廖永忠是最早被杀的功臣。廖永忠在很多战斗中立有功勋，特别是在鄱阳湖之战中殊死战斗，建国后被封为德庆侯。洪武八年（1375），朱元璋以其私自穿着绣有龙凤图案的衣服逾制为由将其杀死。其实这只是借口，真正导致廖永忠丢失性命的原因在于一个政治隐秘，当年正是他执行了朱元璋谋杀小明王韩林儿的任务。在他之后，朱亮祖、李文忠、徐达先后死于非命。
通常而言，开国皇帝与功臣之间产生矛盾不乏先例，关键是皇帝如何化解这种矛盾。汉代的刘邦心存猜忌，大杀功臣；唐太宗李世民气量宏大，处理较为妥当；宋太祖赵匡胤则采取了另外一种模式，即“杯酒释兵权”，和平解除功臣的兵权。朱元璋的情况与刘邦有些相似，却又不同。帮助朱元璋打天下的功臣，多是他的同乡，甚至汤和与周德兴还是他的同村，是幼时游戏的玩伴。正是这些人在战斗中出生入死，东征西讨，为朱元璋夺得天下。待到朱元璋登基成为皇帝后，他们之间却有了君臣的名分，凡事不可逾制。这些功臣心里也许难以及时适应这种改变，而朱元璋却是一个多有顾忌的君主，矛盾于是不可化解。朱元璋之所以大开杀戒，史家通常认为是他为继位者扫清障碍，永保大明江山。据史书记载，太子朱标对他大开杀戒不以为然，曾数次劝谏。一次，朱元璋命人找来一根长满尖刺的荆棘放到朱标面前，让太子朱标去拿，朱标畏惧不敢伸手。于是朱元璋就对自己大杀文武功臣进行解释：“汝弗能执与，使我润琢以遗汝，岂不美哉？今所诛者皆天下之险人也，除以燕汝，福莫大焉！”意孝陵神功圣德碑思就是说，我杀人就是像去掉荆棘上的尖刺一样，这样你将来才可以安坐天下。可是，他在为子孙扫除障碍的同时，也埋下了祸根。后来，他的孙子建文帝锐意削藩，燕王朱棣立即起兵“靖难”，夺取天下。假使当时蓝玉等能征惯战的开国功臣还在，朱棣未必敢兴兵，建文帝也不用“逊国”了。
朱元璋不仅屠戮功臣，也注意严肃整顿吏治。这与他来自底层，看到元朝因吏治腐败导致灭亡的教训有关。他在明初实行以猛治国的政策，认为乱世须用重典，法外用刑的情况很严重，遭到惩处的官吏很多。
空印案。按照规定，每年各布政使司和各府、州、县都要派遣官吏到户部报告地方财务情况，户部审核清楚才算了结。户部的审核很严格，钱谷数字如稍有不合就得重新造册填报。重新造册不算困难，主要是账册上要有地方衙门的印信才行，而从中央到地方重新盖印往返要很长时间，因此地方官员习惯带些备用的空白文册，一旦遇到驳回的情况，只须重新填写而不必往返了。这种做法已经成为一种惯例，户部也很清楚，照例默认，没有人去追究。再说，这种文册盖的是骑缝印，也不能用作他图，没有什么危害。洪武十五年（1382），朱元璋发现这种情况，非常震怒，认为是故意欺骗他，下令将各地衙门长官主印的一律处死，佐贰官杖一百充军边地。很多人蒙冤受死，其中就包括方孝孺的父亲方克勤，他是当时人公认的好官。
郭桓案。洪武十八年（1385），御史余敏等人告发户部侍郎郭桓等人串通舞弊，吞盗官粮。朱元璋十分重视，将他们全部逮捕。礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志等人亦牵连在内。最后追赃粮700万石，郭桓等数百人被处死，各地布政使官员入狱被杀者又有数洪武刻本《御制大诰》万人。追赃牵连到全国各地的地主，因此破产者不计其数。
不难发现，朱元璋所处置的大多数都是官吏，而对小民则很信任，甚至亲自接见粮长，被赏识的马上授予官职。这又体现出了朱元璋自身的小农情结。
从洪武十八年（1385）开始，朱元璋亲自制定、颁布《大诰》、《大诰续编》、《大诰三编》和《大诰武臣》，其内容主要是惩治贪官污吏、地方豪强以及侵扰百姓等问题。四编大诰共236条，其中惩治贪官污吏的竟达150条之多，而且极其严厉，共罗列有凌迟、枭首太祖谥册、夷族等惩罚，其严酷程度超过了历史上任何一个封建王朝。由于朱元璋采取的一系列惩贪倡廉的有力措施，明初的吏治改变了元末“赂遗权要”、“蠹政厉民”的腐败风气，日趋清明。他实行“以猛治国”的政策，虽然杀戮过重，但确实整饬了吏治，同时强化了中央集权，从而为明朝前期的繁荣铺平了道路。
朱元璋个人小档案
姓名：朱元璋
出生：元文宗天历元年（1328）九月十八日
属相：龙
卒年：洪武三十一年（1398）
享年：71岁
谥号：高皇帝
庙号：太祖
陵寝：孝陵
父亲：朱世珍（又名朱五四）
母亲：陈氏
初婚：25岁
配偶：马皇后
子女：26子，16女
继承人：朱允炆
最得意：开创大明基业
