在隋朝隋炀帝正式创立科举制度之前，中国官吏的选拔基本上是世袭加推荐两种形式，所以，家族的背景尤其重要。而在魏晋南北朝时期，更注重门第观念，不是名门望族的人，想做官是非常困难的。萧衍因为有先天的家族背景，所以刚做官时就是在卫将军王俭手下，升官的机会比其他人要多。
果然，王俭见萧衍很有才华，言谈举止也很出众，于是就提拔他做了户曹属官。因为他办事果断机敏，和同事以及上司关系融洽，不久又被提升为参军。后来因为父亲去世，他回去守丧三年，然后复官，升任太子庶子和给事黄门侍郎。
在封建时期，官吏遇到父亲去世，必须回家奔丧守孝三年，否则要受到法律处罚。当时的法律制度和伦理道德是结合在一起的，叫做“礼律合一”，即礼教要求的也就是法律所要求的。其他的要求也有很多，例如自己所做的官职有和父亲名字同字或者同音的不能做官，要报告有关部门，进行调整。做官的当地的地名也不能触犯父亲的名讳。
到公元493年，齐武帝病重时，当时的大臣王融想在武帝去世后立自己喜欢的皇帝，以便控制掌握政权。后来事情败露，王融被入狱赐死。对于王融的如意算盘和悲惨结局，萧衍原来就已经推算出来了，他的好友范云由此对他异常敬佩。
齐武帝去世后，新皇帝只知道吃喝玩乐，根本不理政务，对大臣的劝谏也不接受。掌权的大臣萧鸾很生气，打算把他废掉，另立皇帝。在和萧衍他们商议时，萧衍表示反对，他说：“废立皇帝是大事，不能轻率从事，现在废立难免会遭到众王爷的反对。”
萧鸾则说：“现在的众王爷没什么才能，只有随王萧子隆文武兼备，而且占据荆州。如果把他召回来，就万事大吉了。但怎么才能让他回来呢？”
萧衍说：“这个随王其实徒有虚名，并无什么真才干。他的属下也没有出色的人，只是依赖武陵太守卞白龙和另外一个，这两个也是无能之辈，贪图金钱富贵，到时候只要一封书信许诺高官厚禄，就可以把他们轻易地召回来。没有了左膀右臂，那个随王到时候也会跟着回来的。”
萧鸾对萧衍的分析很赞同，于是照他们商议的执行。先是废立了皇帝，自己掌握朝政大权。三个月之后，萧鸾干脆自己做了皇帝，这就是齐明帝。
在这场骨肉相残的权利角逐中，萧衍为齐明帝出谋划策，运筹帷幄，立下了汗马功劳。萧鸾做皇帝之后，没有忘记萧衍的谋划之功，把他提拔为中书侍郎，后来又升为黄门侍郎、建阳县男，采邑三百户。萧衍的地位开始显赫起来。在以后的几年中，萧衍的军事、政治才干得到了充分的发展，地位不断上升，逐渐成为南齐政治舞台上举足轻重的人物。
韬光养晦
齐明帝以篡得位，名分不正，总害怕齐高帝和齐武帝的子孙起来推翻他。为了根绝后患，他对高、武子孙大开杀戒。齐高帝十九子中除十一人早死外，其余八人都是被他杀死的；齐武帝二十三子中除七人早死外，其余十六人也全部死在他的手里。在齐明帝统治的五年时间里，高、武的孙辈们每天也都是战战兢兢，不知大祸何时降临到自己头上。他们中的大部分最终还是免不了被诛戮的命运，只有少数人由于一些大臣的保护，才侥幸活了下来。
零陵内史范云是竟陵王萧子良的故吏，萧子良在世时，二人相处甚密。所以，萧子良死后，范云非常注意保护他的子孙。一天，范云乘齐明帝召见的机会，对他说：“太宰文宣王（萧子良）活着的时候，曾对我说过，他曾经做过一个梦，梦见身处一座高山之上，山上面有一个深坑，文惠太子先掉下去了，接着武帝也掉下去了，最后文宣王自己也掉下去了。文宣王又说，他掉进深坑里之后，看见您身穿御袍坐在御床之上，不知这意味着什么？他嘱咐我不要轻易向别人泄漏。”
齐明帝听罢，流着眼泪对范云说：“文宣王有恩于我，我不能辜负他！”从此，他对萧子良的后代的态度有别于其他宗室。就这样，由于范云的这一通胡编乱造，使得齐明帝放过了萧子良的后代。不过，萧子良的儿子们后来还是让东昏侯萧宝卷杀掉了。
498年，高、武旧将王敬则起兵反抗齐明帝，奉豫章王萧嶷（齐高帝子，死于齐武帝时）之子萧子恪为主。萧子恪不从逃走。齐明帝想借此机会杀尽高、武子孙，于是把各诸侯王悉数召进宫中。他命自己的子侄呆在中书省，高、武子孙呆在西省，每人只许携带侍从两人，超过此数即以军法论处。诸王年幼者也要由乳母陪伴入宫。当夜，他命人备办棺材几十具，准备三更时将高、武子孙全部杀掉。但到三更时，齐明帝却没有醒转过来。中书舍人沈徽孚等决定将此事拖着不办。黎明时，齐明帝方才醒来。他认为这些诸侯王命不该绝，于是，赏了他们一顿酒饭，又都放出宫去。
