1936年7月25日，国民政府任李宗仁、白崇禧以广西地区外的职务，李宗仁、白崇禧拒而不受，5天后，自行组织广西军政府，李济深任主席，后经黄绍■、程潜调停，李宗仁和蒋介石之间取得协议，广西承认国民政府，李任广西绥靖主任兼改编桂军而成的第五路军总指挥。
1937年8月，抗日战争爆发后1个月，李宗仁任第五战区司令长官，其地区包括江苏、皖北、鲁南。第五路军开到北方，分成两个军团。李在徐州设立司令部，统率桂军五个师。
1938年初，日军在徐州附近进攻，3月25日，日军两个支队进攻徐州东北的台儿庄，经五日激战，击溃日军一个支队。双方增援后，5月中旬在徐州外围展开激战，5月19日，李撤离徐州，率军去皖西豫东，在鄂北老河口设立司令部。李宗仁仍任第五战区司令长官，安徽省主席则另由桂系廖磊继任。
1939年4月，日军从汉口出击，攻占新野、唐河，包围了驻桐柏山的6个师，李宗仁于5月10日开始反攻，5月16日，救出桐柏山被围部队，收复了新野、唐河。
1945年初，李宗仁任军事委员会汉中行营主任，战争结束后，任北平行营主任。东北形势变化，中国共产党极可能战胜国民党，蒋介石请李宗仁主持东北战局。李宗仁仍任北平行营主任。
坚持要竞选总统
无论是汉中行营主任还是北平行辕主任，实际上都是蒋介石为李宗仁安排的有职无权的闲职。李宗仁心中颇为不满，他私下抱怨这样的职务简直是使他“上不沾天，下不着地”。
蒋介石为使自己的独裁统治合法化，宣称要实行“宪政”，通过选举产生总统和副总统。明眼人都清楚，不仅总统一席蒋介石势在必得，而且副总统的人选，蒋氏也早有安排，岂容别人染指。蒋介石没有想到，正当国民党上下筹备1948年春季大选时，半途中杀出个程咬金——李宗仁。
李宗仁于1948年1月8日在北平举行记者招待会，表示将参加副总统竞选。蒋介石被这一突如其来的举动气得捶胸顿足，觉得“好比一把刀指着胸膛那样难过”。旁人也认为李宗仁是异想天开，成功希望十分渺茫。桂系实力人物白崇禧、黄绍■匆忙飞至北平，劝说李宗仁打消参加竞选的念头，免得竞选不成，反引起蒋介石的猜忌，“吃不着羊肉，何必惹一身膻呢？”李宗仁胸有成竹地对黄绍■说：“此次选举，蒋和CC系不反对我便罢，如反对我，则愈反对，我获胜的可能性更愈大。”
李宗仁：“我们都是失败者”（4）
李宗仁坚持参加竞选并抱有如此之大的获胜期望，其中美国对华态度的转变起了关键作用。自中国内战爆发以来，美国政府给予蒋介石政权大批军事援助，可是，蒋介石统率的几百万大军在与解放军作战中却连连失利，引起杜鲁门对蒋介石的不满。1947年8月，杜鲁门派魏德迈来华进行一个月的调查。魏德迈离华前夕在一份声明中指责国民党政府“贪污无能”、“麻木不仁”，“中国的复兴有待于富有感召力的领袖”。同时美国驻华大使司徒雷登在给美国政府的报告中也谈到“象征国民党统治的蒋介石，其资望已日趋衰微，甚至被视为过去人物”，而“李宗仁将军之资望日高”。既然有美国的支持，李宗仁也就无需担心蒋介石奈何他了。
3月11日，李宗仁在北平中南海正式宣布参加副总统竞选，尔后又在南京成立了竞选事务委员会，并亲抵南京坐镇。蒋介石对李宗仁之举虽心怀不满，但面子上还得装出公平民主的姿态。随着李宗仁竞选鼓点的加快，蒋介石唯恐他竞选成功，便公开对他设置障碍，先是鼓动原本无意副总统席位的孙科宣布参加竞选，随后又亲自出马，劝阻李宗仁。4月3日，距离竞选之日仅有20天，蒋介石在其官邸召见李宗仁。
客套寒暄既毕，开始了一段耐人寻味的谈话。蒋介石说：“总统、副总统的候选人，均由中央提名，副总统的候选人已内定孙哲生（孙科），希望你顾全大局，退出竞选。”李宗仁颇感震惊：“半年前，我已向总裁请示，所以我就积极准备一切。事到如今我已欲罢不能了。”“你还是自动放弃的好。”蒋介石极不耐烦地说。李宗仁答：“委员长，这事很难办呀！”蒋介石大为恼怒，提高嗓音：“我是不支持你的，你还能选得到？”李宗仁也毫不含糊地回答：“委员长，我一定选得到。”
4月4日，国民党第六届中央执行委员会临时全体会议在南京丁家桥中央党部礼堂开幕，蒋介石提出副总统候选人由党内提名。李宗仁与准备参加副总统竞选的于右任、程潜建立起联合战线，一致反对蒋介石的提议。最后会议取消了蒋介石的主张，蒋介石心里很不是滋味，在4月12日纪念周中，他借题发挥，指桑骂槐，大骂不受约束的人，矛头直指李宗仁。
