。朱棣得知事情紧急，立即命张玉、朱能率仅有的八百壮士入卫燕王府。
当时的情况对燕王十分不利，如果强攻，损失过大，所以只能智取。朱能献策，擒贼先擒王，抓住张昺、谢贵，其他人就好办了。朱棣采纳了他的建议，命人埋伏在端礼门两侧，然后派人请张、谢前来。张、谢怀疑有诈，不肯前往燕王府。朱棣又命人拿着朝廷要抓捕官属的名单前去，这样二人才相信。在燕王府，张、谢的随从被拦截在大门外。朱棣拄着拐杖坐着，设宴行酒。他拿起一块西瓜，放在嘴边，欲尝又止，对二人说：“现在平民百姓，兄弟宗族之间，还知道相互体恤。我身为天子近亲，却朝不保夕。既然这样，天下还有什么做不得呢？”说完，愤怒地将西瓜摔到地上。埋伏的勇士听到暗号，一拥而上，将张昺、谢贵擒获。随后，朱棣命朱能、张玉等人迅速击败了城内的守军，控制了北平。
计除卜万朱棣攻打怀来宋忠部之时，大宁兵马号称10万，在都督刘真、都督佥事陈亨、都指挥卜万率领下出松亭关（今河北迁安县西北），将要进攻遵化。七月二十四日，朱棣亲自率兵增援。刘真等人知道宋忠兵败怀来后，退守松亭关，拒不出战。三员主将中，刘真年老力衰，又缺乏计谋，不足为虑；陈亨是燕王的老部下，持观望态度；只有卜万英勇善战，成为燕王的眼中钉。
恰巧捉到两个大宁的士兵，朱棣遂决定使用反间计，除去卜万。他假意写给卜万一封信，对他大加赞赏永乐七年所造铜铳，极力诋毁陈亨。他命一个被俘的大宁军卒将信藏在衣领内，然后设酒席款待他，并送给他一些银两，又故意让另一个军卒看到这一切。燕王随后将二人放归。未得赏赐的士卒忿忿不平，回去后将此事上告。刘真果然在士卒身上找到了那封信，就信以为真，将卜万投入狱中，并籍没其家。卜万后来死在了狱中。
成祖朱棣是一位较有作为的皇帝，在历史长河中占有重要的位置。他的一生，文治武功不逊色于历朝君主。然而他性格暴戾，特别是在靖难之役后以极其残忍的手段大肆屠戮建文遗臣，成为他人生中无法洗涤的污点。
朱棣攻取南京后，对于那些不肯归附自己的大臣严加惩治，无所不用其极。建文帝削藩的主要谋士黄子澄，先被砍去双手、双腿，然后方将其杀死，齐泰亦被“族诛”。朱棣对抵抗最为坚决的铁铉非常愤恨，命人割下了他的耳鼻后才将其杀死，妻女充为官妓。礼部尚书陈迪和儿子等六人同日就刑，朱棣在行刑前将陈迪儿子的耳鼻割下煮熟让陈迪吃掉，并问味道如何。陈迪没有惧色，回答道“忠臣孝子的肉鲜美无比”，坦然就刑。
这些事件中，以方孝孺的“诛十族”最为惨烈。方孝孺是当时最有名的读书人，就连姚广孝也向成祖为其求情。成祖召方孝孺为其写即位诏，方孝孺坚决不从。朱棣以死相威胁，自己的性命不要了，难道还不顾及九族吗？方孝孺大义凛然，朗声回答“便十族奈我何”。成祖盛怒，将其灭门十族。自古以来，最严厉的莫过于诛九族，从来没有诛十族的先例。方孝孺墓方孝孺一案，成祖可是开了先河，空前绝后。所谓十族，就是在九族之外将朋友门生牵连在内。
不久之后，朱棣又兴“瓜蔓抄”。景清在成祖登基后并没有马上殉节，而是委身于朝班很长时间。一天，他身穿绯衣，暗藏利刃，准备行刺朱棣。朱棣见其神色异常，命人搜身，得到利刃。景清当庭辱骂朱棣，不屈而死。朱棣命人将他剥皮实草，系于长安门示众，并令用铁刷子将景清的肉一层层刷下，还把骨头打碎。他还不解气，将其灭族，街坊邻居也受到了牵连，后来乃至于和景清稍有些关系的人都被杀，犹如瓜之蔓，牵连甚广，许多无辜的人惨遭横祸。
成祖朱棣对建文旧臣的杀戮前后长达十余年，在晚年时法禁犹严，直到仁宗朱高炽即位后这种情况才得以改变。成祖实行这种近于疯狂的严法酷刑，一方面与其个性有关，但更为本质的原因则是内心的虚弱。他发动靖难之役，说到底是夺了侄子建文帝的皇位，在皇位继承的合法性上是要大打折扣的，这一点他自然心知肚明。因此，他希望能够用屠刀堵住人们的非议之口，并想尽办法证明自己是皇位的合法继承人。为此，他甚至不惜在生母的问题上做文章。
生母之谜
