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红卫兵的绝食斗争惊动了上层。中央文革小组出面，支持东方红公社的揪斗行动。地质部党委无可奈何，邹家尤答应第二天返校听取批判。
9月5日，地质学院东方红公社二进地质部，再揪邹家尤。邹家尤已去地院接受批判，可部分红卫兵仍觉得难解心头愤懑，继续滞留在地质部，静坐，贴大字报，进而强行冲击地质部机关，翻阅各种档案，取走各种文件资料。
9月7日，首都红卫兵西城区纠察队（简称西纠）出动，要求地质学院东方红公社撤离，东方红公社不允，双方由辩论发展到武斗。此后，东方红公社继续在地质部造反15天，于9日19日撤离。
9月28日，中央文革小组成员关锋在地院座谈会上讲话，点名批评指责邹家尤。关锋的讲话无异于给东方红公社的红卫兵火上加油。
10月8日，东方红公社第三次开进地质部，在地质部召开了“揭发批判何长工、邹家尤执行资产阶级反动路线大会”。深夜，红卫兵绑架了地质部党委书记何长工。
10月27日，地院红卫兵再进地质部“扩大战果”。地院东方红公社红卫兵四进地质部，在全国影响甚大，东方红公社成了红卫兵运动中的一面旗帜，其组织头头王大宾，成了北京市红卫兵著名的“五大领袖”之一。
北京航空学院红旗战斗队步地院东方红公社红卫兵之后尘，来到国防科委门口静坐，要求交出在北航担任过工作组长的国防科委局长赵如璋。
国防科委副主任罗舜初将情况报告林彪，特别说明“赵的健康状况不好，如果交学生批斗，后果不堪设想”。林彪没有任何答复。此后，罗舜初又多次将红卫兵静坐的情况及时向林彪报告，请求指示，但均得不到答复。
中央文革小组将这一新动向报告给毛泽东，毛泽东支持北航红旗战斗队的造反行动，认为揪工作组不仅应该，而且很及时。9月21日，陈伯达接见北航红旗战斗队的红卫兵，极力赞扬他们。鉴于红卫兵揪斗的要求，陈伯达亲笔写下“军令状”：“以普通劳动者的态度，同北航学生聚谈或者同住几天，科委的干部（包括罗舜初、赵如璋），如果被杀死或杀伤，陈伯达情愿抵偿性命。”陈伯达出奇制胜，立下这么一道字据，解决了一道难题。
9月23日，国防科委交出了赵如璋。北航红旗战斗队的红卫兵撤离。从此，此后红旗战斗队也一举成名，成了红卫兵运动中的另一面旗帜，其组织头头韩爱晶，也成了北京红卫兵“五大领袖”中的一员。
揪斗工作组和领导干部的同时，红卫兵内部出现了分岐。各大专院校和中学里的多数派，赞成造牛鬼蛇神的反，却不赞成造老干部的反。在他们所接受的教育中，造老干部的反无异于反党，而1957年的教训证明，任何稍稍有点同共产党离心离德的行为都会自食恶果，更用不着说反党了。因此，红卫兵要造老干部的反，理直气却不壮，他们的另一个苦恼是：中央似乎并没有明确地支持他们。
当然也能够得到来自中央文革的某种暗示。问题是此时的中央也非常复杂，某位首长今天还在台上，明天说不定就会遭到“火烧”、“炮轰”。但是不管怎么样，来自中央文革的一些暗示还是给了红卫兵心理上的安慰和依托。
8月16日，陈毅在接见外语学院等三校红卫兵代表时说：“对工作组要一分为二”，“说工作组是黑帮，不对。工作组有错误，应该检讨，但不能说工作组都是黑帮。”
8月22日，周恩来在清华大学的一次会上说，在工作组的问题上，“我应该向你们说明，这是中央全会解决的问题，因此不能仅仅责备工作组，也不能仅仅责备北京市委。”
9月17日，李先念对粮食部的部分代表说，工作组“即使犯了方向路线错误，也不能说是牛鬼蛇神，还是人民内部矛盾。”
在一片“革命造反”的吵闹声中，类似这种较客观清醒的声音非常微弱。而且这些声音也往往混杂在讲话者本人大量的革命词汇中，更加难于让人注意。红卫兵中的多数派却敏锐地从这些微弱的声音中捕捉到了他们所需要的信息，依据这些暗示，他们冲锋陷阵，为工作组和老干部鸣不平。
但是中央文革小组并不支持他们，9月13日，谢富治在公安部接见北京政法学院红卫兵代表时说：“现在学校至少两派，一派是揪工作组的，一派是保工作组的，大部分是多数派，有不同的看法。少数派方向是对的。……在对待工作组的问题上，真理在少数派手里，我是支持少数派的。”
