谭学夔、警察厅长王光龄、商会团长岑伯铸、龙军代表贺文彪、颜启汉、潘斯凯等。会上，徐勤提议粤省所有军队一律改为护国军，另举司令员问题，这时会议仅仅进行了十五分钟，便陷入了争执。颜启汉拔枪就射，顿时枪声大作，汤觉顿、岑伯铸、谭学夔、王广龄、贺福乔等不幸遇难，徐勤在乱枪中机警逃脱，幸免遇难，造成了骇人听闻的海珠惨案。
海珠惨案发生后，广东各地军民群情激昂，要求进军广州，杀掉龙济光，而梁启超、陆荣廷也率军一万东进，将与龙济光决一死战，面对如此严峻状况，龙济光不得不稍微让步，处决海珠惨案主谋四省禁烟督办蔡乃煌，并派巡按使张鸣岐赴梧州商谈两广“合作”条件，并于其后亲赴肇庆，接受合作条件“龙宜带兵北伐，而以都督让之他人，每日则给龙军饷若干万，并宜交出蔡乃煌及海珠惨案罪首颜启汉等”。
5月1日，两广督司令部成立于肇庆，岑春煊为都司令，梁启超为都参谋，统一领导两广的军事行动，团结了各路民军，孤立了龙济光。
龙济光答应合作条件后，陆荣廷率军前往湖南战场，广东方面顿时力量大减，龙济光见梁启超等态度渐趋温和，兵力又不足时，又违背诺言，既不让出都督之位，又不出兵北伐。梁启超无奈之下，只得保留龙的地位，换取一个“北伐宣言”，龙济光答应后又不肯宣言北伐。
龙济光的反复无常，激起了肇庆军人及各地民军的极大愤慨，纷纷要求出兵驱逐龙济光。然而，梁启超“害怕破坏”的思想又旧病复发，认为起义是为拥护国法，而不是争权夺利，并表示只要龙济光宣布北伐，保留龙济光的都督地位是可以的。梁启超资产阶级的软弱性又一次在封建军阀面起流露了出来，他甚至亲赴广州，推行其错误主张，名曰“靠血诚去感动”龙济光。
5月5日，梁启超在李根源的伴随下前往那个观音山和龙济光“苦口婆心的谈了十几个钟头”毫无结果。次日晚，龙济光召集军官会议，“欢迎”梁启超。席间，龙济光大将胡令萱大骂张鸣岐，并恶声恐吓梁启超，并拔枪相向，同时伏兵于门外，将效海珠之故智，又一场鸿门宴会。梁启超见状，一跃而起，慷慨激昂：
我在海珠事变发生后才来，并不是不知道你这里会杀人，我单枪匹马手无寸铁跑到你千军万马里头，我本来不打算带命回去。我一来为中华民国的前途来求你们帮忙，二来也因为我是广东人，不愿意广东糜烂，所以我拼着一条命来换广州城内几十万人的安宁，来争全国四万万人的人格。既已到这里，自然是随你们要怎样便怎样……
言正辞厉，意气横厉，使得暴徒们为之一愣，不敢动手。是夜，梁启超彻夜未眠，“受惊不小”，在张鸣岐、李国治等人的护送下由小到逃往肇庆，“鸿门恶会，仅乃生还，盖纪实也。”
梁启超单刀赴会，与龙济光达成协议，发出“团结一致，专心北伐”的通电，并没能扭转广东局势，但造成的声势，使得袁世凯整日胆战心惊，惶惶不可终日。
5月6日，在梁启超一手策划下，护国军军务院成立于肇庆，唐继尧为抚军长，岑春煊为副抚军长，梁启超等为抚军。军务院成立后，连续发表五号通告，将袁世凯推向了无底的深渊，使护国战争发展到最高潮。
在迫袁退位的高潮中，保皇派首领康有为也发出了《请袁世凯退位电》、《为国家筹安定测者》，倡议清帝复辟，作为康有为的学生，梁启超对老师颇感无奈，为了共和，他随即发表《辟复辟论》，针对康有为的复辟谬论进行尖锐的批判，二人达到了真正不可调和的地步。
军务院成立后，冯国璋见各省纷纷响应，便以“调停南北，促使议和”为借口，召开南京会议，逼袁退位。梁启超作为南方各省代表于15日离开肇庆，经广州、香港于22日抵达上海，奔赴南京，与冯国璋商讨逼袁退位问题，成为南京会议的幕后参与者。而此时，各地前线仍然继续猛进，痛打落水狗，不因谈判而稍事放松。
可是，梁启超抵达上海时，噩耗传来，父亲梁宝瑛于4月14日病逝于香港，梁启超“闻丧昏迷”，悲痛万分，出于对父亲的愧疚，梁启超决定辞去军务院各种职务，闭门居丧，声称不闻国事。
而此时，北方各省也纷纷宣布独立，迫袁退位之声从四面八方如海潮般冲击着袁世凯。一连串的刺激让袁世凯日夜焦虑，失眠，喜怒无常，甚至小便不通，病入膏肓，陷入四面楚歌，于1916年6月6日一命呜呼，而护国战争也因此而宣告提前结束。
护国运动的善后