最失意：太子朱标早逝
最不幸：幼年经历悲惨
最痛心：马皇后病逝
最擅长：刚猛治国
明太祖朱元璋是历史上了不起的皇帝，他由一个放牛娃、寺庙里的小沙弥，经过十几年的戎马生涯，一举扫荡群雄、推翻元朝，开创了大明基业。他深知，创业难，守业亦难，因此，明东陵（朱标墓）十分重视对接班人的培养。他登上皇位的同时，就册立了长子朱标为皇太子，并延请名儒宋濂等人为太子之师，希望能将朱标培养成为一代明主。然而天有不测风云，洪武二十五年（1392）四月，年仅38岁的皇太子朱标英年早逝，史称“懿文太子”，这令朱元璋异常伤心。朱元璋制定的嫡长子继承制受到了考验，朱元璋不得不重新选择他的继承人。按照嫡长子继承制，朱标的长子朱雄英是不二人选，可惜他在10年前就死了，这样朱标次子朱允炆就成为首选。然而朱元璋担心朱允炆儒雅仁柔，难以担负起治理国家的重任。此外，朱元璋也曾考虑过从几个儿子中选择。二子秦王朱此时最长，但他实在是不成器，荒唐成性。四子燕王朱棣文韬武略，是个不错的人选。一次，朱元璋对几个心腹大臣流露出立燕王的可能性时，翰林学士刘三吾认为不可，“立燕王，置秦、晋王于何地？且皇长孙四海归心，皇上无忧矣。”朱元璋于是下定决心，九月，立朱允炆为皇太孙。
洪武三十一年（1398），开国皇帝朱元璋病逝，遗诏命皇太孙朱允炆继位。朱元璋在遗诏中明东陵享殿遗址说朱允炆“仁明孝友”，这是为史家所认同的。朱允炆14岁时，他的父亲太子朱标患有重病，身上有个大肉瘤，苦不堪言。朱允炆尽心伺候，日夜守在身边。朱标去世后，朱允炆将三个年幼的弟弟接到一起，对他们的饮食起居照顾得十分周到，并没有让他们觉得孤独。朱元璋病逝前，脾气异常暴躁，许多人担心因此遭到祸患，朱允炆亲自服侍，常常整夜无法入睡，但他也没有一句怨言。生性“仁明孝友”的朱允炆，21岁的时候被推上了权力的巅峰，承继了朱元璋开创的一统南京明故宫午门天下，改年号为建文。然而，细心的大臣会发现，新君的脸上并没有君临天下的惊喜，更多的则是愁容。是啊，年轻的皇帝面前有两道难解的题目：一是如何改变太祖建国以来形成的动辄杀戮的严峻政治氛围；二是如何解决太祖分封宗藩形成的尾大不掉的局面。也许太祖朱元璋生前并没有想到，外表仁弱的皇太孙登基伊始就开始着手变革他所开创的大明王朝。
建文新政洪武年间，经过太祖朱元璋的整治，当时国家统一，社会安定，经济得到了恢复和发展，吏治较以前大为清明。然而他生性“雄猜好杀”，屡次兴起大狱，动辄杀戮，政治气氛非常凝重，文武大臣人人自危。
建文帝对局势有着深刻的认识，因此继位伊始，就着手改革，改变了太祖朱元璋的一些弊政，史称“建文新政”。
“秀才朝廷”。太祖朱元璋用武力夺得天下，自然而然地形成了右武的局面。洪武时，南京贡院军事衙门大都督府的左右都督都是正一品，都督同知也是从一品，而六部尚书却只有正二品。《大明律》中明文规定文官不许封公侯，因此朱元璋的主要谋士刘基仅仅得封“诚意伯”，而武将得封公侯者甚多，称王者也不少。这种局面下，文官在议论朝政中的地位可想而知。
建文帝有意结束其祖父尚武的政风，大力加强文官在国家政事中的作用。初登大宝之时，他自己确定新年号为“建文”，与乃祖父“洪武”刚好形成鲜明的对照，从中可见建文帝治国方略的改变。他还立即将六部尚书升为正一品，大开科举考试，并下诏要求荐举优通文学之士，授之官职。
建文帝身边几个被委以重任的大臣也是饱读诗书的才子。兵部尚书齐泰，洪武十七年（1384）应天府乡试第一，次年进士。太常寺卿兼翰林学士黄子澄，洪武十八年（1385）会试第一，与齐泰同榜。翰林侍讲方孝孺是建文帝身边的主要谋士，幼时就以聪敏机警著称，后师从当代名儒宋濂，诗文为时人所推崇。据说后来成祖入南京继帝位时，怪僧姚广孝怕成祖方孝孺像杀他，为之求情，说杀了方孝孺天下读书的种子就绝了。正是因为建文帝所依赖的大臣多为这样的文人，所以人称新朝廷为“秀才朝廷”。
这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄以一言获罪的情况，因此他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿，这也是后来大批文臣甘愿为建文帝殉难的原因。
宽刑省狱。建国之初，太祖朱元璋以刚猛治国，乱世用重典，法外用刑情况严重。他认为：“法严则人知惧，惧则犯者少，故能保全民命。法宽则人慢，慢则犯者众，民命反不能保