于从上海的撤退组织的极其混乱，中国军队在上海至南京沿途未能组织起有效抵抗。中国将领唐生智力主死守南京，主动请缨指挥南京保卫战。11月20日国民政府宣布迁都重庆。
经过淞沪会战三个月鏖战，日军也损失甚巨。日本参谋本部原计划让上海日军“凯旋归国”，并没有进攻南京的计划。11月7日，日本参谋本部给上海派遣军和第十军的命令是：“扫荡上海附近之敌，追击的战线为苏州、嘉兴以东”。然而日军中下级军官不愿就此罢休，11月15日的第十军军团扩大会议达成决议：“全军独断敢行，全力向南京方向追击。”11月22日，松井石根致电多田骏：“为了尽快解决事变，要求军部批准向南京进军和占领南京。”12月1日，日本参谋本部正式下达占领南京的命令。日军经过数月连续作战，此时进攻上海以西数百公里的南京，几乎没有后勤支持。日军军官称：“粮草不足就现地解决，弹药不足就打白刃战。”在西进途中，日军抢劫、杀害平民、强暴妇女的暴行已经开始。自从命令下达后，罪恶感就消失了，军人们变成了到处偷袭抢夺谷物、家畜来充饥的匪徒。这个就地征收的命令，使下级军官发狂，不但抢夺粮食，并且强暴了中国妇女……对于反抗的人就以武力解决。
1937年12月13日，南京在一片混乱中被日军占领。日军在华中方面军司令官松井石根指挥下，在南京地区烧杀淫掠无所不为。
12月15日（日军占领第3天）：已放下武器的中国军警人员3000余人被集体解赴汉中门外用机枪密集扫射，多当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。夜，解往鱼雷营的中国平民及已解除武装的中国军人9000余人被日军屠杀。又在宝塔桥一带屠杀3万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。
12月16日（日军占领第4天）：位于南京安全区内的华侨招待所中躲避的中国男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑，排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、梁廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠杀400余人，在阴阳营屠杀100多人。
12月17日（日军占领第5天）：中国平民3000余人被日军押至煤炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余中国难民被集体射杀。
12月18日（日军占领的第6天）夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的中国难民男女老幼共57418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀4000余人。
1937年12月13日，《东京日日新闻》（即现在《每日新闻》）报道两名日本军官的“杀人竞赛”。日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”，商定在占领南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从句容杀到汤山，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田谓杀了105人，向井谓杀了106人。又因确定不了是谁先达到杀100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。这些暴行都一直在报纸上图文并茂连载，被称为“皇军的英雄”。
此外，日军侵占南京期间强奸了成千上万的妇女，他们不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴。有些妇女被日军强奸了好几次，往往有妇女受不住日军的折磨而死。除此之外，日军还强迫乱伦行为。估计当时发生的强暴案可能超过20，000宗。
当时，南京有一个安全区，由国际人士组成，多为美国人和德国人。这些人亲眼目睹了这一历史惨剧。
1937年12月19日，安全区国际委员会委员，美国牧师约翰·马吉致家人的信中这样写道：“过去一个星期的恐怖是我从未经历过的。我做梦也没想到过日本兵是如此的野蛮。这是屠杀、强奸的一周。我想人类历史上已有很长时间没有发生过如此残暴的事了……日本兵不仅屠杀他们能找到的所有俘虏，而且大量杀害了不同年龄的平民百姓。就像在野外猎杀兔子一样，许多百姓在街上被日本兵随意杀掉。从城南到下关，整个城市到处都是尸体……”