袁世凯暴死后，段祺瑞、冯国璋皆欲取而代之，继承北洋军阀衣钵，而西南护国军方面唐继尧、岑春煊、梁启超、蔡锷、陆荣廷等则根据民国二年九月国会参众两院决议公布之大总统选举法第五条，“大总统缺位时，由副总统继任，至本任大总统期满之日为止。”一致主张由副总统黎元洪继任，而军务院成立时，曾根据《临时约法》的规定宣布“恭承副总统黎元洪为中华民国大总统领海陆军大元帅”，黎元洪的继任，是维护《临时约法》的尊严，是民主共和的胜利。
6月29日，黎元洪申令遵行民国约法，于8月1日召开国会，废除袁世凯设立的法令和机关，废除国务卿，任命段祺瑞为国务总理。此后，黎元洪与段祺瑞开始了争权夺利，称之为“府院之争”。
段祺瑞早于4月22日继徐世昌任国务卿，便开始主持国务院，妄想推行袁世凯的政策，重新实行《新约法》，登上大总统宝座。而此时，为维护革命成果，梁启超、孙中山、冯国璋等均主张恢复《旧约法》，开始了恢复《新约法》还是《旧约法》的争论。6月25日，海军将领联合发布宣言“今率海军将士加入护国军，以拥护今日大总统，保障共和为目的，非俟恢复元年约法，国会开会。正式内阁成立后，北军海军部之命令，概不接受。”同时原参众两院议员宣言，非俟约法恢复，决不入京应招。 在各界驳斥和海军独立的威胁下，段祺瑞只得暂时放弃恢复《新约法》的主张，以免自己陷入孤立。
护国战争发展到这一阶段，惩办帝制祸首成为重要议题。梁启超等提出一个祸首名单，包括杨度、严复、梁士诒等十三人称为“十三太保”，要求“明正典刑以谢天下”。段祺瑞当然不会严惩这些“旧交”，他一面谋求缓刑，一面暗示榜上有名的人离开北京，与梁启超等人周转，以图开脱，为帝制祸首大开绿灯，而梁启超认为段祺瑞“宅心仁厚，持恭清重，维护时局，非匹莫属”，对其不断妥协，使得段祺瑞得寸进尺，只在最后得到一到“通而不缉”的命令。
另外，段祺瑞一边拉拢原北洋各派，一边分化、打击护国军，使得独立各省纷纷宣布撤销独立，蓄谋搞垮军务院。在这种情况下，梁启超仍然认为在段祺瑞领导下，“我国之共和政治必日趋巩固”， 继续对段祺瑞妥协。7月15日，在北方申令惩办祸首的同一日，唐继尧等在梁启超的一再催逼下，宣布撤销军务院的通告中外，护国运动的胜利果实被段祺瑞不费吹灰之力窃取了。梁启超打倒了一个封建专制的代表，又将政权交给了另一个封建专制的代表。电文如下：
今约法既复，国务总理既特任，虽阁员未经国会通过，然当国会闭会时，元首先任命以俟追认，实为约法所不禁。现国务院既依约法而成，与本院组织条例所指正合。今大总统之依法继任，既符独立各省最初之宣言，政府国会次第成立，允为全国人民心理所同惬。本军务院谨依组织条例于本日宣告撤废，其扶军及政务委员长外交专使军事代表等名目，一并销除，国家一切政务，静听元首政府国会主持。为此布告天下，咸使闻知云云。
护国战争后，蔡锷接到了北京政府的任命他为四川督军和省长的公报，但是因为戎马倥偬，一直没有医疗的时间，此时他已经喉咙肿痛，饮食难进，无法继续工作，只好向梁启超“请乞假数月”。7月19日，北京政府批准给假三个月，让他“就近调养”。然而蔡锷病情加重，国内无法医疗，而医生也给出了无法诊治的结果，在这种情况下，梁启超一边向政府为蔡锷请假，一边整理护国战争起草的文电、宣言及回忆录等汇集为《盾鼻集》，请蔡锷作序，共同分享护国战争的果实和喜悦，书中洋溢着军人的豪迈和高度的乐观精神。11月8日，为护国战争立下丰功伟绩的陆军上将、一代风云人物、四川督军及省长蔡锷，在日本福冈九洲医院与世长辞。他是中国民主革命的巨大损失，他的英名永垂青史。
护国运动以《异哉所谓国体问题者》为开端，以军务院解散为结束标志。蔡锷为事业献出了生命，李烈钧怀着壮志难酬的悲愤离开了护国军第二军，梁启超也“决不立朝”，功成身退，而唐继尧等继续他们的军阀生活，中国重新回到了北洋军阀的手中，袁世凯死了，但民主共和还未实现，“同志尚需努力”呀！
1917年2月1日，德国实施无限制潜艇政策，扩大侵略，严重侵犯中立国的利益。2月3日，美国对德宣战，随后，一些中立国纷纷与德绝交，进而宣战，而中国却陷入了参战与否的漩涡，黎元洪与段祺瑞的矛盾也日益尖锐起来。
2月8日，在段祺瑞的督请下，梁启超来到北京，商讨应对政策取得总统同意之法。9日，梁启超入总统府说服黎元洪，并与当天对德国新潜艇政策提出抗议，然而仍然没能通过对德绝交方案。
梁启超通过分析，指出参战是我国跻身国际社会，增强国际地位的大好机会。而战争结束后，中国才能在和平会议上争得权利，以公理制裁日本侵略的野心。段祺瑞也希