齐明帝杀害诸侯王的时候，大都是在夜间派士兵包围住宅，硬行砸开门窗，呼啸而入，并将其家产全部没收。而且，每次杀人的时候，他都要流泪。因此，每逢他焚香祷告、呜咽流涕时，左右的人就知道明天一定有大规模的流血。最可注意的是永泰元年（498年）正月的那一次，他一口气杀掉萧铉等十个诸侯王。杀人之后，才命令有关部门告发那十个诸侯王谋反，要求处死他们。事情的奇妙之处恰恰就在这里。齐明帝接到报告之后，不但没有批准，反而义正词严地大加申斥，加以批驳。有关部门于是站在神圣的法律的立场上，冒着皇帝震怒的危险，再度请求，坚持前议。齐明帝这才迫不得已，向法律屈服。这是齐明帝无数小动作中的一个，有关史书早已把他的真实面目揭露无疑。
齐明帝不但屠戮高、武子孙，对一些功臣宿将也横加猜忌，晚年尤甚。功臣宿将人人自危，纷纷寻找出路。498年4月，大司马、会稽太守王敬则起兵反抗齐明帝，几天之中聚众十万人，一直攻打到建康附近。这次叛乱虽然很快便被平定，但也给齐明帝以很大打击。不久，他便在忧惧中死去。
处在变乱之秋，萧衍不但在军事上屡立战功，在政治上也有出色的表演。他深谙韬晦之略，处处藏其锋芒，以避免刻薄寡恩的齐明帝的猜忌。他从不居功自傲，总是把功劳归于齐明帝的英明决策和属下将士的英勇善战。每当得胜回潮，他总是主动上交兵权，遣散部曲。齐明帝性喜节俭，萧衍也刻意仿效。他衣着朴素，饮食简单，有事出门时从不招摇，经常乘坐简陋的牛车。几年的韬光养晦，取得了很大的成效。萧衍的品德才干，得到了朝野士大夫、文臣武将们的普遍赞誉，齐明帝也对他另眼看待。因此，尽管齐明帝猜忌群臣，专事诛戮，却始终对他恩宠如一，视为心腹。
495年，北魏孝文帝乘南齐内乱，率兵大举南伐，派大将刘昶、王肃进攻司州（今河南信阳）。刘昶是宋文帝的第九个儿子，曾任徐州刺史。465年，宋前废帝刘子业诬刘昶谋反，派兵讨伐。刘昶武装反抗失败，被迫丢弃家小，只携一名爱妾逃往北魏。因他学识广博，颇有文采，北魏很重视他，妻以公主，拜为侍中、征南将军。
王肃的父亲王奂，曾任南齐雍州刺史。493年，王奂因事触怒齐武帝，满门被诛杀，只有王肃得以逃脱，奔往北魏。王肃出身世家大族，熟悉典章制度。北魏孝文帝对他很重视，多次亲自召见他，商讨军国大事。北魏的各种典章制度，大多出自王肃之手。他在孝文帝改革中，起了重大作用。此时任辅国将军、大将军长史。
刘、王二人身为南朝叛将而见重于北魏，自然对孝文帝感恩戴德，矢志效忠。两人率大军二十万，将义阳城（今河南信阳北）围得水泄不通。魏军昼夜攻打，义阳危在旦夕。
得知义阳危机，齐明帝萧鸾先派左卫将军崔慧景、宁朔将军裴叔业领兵迎战。听到北魏军队分兵攻打义阳后，又派遣萧衍和平北将军王广之领兵救援。可是，当部队行进到距义阳一百里的地方时，听说北魏军队人强马壮，齐军将领们都畏惧魏军的强大，再也不敢前进了。
这时，萧衍挺身而出，主动要求担任先锋。王广之见状大喜，将手下精兵悉数交付萧衍。萧衍率军连夜进发。他避开大路，专取捷径，很快抵达义阳城外的贤首山，然后命令士兵将旗帜插满了山上山下。此地距魏军阵地仅有几里路程，但齐军抵达时，魏军根本没有发觉。
等到天一亮，魏军突然发现贤首山上遍插齐军旗帜，因为不明齐军虚实，所以不敢轻举妄动。而义阳城中的齐军看到后，以为重兵已经赶到给他们解围来了，于是士气大增。司州刺史萧诞下令打开城门，亲率齐军扑向魏军大寨，同时顺风放火。萧衍见状，也率山上齐军冲下山来。萧衍亲自上阵，摇旗擂鼓助威，齐军士气高昂，个个奋勇杀敌。魏军腹背受敌，顿时大乱，自相践踏，死者不计其数。山谷间到处都是魏军的尸体，鲜血把河水都染红了。王肃、刘昶弹压不住，只好退走。齐军最终取得了这场战役的胜利。
清点战利品时，一个士兵发现了一箱文件，连忙献给主将。这些文件中有一封北魏孝文帝刚刚发来的敕书，敕书上写道：“听说齐军中有一个名叫萧衍的将军，非常善于用兵，你们如果和他相遇，一定要倍加小心，最好是坚壁不战，等我率大军赶来。如果上天保佑，擒得此人，则江南不难平定。”这个消息很快在齐军中传播开来。从此，萧衍的声威大振。萧衍也因战功而升任太子中庶子。
497年10月，北魏孝武帝亲自率领大军进攻雍州（今湖北襄阳）。雍州在当时控扼南北，为汉水上游重镇。雍州刺史曹武率众抵抗，屡为魏军所败。齐明帝连忙命萧衍和右军司马张稷赴援。接着