鼓楼医院的医生威尔逊医生写信给妻子：“今天是当代但丁炼狱的第六天，是用血腥和淫秽的大字写成的。大批人被屠杀，成千上万妇女被强奸。”19日，他又写道：“穷人的食物都被抢光了，他们处于歇斯底里的惊恐之中。何时是尽头？！”
12月21日，威尔逊医生又在信中写道：“今天是一年中白昼最短的一天，但仍包含着这座人间炼狱的24个小时。……前天在小山坡上，一位已经怀孕六个半月的19岁少妇，抗拒两个日本兵的强奸。她面部被砍了18刀，腿上也有几处刀伤，腹部也有很深的一个刀口……”
40岁的贝德士强忍悲愤，逐日登记日军暴行并写信向日本大使馆提出抗议：
12月15日，安全区卫生委员会第二区6名清道夫，在鼓楼住处被日本兵毫无理由的杀害。
12月15日夜，7名日本兵闯入金陵大学图书馆，突然扑向7名女难民，其中3名被奸污。
12月14日夜，日本兵闯入中国人住宅，强奸妇女并强行带走妇女的事件不断发生。由此产生大混乱。
12月14日正午，日本兵闯入锏银巷路中国人住宅，拉来4名少女强奸，两小时后离去。
12月14日夜，11名日本兵闯入锏银巷路中国人住宅，强奸4名妇女。
12月15日，日本兵闯入汉口路中国人住宅，强奸1名少妇，并拉走3名妇女，其中两人的丈夫追上日本兵，但都被枪杀。
而就在中华民族经历这场血泪劫难的同时，文化珍品也遭到了巨大的掠夺。据查，日本侵略者占领南京以后，派出特工人员330人、士兵367人、苦工830人，从1938年3月起，花费一个月的时间，每天搬走图书文献十几卡车，共抢去图书文献88万册，超过当时日本最大的图书馆东京上野帝国图书馆85万册的藏书量。
战后，据统计，国际红十字会在南京城内外掩埋尸体总计43121具，南京红十字会收埋22371具，慈善机构崇善堂收埋112267具，慈善机构同善堂共埋尸7000余具，鸡鹅巷清真寺王寿仁以“南京回教公会掩埋队”名义掩埋回族尸体400余具。仅此5个慈善团体收埋尸体就达18。5万余具。另有中国平民芮芳缘、张鸿儒组织难民30余人掩埋尸体7000余具；湖南木商盛世征雇工，收埋上新河地区死难者遗体28730具。
此外，日军支持的傀儡政权对尸体也进行了掩埋。如伪下关区公所在下关、三汊河一带收埋尸体3240具；第一区公所在城东南一带收埋尸体1233具；南京市政公署命伪卫生局于1939年1月收集中山门外灵谷寺一带遗骨3000具，葬于灵谷寺之东，立“无主孤魂碑”记录埋尸经过。
南京沦陷前，日军曾在上海、苏州、嘉兴、杭州、绍兴、无锡、常州等地屠杀平民。有日本部分历史学家曾经怀疑中方声称的三十万被杀平民，实际上包括了这批南京以外被杀的华东人口。全是，中国历史学家经过长期调查认证，认为若华东地区被杀人口也计算在内的话，这段时间死于日军刀下的中国同胞总数将高达一百万人。
被远东国际军事活庭处决的日本战犯之一的广田弘毅，也曾在致日驻美国大使馆电中承认，日军在南京等地用血腥手段使“不少于30万的中国平民遭杀戮”！
可是，到了现代，日本政府却不再承认自己发动侵略战争的事实，对南京大屠杀这一无比暴虐的兽行，日本学者也是众说纷纭，甚至还有一部分人试图抹杀事实。
“南京？你说的是……那场屠杀？”张力提起的话引起了胡家义的回忆，他的面目也阴沉了下来。
“我听说过这件事。不过只知道日寇在南京屠杀了很多中国平民，还听说有日本军官以杀人为乐，竟然还进行了一场所谓的杀人比赛，行止简直就是禽兽不如。”罗亮恒沉沉地叹了口气，“可是，到现在为止，我一直都不知道事情到底是怎么回事儿。也不知道日寇到底杀了我们多少人，只听人说有好几万……”
“不是好几万！”张力瞟了罗亮恒一眼：“全南京，超过34万同胞遇害。”
“34万？！”
巨大的数字把在场的所有人都震撼地说不出话来。34万，这是34万！是人，不是牲口！
“二战之后，远东国际法庭只把七个日本战犯送上了绞刑架，其他人却大多数没杀，都留下了一条狗命。尤其是包括南京大屠杀在内的，所有血案的罪魁祸首一直都没有受到惩治，所以，我们要借着这一次的机会，收拾收拾这个人，最好，能让他受到法律的严惩！”张力咬牙说道。
“罪魁祸首？”
“对，日本军国主义的头子！”张力咬牙说道。
“老板，你是说……日本天皇，裕仁？”罗亮恒惊道。
“就是这个东西！”张力恨恨地一巴掌拍到了桌子上，“我没生在这个时代，没有这个力量，只能恨他；既然生到了这个时代，又有一点点力量，我就要让他知道什么叫做后果！”
“可是你知不知道这里面的难度？”罗亮恒严肃地问道。他不是质疑张力的话，不管张力到底有没有力量，可他知道这家伙是打算玩真的。刚刚还只是打算给日本上点儿眼药，可是，一提起那场战争，只要是中国人，谁能真的坐住？在场的哪一个人没有经历过那场战争？谁没有曾经对日寇咬牙切齿？但是，身为一名资深的报业人员，他更加知道有些事不是那么容易碰的：“二战刚结束的时候，裕仁就被列为