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而四大辅臣中，索尼已年老体衰，遏必隆软弱无力，鳌拜却是年富力强处事果断之人，苏克萨哈虽然能遇事力争，但远不是鳌拜的对手，于是朝务如前世一般，慢慢地落入了鳌拜之手。博果尔重生一世，若不作些改变岂是枉费了那三百年？他竭尽全力与鳌拜周旋起来。
博果尔与鳌拜的第一次交锋源于康熙元年初的“迁海令。”
顺治十八年，郑成功从荷兰人手里收复台湾，未有根据地的郑军就已经令清军大为伤脑筋，更不用提已经有了台湾作后盾的郑军了。康熙元年，为防内地民众与郑成功抗清势力联系，鳌拜竟提议从山东省至广东省沿海的所有居民内迁50里，并将该处的房屋全部焚毁，以及不准沿海居民出海的措施。
博果尔极力反对，他知道这项措施可暂时防御郑成功的进攻，可这是一项饮鸠止渴的措施，沿海地区的民生将被完全破坏，由此而带来的后果将十分严重，日后的闭关锁国政策均由此而生，到了二百多年后，大清的海面上将让蛮夷的军舰横行而无招架之力。他认为，面对郑成劝的进攻，退缩是没有用的，只有壮大自己的实力，才有可能战胜郑成功。
可惜，博果尔孤掌难鸣，即使他是一个所谓的摄政王，却依然不能与众多臣子相抗衡。博果尔只好暂退一步，坚持了自己的底线，即使要隔断郑成功与大陆的联系，也没必要波及至四个省，单禁福建一省已足够。
见事情僵持住了，岳乐终于顶不住压力，出面调停，迁海令依然发布实施，但暂限于福建一省，见是否有实效后再另作商议。
短短数月，福建沿海迁界之民生计断绝，流离失所，死亡人数很快攀升至五万，期间更不断发生激烈的反抗，更有大批青壮索性出海投奔郑成功。而且，沿海空虚，海盗正好长驱直入，活动频繁猖绝。
事态清晰明了，博果尔与岳乐联合颁下谕令，责令福建停迁海令，准许渔民回迁，同时命福建提督施琅于沿海操练水师，打击海盗，当然最重要的目的还是针对台湾郑军进行演练，以期日后一举消灭。
在此种情形下，鳌拜把矛头对准专门给博果尔拖后腿的阿布鼐，想借此迫使博果尔妥协。康熙二年，察哈尔再次传来令博果尔大为光火的消息，公主马喀塔去世，按照满洲丧葬习俗，公主生前所有的衣服珍宝等物品都要焚烧。结果阿布鼐一律不烧，反而用这些东西扩充军马。这次博果尔再也忍不下去了，他明确地跟皇贵太妃说：到底是要日后让别人下手，还是索性让他来下手？皇贵太妃犹豫了许久后，终于拖辞病重让阿布鼐进京。进京后，阿布鼐即被抓捕，论罪削爵，圈禁于王府别院内，其王位让其子布尔尼接替。
博果尔此举博得诸多赞赏，赢得了很多支持，当然也有人攻击他六亲不认，行事狠绝，恐日后反过头咬康熙一口。博果尔在此事上只觉得对不起自己的额娘，伤了她的心，其余的他问心无愧。
从博果尔摄政的第一天起，他就每日议政后都会向玄烨转述当天所议政的内容，并就玄烨不解处详细解答。这日，十岁的玄烨犹豫之后问了一个问题：“十一叔，阿布鼐不是你亲哥哥吗？你为什么要自己把他抓起来？”
如果说三百年的游荡曾带给博果尔什么好处的话，其中的一条已经让博果尔受益非浅，那就是他比世上任何一个人更了解为君者的心理，所有当皇帝的人都疑心很重，即使臣子摆出一副大公无私的模样来，他照样会怀疑，而且会加倍怀疑。博果尔在福临身上验证了多年，终于找出了一条应对之策，那就是把自己的私心坦率地表露出来，更容易取信人君。
“皇上，正由于阿布鼐是我的哥哥，所以我才要自己把他抓起来。以阿布鼐的罪过，处死也不为过，现在他能落得一个圈禁的结果，我还能照顾他的生活起居，已经是万幸了。”
“十一叔，那你为什么一定要抓他呢？他在察哈尔不是过得更好吗？”
“皇上，我是太宗的儿子，是世祖的弟弟，是皇上的十一叔，是爱新觉罗的一员，这些都比阿布鼐的弟弟身份更重要，大清皇室绝不容任何人轻忽，阿布鼐罪有应得。”
“十一叔，贵玛嬷很伤心吧？”
“是啊，都病怏怏两个多月了，也很久没正眼看过我了。”想到此处，博果尔也不禁叹气了。
皇贵太妃是个母亲，即使是大逆不道的阿布鼐也依然是她的儿子，如今她为小儿子使计把大儿子骗入囹圄，相对于不得已的博果尔，她更加对自己感到生气，也感到悲哀。