23日，国民大会正式选举副总统。开票结果：李宗仁得754票，孙科得559票，程潜得522票，于右任得493票。因候选人所得票数无一人超过法定有效数字，依选举法规定，得票较多的李宗仁、孙科、程潜需进行第二次竞选。24日投票结果表明：李宗仁虽在候选人中占据领先地位，但还是未达到法定人数，故仍需举行第三次投票。
形如侍卫一般的李宗仁
1948年4月29日，国民大会再度进行了投票，李宗仁以1438票的多数战胜孙科，当选为副总统。
5月20日，举行了正副总统就职典礼。当李宗仁披挂戎装肃立在身着长袍马褂的蒋介石旁时，如梦初醒，方知又遭老蒋戏弄。原来，李宗仁事先征询蒋介石参加庆典的服装时，蒋介石明确答复穿军装。如今蒋介石违背先诺，使李宗仁形如侍卫一般，以发泄对他竞选成功的怨气和不满。
李宗仁当选副总统后，蒋介石为远隔李宗仁和白崇禧，免去白崇禧国防部长的职务，将其调到武汉任华中“剿总”司令。事后白崇禧的夫人马佩璋不满地对程思远说：“你把德邻公选为总统，而把我们健生拉下台了。”话并不错，但她却忘记了宪法赋予副总统的权力是相当有限的，加之蒋介石惯有的独断作风，因此与其说李宗仁是从北平行辕主任荣升为副总统，倒不如说他是从一个吃闲饭的位置换到了另一个吃闲饭的位置。
1948年入冬以后，国民党军在东北、华北、中原三大战场的节节溃败，使蒋介石处于“世事茫茫难自料，春愁黯黯独成眠”的境地。在内外一片谴责声下，蒋介石不得不提出下野自咎。12月25日，蒋介石派张群、张治中、吴忠信等人来到傅厚岗李宗仁的官邸，就蒋介石下野一事进行初步洽商，并做出如下决定：（一）蒋介石为便于政策的转变，主动下野；（二）李宗仁依法代行总统职权，宣布和平主张；（三）和谈由行政院主持。
李宗仁：“我们都是失败者”（5）
蒋介石原定1949年元旦宣告下野，但恰在此时，桂系主将白崇禧从汉口突然发出一份电报，称在此“军事失利，主力兵团损失殆尽”的情况下，国民党应呼吁和谈，以期争取一个“喘息整补”的机会。蒋介石拿到这份电稿，立刻判定这是桂系企图依仗军事上的实力逼他下台，愤恨地说：“我平生不向任何势力低头。”言外之意，桂系越逼，他越要故意拖下去。
1948年除夕，李宗仁应蒋介石之邀到黄埔路总统官邸就餐。窗外火树银花，屋内却凄凉惨淡。餐后，蒋介石命张群宣读了准备第二日发表的《元旦文告》，表示“个人的进退出处，绝不萦怀，而唯国民的公意是从”。张群读完后，蒋介石问身边的李宗仁有何意见，李宗仁顺水推舟地说：“我与总统并无不同意见。”突然CC系骨干谷正纲放声大哭起来，说蒋介石下野会影响人心。蒋介石站起来大声说：“我并不是要离开……我自愿下野，不是因为共产党，而是因为本党中的某一派系。”蒋介石迁怒于李宗仁、白崇禧为首的桂系。
蒋介石寄望于新的一年能给他带来好运气，可事与愿违。1月7日，杜聿明部一举被歼，同时美、苏、英、法等国政府也婉言拒绝作调解人的请求。蒋介石在战既无望，和亦不能的情况下，终于被迫“引退”。
21日上午10时，蒋介石召集在南京的国民党高级官员举行紧急会议，正式宣布引退，由李宗仁依法执行总统职权，蒋介石保证五年内绝不干预政治。随后，蒋介石拿出一份文告让李宗仁签字。散会时，李宗仁问蒋介石准备何时动身，以便相送，蒋介石推说起飞时间尚未确定，但实际上他一离开会场就径赴机场，乘“美龄”号专机飞往杭州。当李宗仁等得知后急忙赶去送行时，蒋介石早已无影无踪了。
很难有所作为的李宗仁
1949年1月24日，李宗仁在南京政权岌岌可危之际，宣誓就任代总统。受命于危难之际的李宗仁，将“与共产党两分天下、隔江而治”作为自己的施政目标。为此他一面倡导和谈，一面调兵遣将、整顿军队、构筑江防工事。但由于蒋介石公开在老家溪口遥控而很难有所作为。另一方面，李宗仁为了笼络人心，以显“政德”，宣布释放###，还特别下令立即释放张学良、杨虎城将军。
《中央日报》刊登了这一消息。举国上下尽人皆知，亲朋好友奔走相告，为张学良、杨虎城两位将军即将获释而庆幸、高兴。这天，杨将军吃过早饭像往常那样等待着特务把报纸送来。可直到中午，仍然没见到报纸。
几天之后，别的报纸都按时送到了，唯独那天的报纸一直没有看到。他知道，当时的战局天天在变。三大战役的失利，蒋介石的引退，李宗仁代理总统，情况定会有新的变化。他联想到那天特务们交头接耳的情景和几天来特务们对他稍微和气的表情，就觉得其中一定有什么蹊跷。于是他找到龚国彦，非要那天的报纸不可。
原来，龚国