刘秀不出声。虎牙将军铫期在殿外听得心急，不等通报就跑了进去，附和耿彪，要求刘秀赶快拿定主意。刘秀被部下急不可耐的表情逗得哈哈大笑。从此，刘秀正式与刘玄决裂。但是他仍然不愿称帝。
正式割据一方的刘秀，河北是他的重要势力范围。因此他更进一步地讨伐河北境内的其它势力，并且很快将主要的铜马、高湖、重连收伏，并且封他们的首领为王侯。
降人们都害怕刘秀日后加害自己，人心惶恐不安。刘秀明白降部的心境，于是不带任何护卫，单骑巡视降部军营。降人对刘秀感激涕零，都说：“萧王有如此胸襟，我们只有拼死报效才能对得起他。”
在河北顺水，刘秀遇到了敌人的袭击，在战斗中，身先士卒的他被敌人偷袭，战马负伤将他摔在了地上。将军耿彪和王丰拼死将围攻刘秀的敌人杀退，发现他的脚负了伤，刘秀笑着说：“要不是你们来得好，我就要让敌人嘲笑了。”耿彪却没有这个心情说笑，赶紧将主人扶上战马，一起返回范阳。
刘秀重整军队，再次势如破竹地攻下了很多城池。一路上，将领们轮着班儿地劝他做皇帝。刘秀仍然没有答应。
来到棘城时，刘秀听到了更多消息：平陵方望立西汉废帝刘婴重新登基，不久被李松杀掉；蜀郡公孙述也自立为皇帝。这些消息令刘秀很是感叹，对冯异叹道：“他们怎么也一个个地都想当皇帝呢？”冯异趁机劝说：“他们怎么能比得上你？何况李松公孙述都不姓刘，要想保住汉家宗庙，眼下只能靠您了。”
正在刘秀沉吟不语的时候，他又一位老同学强华找上门来。强华将一本图谶《赤伏符》送给刘秀，上面第一页便写着：“刘秀发兵捕不到，四夷云集龙斗野，四七之际火为主。”
趁着这本谶文的东风，众将再一次集体请愿，于是刘秀终于在公元25年6月，在河北柏乡登基为帝。
就在刘秀称帝的当年，郭圣通为他生下了长子刘彊。当上父亲这一年，刘秀已经三十二岁。
与此同时，长安城内绿林军策立的更始帝刘玄被赤眉军击败，向赤眉军策立的刘盆子（西汉城阳景王刘章后人）投降。不久被缢杀。刘秀闻讯，挥军南进洛阳。
守城的更始帝旧部名朱鲔，就是当年设下套子杀害刘秀大哥刘縯的主谋之一。他听说刘秀来攻，非常害怕。刘秀派岑彭去招降朱鲔，指黄河起誓，假如朱鲔不损兵卒百姓自动投降的话，自己决不追究他当年各为其主时的旧怨。朱鲔归降，刘秀不但保全他的性命，甚至维持了他从前的官爵。
刘秀大军进城，定都洛阳。洛阳史称“东都”，刘秀开创的汉王朝，从此被称为“东汉”。
终于定下了都城，刘秀从此才算是安下了家。安家后，刘秀做的第一件事，就是派侍中傅俊前往新野迎接阴丽华。面对结发之妻和继娶之妻，刘秀左右为难——如果有得选择，他只愿意让阴丽华做皇后，可是郭圣通与自己也有夫妻情谊，而且她不但有儿子，背后还有舅父刘扬的十万大军。困窘之下，刘秀只得选择当蜗牛，先把她们都封为仅次于皇后“贵人”。封后之事暂缓。
柔道治国
建国后，刘秀首先妥善安置了开国功臣。对这些跟自己一同打天下的开国功臣，刘秀一方面给他们以高爵厚禄，给予优厚的待遇。同时，刘秀不忘在各种公开场合回忆这些功臣和自己打天下的艰难历程，以示不忘他们的功劳。读书人博士丁恭觉得不妥，对刘秀说：“您封了这么多侯爵，而且给他们那么大的封地，合适吗？不怕变成国家隐患吗？”刘秀对丁恭的话一笑了之：“亡国必是因为皇帝无道，世上哪有因为功臣多得奖赏而亡国的事情？”封过功臣，刘秀将长安城里的西汉诸帝灵位迎到洛阳宗庙供奉。
有一次，刘秀在宴请群臣时问各位功臣说：“你们如果不是跟我一起打天下，你们自己揣度一下现在能得到哪种爵禄？”邓禹回答说：“我可以当文学博士。”刘秀说：“你太谦虚了，你至少能当个功曹。”其他各位都一一回答，刘秀也是一一评点。轮到马武时，马武说：“我可以当捉拿盗贼的尉。”刘秀一听大笑起来：“你能当尉？你只要能保证不会因做盗贼而被亭长捉住，就多错了。”由于君臣关系相当融洽，东汉的功臣们很少有像西汉初年那样人人自危的。
另一方面，刘秀也不忘时时告诫功臣们不要居功自傲。公元26年，刘秀在封邓禹、吴汉为侯时，一面封侯，一面下诏告诫说：“人心要知足，不要只顾一时的放纵快活而忘记法纪刑罚，诸位的功劳都很大，要想世代相传，就应当如临深渊、如履薄冰、战战兢兢，不可一日大意。”
为防止外戚干政的问题再次出现，刘秀规定：凡是后族、宫戚，一律不得封侯参政，并对其进行了严密的防范。公元33年，刘秀想封外戚阴兴，阴兴极力推让，认为“家贵已极，不可复加”。刘秀对他这一举动深表赞许。就这样，刘秀既不愿外戚权势增长，又有意鼓励他们谦退，所以光武年间，外戚都没有很大的权势。