事到如今，她又能如何，只好用美女美酒美食华服来表达自己做母亲的一点歉意了。
对于鳌拜的咄咄逼人，博果尔也想到了还击之策。
顺治二年三月十八日，康熙过生日却没多少喜气，因其生母慈和皇太后佟佳氏于二月病逝，玄烨颇有些郁郁寡欢。
对于佟佳氏病逝这一事，博果尔是心存疑虑的，病逝？熬了这么多年，好容易熬成正果，成了太后，怎么可能这么轻易的就病逝呢？这其中与慈宁宫太皇太后和寿康宫仁宪皇太后绝脱不了干系。这些年来，蒙古女人排除异己的手段还是那几种，下药就是最常见的一种。当然，没抓到确凿证据时，博果尔绝对不会把自己的怀疑捅出去的，他更相信这会成为紫禁城的另一桩悬案，真相永远被掩盖起来。当然，博果尔自己不想惹麻烦，也不会让佟家蒙在鼓里的，反正那几个内线一直无所事事，让他们轻轻挑拔两句不是一件难事，至于那位还健在的佟老夫人想怎样做，那就不关他的事了。
“皇上，您已经十岁了，臣提议，从明日起您开始听政吧。”
玄烨终于提起精神来，只是，“十一叔，皇玛嬷让我跟着师傅们好好学文习武，不要懈怠。”
“皇上，您日后既不要考状元，也不要当将军，您要学的东西是治国之策，是为君之道，只能靠自己摸索，没人能教导你。再过两年，您大婚后就可以亲政了，现在就应当准备起来。”
“十一叔，可皇玛嬷那里？”
“皇上，您可愿意明日起开始听政，如果您没有异议，臣愿意往慈宁宫说服太皇太后。”
“那就拜托十一叔了。”
慈宁宫之行并没有受到很多阻挠，很快太皇太后就同意了博果尔的建议。在博果尔告退后，太皇太后曾与苏麻喇姑有过一番交谈。
“苏麻，你说博果尔是个什么样的人？”
“奴婢看不大出来，只觉得襄亲王对皇上极好。”
“是啊，他日日去给皇上讲政，还主动提出皇上听政，如果不是大忠，必是大恶。”
“太皇太后莫不是看出襄亲王有什么不对？”
“没有什么不对，只是太对了。苏麻，当初多尔衮可是千方百计地阻止福临接触政务，恨不得福临做一世的无知顽童，与现在博果尔的举动是完全相反的。”
“那不是好事吗？”
“苏麻，我担心的是玄烨对博果尔太过信任亲近，万一博果尔起了什么歹心，那玄烨可会防不胜防的。”
“太皇太后，那咱们要不要先下手为强？”
“不，苏麻，玄烨身边正需要一个支持他的人，我们还是等等看吧，看博果尔到时会不会爽快把权力交出来。”
“皇上大婚就亲政，那么太皇太后现在就可以特色皇后人选了。”
“嗯，科尔沁有人选吗？”
“有的，达尔汗亲王和塔和三等公吉阿郁锡家的格格都很不错，要不要召进京来给太皇太后瞧瞧？”
“嗯，召吧，多召几个，让皇上自己选。”
皇上开始听政对整个政局产生了巨大的影响，臣子们的目标改变了，从博取某个摄政王或辅政大臣的青睐变成了博取皇上的注意，尤其是襄亲王宣布等皇上大婚后就归政后，就更加热烈表现了。这么说吧，连自摄政以来一直缩手缩脚的岳乐也打起精神来，在皇上眼皮子底下行事可不会让人说成夺权争利，这时还不好好表现一番的都是傻瓜笨蛋。
正是有了康熙的在场，博果尔很轻松地取得了西洋传教士案的胜利。
康熙三年正月，西洋传教士汤若望南怀仁等人撰写刊印了《天学传概》一书，其中竟然宣称中国人源自欧洲，而中国的六经四书也沦为天主教的微言法语。早就对西洋传教士极其不满，曾多次状告的大臣杨光先如获至宝，于七月二十六日，正式控告汤若望有三大罪状：一是潜谋造反，二是邪说惑众，三是历法荒谬。他更荒谬地宣称：“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人。”
博果尔对西洋传教士在大清国土大肆宣传他们的教义，发展近二十万的教众一事也大为不满，对《天学传概》一书中的种种谬论也觉得荒唐至极。但他毕竟不同于保守的四大辅臣，他看到了西洋传教士们带来的另一种东西：科学，他期盼着能从这些人的身上获得更多的造船造枪造炮的知识，而这些都是对大清极其有利的。
博果尔再一次与鳌拜杠上了。鳌拜提议废除新历，逮捕汤若望等传教士，博果尔反对这一对西洋传教士赶尽杀绝的方案，并认为新历已历时二十余年