中央文革小组其他成员如江青、陈伯达、关锋、王力等。也都曾先后在各种场合讲过类似的意思。更加意味深长的是，毛泽东支持北航红旗战斗队揪斗工作组，这证明毛泽东的屁股坐到了中央文革小组和红卫兵少数派一边。毛泽东的态度，百分之百能左右红卫兵运动的方向。这样一来，很多红卫兵组织纷纷掉转枪口，将“火烧”“炮轰”的目标对准了工作组和领导干部，并纷纷加盟到红卫兵少数派一边。
9月18日至20日，由江青、陈伯达策划，张春桥主持，王力、关锋、戚本禹、姚文元参加的“北京大专院校部分师生座谈会”如期召开。清华、北师大、北京地质学院等高等院校的红卫兵和群众代表参加了座谈。会上，蒯大富、王大宾等人的发言火药味很浓，有中央文革事先交底，他们提出文化大革命中存在一条“右倾机会主义路线”，有人在“搞调和”，“把右倾机会主义路线保了一下”。他们“怀疑现在是否还有一个暗中与党中央、毛主席对抗的司令部”。张春桥把这类发言集中起来，印成材料，由江青向上呈送毛泽东。
北京红卫兵的行动对全国红卫兵以及文化大革命的发展具有举足轻重的影响，而毛泽东的态度，又能对北京红卫兵产生最直接的影响。北京红卫兵敢于造反，敢于冲击政府机关，并且得到了毛泽东和中央文革小组的有力支持，他们成为全国红卫兵运动的新偶像。造领导干部的反，把领导干部打倒，这在以前是不敢想的，对红卫兵来说太具有诱惑了。
于是全国范围的红卫兵造反派（即少数派）组织蜂涌而起，湖南省造反派喊出了“打倒一切当权派”的口号，并明确提出要“炮轰九级司令部”。
所谓“九级司令部”，即中央、中央局、省、市、地、县、公社、大队、生产队。也就是说，所有共产党的组织和政府，皆在炮打之列。10月29日，张春桥在接见浙江金华北上控告团时说：“到了9月，几乎所有省、市委都被包围了”。据此，“炮打九级司令部”可见一斑。
成立了红卫兵纠察队
破四旧期间发生了这么一件事：某地有个资本家的老婆在批斗中发疯了，用菜刀一连砍伤了三个红卫兵。这件事引起了周恩来的高度重视，经他提议，决定成立一个红卫兵联络站，由解放军、机关干部和红卫兵三方面一起协调，处理破四旧中出现的诸多问题。
据当年曾调到红卫兵联络站工作的北京戏剧专科学校红卫兵徐雅雅回忆，联络站设在劳动人民文化宫，生活条件艰苦，每天吃咸菜，啃干烧饼，喝白开水，尽管如此，红卫兵心里却都非常愉快。联络站的工作由周恩来总理亲自过问，每天，要接待来自全国各地的一批批红卫兵，处理各种矛盾，解决各种疑难问题。
当时，红卫兵组织中的混乱普遍存在。
8月6日，北京市率先起来造反的清华附中、人大附中、北航附中的老红卫兵们，向社会散发了《红卫兵紧急呼吁书》。该《呼吁书》中说：“我们向全市真正革命的红卫兵、红旗及其他左派组织呼吁：一、各校真正的左派联合起来，行动起来，立即采取有效措施，严格禁止乱打人，耍流氓，破坏国家财产等坏行为。提高警惕，监视、管制反革命分子，不许他们乱说乱动；二、毫不留情地勒令那些故意破坏党的政策的混蛋们滚出红卫兵、红旗及其他真正的左派组织，假左派组织一律解散！今后谁还胆敢破坏党的政策，我们绝不答应……”
8月25日，北京市八中、四中、六中等31所中学的红卫兵代表在北师大附中集合，发起并成立了第一个跨校际联合性的红卫兵组织，命名为“首都红卫兵西城区纠察队”（简称“西纠”）。不久，海淀区、东城区红卫兵也相继成立了“东纠”、“海淀分队”等跨校际的红卫兵组织。
西纠等红卫兵组织的真实想法和用意，是按照毛泽东关于群众自己教育自己的指示，用纠察队去纠正、控制某些红卫兵组织无法无天的混乱局面。
西纠等红卫兵组织的成立，很快得到了周恩来、陶铸、王任重、廖承志这样一些尚在台上的“稳健派”的支持。周恩来通过当时的国务院办公厅主任周荣鑫，为红卫兵纠察队提供了房屋、电话、交通工具和印刷设施，甚至还包括红卫兵冬夜值班所需要的军大衣。
红卫兵纠察队发出的一份份《通令》像雪片般撒向北京城的每一个角落。在8月27日发出的西纠第三号《通令》中，明确提出：任何组织和个人都无权随便宣布戒严，“尤其不允许拦截和检查首长的汽车！绝不允许以任何理由拦截军车！”“绝不允许任何人擅自查抄国家机关、查抄国家负责干部的家！我们要保卫国家机密！保卫革命老首长的安全！”《通令》还规定：“各商店现存的实用商品，若其商标不是反动的，不是黄色的，就可以继续出售，任何人都不要进行阻止，不要让坏人乘机破坏国家财产。”《通令》中还特别指出：“严禁围追外宾、归国观光的华侨和港澳同胞，必须保证他们的安全和正当活动。”
9月3日，西纠发出第五号《通令》，强调“要文斗不