为了加强皇权，光武帝从建立东汉王朝起，就不断加强对官吏的法律监督，强化专制主义中央集权制度。如东汉时期的三公，名义上司徒掌民政，司空掌水土工程，太尉掌军事，但实际上，三公没有实际权力。一方面，三公之下有九卿，分掌庶政；另一方面，军国大事、典要机密、刑政诛赏的权力，已转归尚书，三公权力得到了极大的削弱，加强了中央集权。
刘秀深知治理国家首先必须有贤明的人才。他沿用了西汉的察举征辟制度，颁布了“四科取士”的诏书。“四科”是选择官吏的德才标准：一是品德高尚，志节清白；二是有知识，是通经的儒士；三是熟悉法令，能够熟练地依法办事；四是有魄力才干，遇事不会犹豫，能独当一面。通过这种制度选拔上来一批官吏，但刘秀对他们要求非常严格，不仅要求他们严守法度、勤于职守，还经常亲自对他们进行考核，选优汰劣。对违法官吏，严加处罚，就是对尚书近臣，只要有过错，也要进行处罚。
正是在刘秀的这种政策下，东汉开国初年出现了一批忠正耿直的官员。董宣，曾任洛阳令。有一次，光武帝的姐姐湖阳公主的家奴光天化日之下在洛阳城内仗势杀人，事后藏在湖阳公主家不敢出门，官吏们对此无可奈何。几天后，湖阳公主出门，那家奴以为在湖阳公主身边不会出事，便随同驾车。董宣闻讯后，挡住公主车马，厉声指责公主管教不严，并让人把那名家奴拉下车，就地斩首。
湖阳公主哪能忍受如此羞辱，跑进宫去向光武帝哭诉，光武帝听后大怒，立即召董宣进宫，准备将其鞭打至死。但董宣入宫后，面不改色，平静地对光武帝说：“我请求说完一句话再死。”光武帝问：“说什么？”董宣说：“陛下圣德，中兴汉室，却纵容家奴枉杀平民，如此下去，不知陛下将怎样治理天下？”说完一头向楹柱撞去，顿时血流满面。光武帝马上让左右扶起董宣，放弃了将董宣鞭打至死的念头，让董宣向湖阳公主叩头认罪。董宣自认为没罪，不肯服从，左右用手压着他的头，企图让他把头低下，可董宣双手撑地，死不低头。湖阳公主见状不满地说：“皇上在做平民的时候，也藏过逃亡和犯死罪的人，官吏都不敢上门，现在身为天子，难道威力反倒对付不了一个县令吗？”光武帝苦笑着说：“天子和平民是不一样的。”光武帝让人把董宣的头包好，并赐他到太官府吃饭。饭后，董宣把碗反扣在桌子上，光武帝问他这是什么意思，董宣回答说：“我吃饭不敢有余粒，如同奉职尽忠不遗余力一样。”光武帝深为他尽责尽忠的精神所感动，称之为“强项令”，也就是硬脖子县令的意思。
董宣担任洛阳令五年，对各种不法行为严加打击，被人称为“卧虎”。74岁那年，董宣死在任上。光武帝专门派使者前去吊唁，只见董宣身覆一布被，妻子儿女相对而泣，家中仅有大麦数斛，破车一乘。光武帝听说后，伤感地说：“董宣廉洁，死后才真正知道。”
刘秀还深切地认识到，要使国家真正地长治久安，必须安民，与民休息，才能保持社会稳定，才能发展社会生产。
首先，是给老百姓一个安定的社会环境。刘秀生长在民间，经历过王莽的残暴统治，知道耕作的艰难及百姓的痛苦。因此建立东汉后，通过废除王莽的繁苛法令，恢复汉初的简政轻刑，给百姓创造一个宽松的社会环境。此后，他多次下诏裁减各地的监狱，不断地告诫各级官吏尤其是地方官吏要体恤百姓、宽松执法。
其次，是有效减轻人民的负担。光武帝认为官吏的奢侈、官僚机构设置无度以致冗官无数，是百姓的最大负担。因此他在位期间，始终提倡节俭。公元37年，一国使者向光武帝献上一匹可日行千里的名马和一柄宝剑，光武帝接受后便下诏把这匹千里马送去驾鼓车，把宝剑赐给骑士。在光武帝的垂范下，节俭在东汉初年形成风气。
再次，是提高奴婢的社会地位。西汉中期以来，大量的平民沦为奴婢，成为严重的社会问题。为此，光武帝曾连续六次下诏释放奴婢。同时，他还在一年之内连续下诏三次，禁止杀、伤和虐待奴婢，使奴婢的地位有所提高。
最后，就是要设法解决土地问题，使百姓和土地结合在一起。西汉中期以来，大规模的土地兼并使土地急剧集中。但那些占有土地的豪强们却不如实地向国家申报土地、交纳田赋。为准确地掌握全国的垦田数目和户口名籍，打击豪强，保证赋税收入和徭役征发，光武帝于公元39年下令在全国“度田”即丈量土地，同时也核定人口。但在度田过程中，官吏们和豪强相互勾结，