成祖的生母是谁，一直存在着争议，至今学术界未有定论。朱棣出生之时，正值天下大乱，群雄并起之际。朱元璋尚未建立明朝，而是忙于争夺天下，当时尚无朱棣生母的争论。等到朱棣夺位以后，关于他的生母是谁的问题突然敏感起来。自永乐时期以来，各种官方史书和野史上都对成祖生母问题有所记载和猜测。上个世纪以来，李晋华、傅斯年、朱希祖、吴晗“大明永乐年施”款铜鎏金佛像等一批知名学者都对这个问题进行了翔实的研究，就连陈寅恪这样的学术大家也对这个问题怀有兴趣，并给傅斯年提供相关史料。可见，成祖生母问题并不是一个无关紧要的问题。对于实行嫡长子皇位继承制的明朝来说，这关系到嫡庶问题，并进而关系到帝位的合法性问题。对于后世的人们而言，明白这个问题，也就多少会对明初的政治情势有所了解。
总起来看，关于成祖生母问题的说法主要有三种：
马皇后说。明成祖朱棣自称是孝慈高皇后（即马皇后）所生。马皇后，凤阳宿县（今安徽宿县）人，濠州红巾军郭子兴养女。至正十二年（1352）郭子兴将其许配给部将朱元璋。当年朱元璋受到了郭子兴的猜忌，马氏多次从中调解周旋。明朝建立后，朱元璋册封她为皇后，对她十分信赖，多次听从她的意见宽免大臣过错，因此有人将她与历史上的贤后唐代长孙皇后相提并论。
《太祖实录》和《太宗实录》都说朱棣为马皇后所生，后来的史籍如《明史》等正史多因循这种说法。
但是除朱棣外，马皇后亲生皇子都有谁，又有着不同的解释。一种说法认为马皇后生懿文太子、秦王、晋王、燕王、周王。朱棣在夺取皇位后，马上让人编了一部叫《奉天靖难记》的书，为自己篡夺皇位辩解。该书开卷就标榜自己是马皇后的嫡子：“今上皇帝（指成祖朱棣），太祖高皇帝第四子。母孝慈高皇后生五子：长懿文太子，次秦王，次晋王，次今上皇帝，次周王也。”还有一种说法认为马皇后只亲生燕王，周王，懿文太子、秦王、晋王都不是马皇后亲生。其实仔细推敲起来就会发现，《太祖实录》为成祖朱棣所修（成祖为了抹杀自己即位前的真实事实，曾两次改修《太祖实录》，删减篡改之处甚多），《太宗实录》为宣宗所修北京觉生寺永乐大钟，其中自然也有粉饰的成分，当然宣称朱棣为马皇后的嫡子。
另外还有人认为马皇后根本就没有皇子，这几个都不是她亲生的，只不过是抱过来抚养成｜人而已。
妃说。成祖为马皇后所生的说法到了明中后期就受到了质疑，而妃说浮出水面。有人认为妃是高丽人，也有人称她是元顺帝的妃子，抑或是高丽人而成了元顺帝妃子，不得而知。
这种说法的直接证据是《太常寺志》。太常寺是明朝管理祭祀礼乐的机构，皇家宗庙的祭祀就由其负责。《太常寺志》对孝陵（即太祖朱元璋的陵寝）神位的记载如下：左一位，淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王。右一位妃，生成祖文皇帝。
太常寺是皇家机构，这样严肃的问题不应该胡乱记载，可惜这本书没有流传下来。明代文人对这种资料将信将疑，但还是觉得有合理的地方，万历时期的文人何乔远就持这种观点，“臣于南京见《太常寺志》，云帝（明成祖）为妃所生，而玉牒则为高后第四子。玉牒出当日史臣所纂，既无可疑。南（京）太常职掌相沿，又未知其据。臣谨备载之，以俟后人博考”。
明末清初的钱谦益和李清见到这样的记载也无法判断孰是孰非。钱谦益当时是南明弘光朝的礼部尚书，李清曾任大理寺左丞，二人利用职务之便，于弘光元年元旦利用祭祀孝陵的时机，悄然打开孝陵寝殿，“入视果然，乃信”。
还有一个证据。朱棣在即位之后，在南京天禧寺的旧址上翻盖新寺，取名大报恩寺，是为了报答马皇后的养育之恩。然而令人不解的是，寺中正殿的大门经常紧闭，外人无法看见里面元顺帝像的情况，有传闻里面供奉的其实是成祖生母妃。
还有的学者考证当年建文帝之所以先削周王，是因为周王与朱棣是同母所生，故削周王而去燕王羽翼。周王与朱棣的母亲不是马皇后，而有可能就是妃。
元主妃洪吉喇氏说。社会上更加流行的却是另外一种说法，即成祖生母是蒙古人洪吉喇氏。洪吉喇氏是元顺帝的第三福晋，是太师洪吉喇特托克托的女儿。元顺帝败，朱元璋入大都（今北京）见洪吉喇氏貌美，就留在身边。然而她入明宫时就已经怀孕，所生的就是明成祖朱棣，所以朱棣即元顺帝的遗腹子。其实这只是民间的传说而已。徐达攻陷大都是至正二十八年（1368），而朱棣生于至正二十年（1360），两者相差达8年之久。这种情况可能由于朱元璋刑罚过严、朱棣杀戮过重，从而导致民情激