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康熙本人对历法了无研究，不能做出决断，但他知道不能用祖宗的规矩来压制西洋的先进的东西。在铲除鳌拜以后，康熙想实事求是地解决这一问题。于是，他一边派传教士南怀仁去推算比较两种历法，一边自己刻苦学习，了解了历法的大概。
经过研究和使用，杨光先的历法屡屡出错，因此，康熙废了旧历法，推行新历法，并以实事求是的态度来同大臣们讲明道理，较好地解决了新旧历法之争，也显示出了康熙认真求实的态度，为他进一步赢得了威信，。
平定三藩
康熙帝亲自执政后，大力整顿朝政，奖励生产，惩办贪污，使新建立的清王朝渐渐强盛起来。当时，南明政权虽然已经灭亡。但是南方有三个藩王却叫康熙帝十分担心。
这三个藩王本来是投降清朝的明军将领，一个是引清兵进关的吴三桂，另两个是尚可喜和耿仲明。因为他们帮助清朝消灭南明，镇压农民军，清王朝认为他们有功，封吴三桂为平西王，驻防云南、贵州；尚可喜为平南王，驻防广东；耿仲明为靖南王，驻防福建，合起来叫做“三藩”。
三藩占据要地，拥兵自重，成为清初的三个地方割据势力，其中以吴三桂实力最强，骄横不法。从顺治朝开始，军费开支浩大，每年入不敷出。以顺治十七年（1660年）为例，国家正赋收入银875万两，而云南一省就要支出银900多万两，竭全国之财力，尚不足一藩之需求。到了康熙初年，财政困难局面仍旧未见好转。国家钱粮，大半耗于三藩。三藩在自己的独立王国里，设立税卡，私行铸钱，圈占土地，掠卖人口。吴三桂还自行选派官员，称为“西选”，根本不把清朝廷放在眼里。
康熙帝知道要统一政令，三藩是很大的障碍。因此，他的态度极为明确，那就是坚决削藩，不能姑息养奸。不过，康熙也有自己的打算，他想，叛乱晚发生一天，就对自己有利一分，因为从年龄上讲，自己会一天天地长大，而吴三桂会一天天地老下去，自己会准备得越来越充分，而吴三桂则只会越来越不得人心。
正好康熙十二年（1673年），尚可喜年老多病，把藩事交于其子尚之信代理。尚之信掌权以后，残忍好杀而又多行不义，尚可喜受不了其子的挟持，便上书请求撤藩，要求告老还乡，并让其子袭爵。康熙帝批准尚可喜告老，但是不让他儿子接替平南王爵位。
当时，吴三桂的儿子吴应熊在北京，听到这一消息后，立即飞马报告了云南的吴三桂，吴三桂又告知了福建的耿精忠（耿仲明的孙子），两人均感惊慌，因为他们害怕撤藩。在幕僚的劝说之下，吴三桂与耿精忠均于这年的十月上书，请求撤藩，说了一些“仰恳皇仁，撤回安藩”之类的话，其实际用意是在试探朝廷的态度，这一点，清廷大臣们一眼就看出来了。
这些奏章送到朝廷，康熙帝召集朝臣商议。许多大巨认为吴三桂他们要求撤藩是假的，如果批准他们的请求，吴三桂一定会造反。围绕着是否撤藩这一问题，清廷展开了激烈的争论。绝大多数大臣找出种种理由来推搪，认为不可撤藩，其实只有一个原因，就是害怕吴三桂等人造反。只有兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛等几个大臣主张撤藩。几次讨论，都未取得共识。这时，康熙力排众议，十分决断地指出：“三藩久握重兵，蓄谋已久，撤藩，他们要反；不撤，他们迟早也要反。与其晚撤，不如早撤。只是一边撤藩，一边准备应战罢了。”于是，康熙派出使者，催促三藩快撤。这一年，康熙十九岁。
诏令一下，吴三桂果然暴跳如雷。他自以为是清朝开国老臣，现在年纪轻轻的皇帝居然撤他的权，就非反不可了。
1673年，吴三桂在云南起兵，自称“天下都招讨兵马大元帅”。为了笼络民心，他脱下清朝王爵的穿戴，换上明朝将军的盔甲，在永历帝的墓前假惺惺地痛哭一番，说是要替明王朝报仇雪恨。但是，人们都记得很清楚，把清兵请进中原来的是吴三桂；最后杀死永历帝的，还是吴三桂。现在他居然打起恢复明朝的旗号来，还能欺骗谁呢？
叛乱的形势正如康熙当初估计的一样，吴三桂在西南一带势力大，一开始，叛军打得很顺利，一直打到湖南。他又派人跟广东的尚之信和福建的耿精忠联系，约他们一起叛变。这两个藩王有吴三桂撑腰，也反了。历史上把这件事称做“三藩之乱”。
一石激起千层浪。三藩一乱，“东南西北，在在鼎沸”，京城里有杨起隆举事，察哈尔有阿尔尼叛乱，四川、广西一带的文、武官员也附合响应，半个中国都燃起了叛乱的战火。而且，先后发生京师大地震、太和殿火灾，康熙帝爱后赫舍里氏也崩逝。朝里与朝外，外叛与内变，雷火与地震，天灾与人祸，连连击到年轻的康熙皇帝身上。一时间人心惶惶，京师不少官员甚至把家眷送归江南乡里。
青年天子玄烨在危急时刻，持心坚定，气静不慌。原来主张不可撤藩的大学士索额图、户部侍郎魏象枢等，提出要处斩建议撤藩的大臣。康熙帝义正词严：撤藩出自朕意，他们何罪之有？这就坚定了主张平叛的大臣的决心。他下诏削夺吴三桂的官爵，公布其罪状。不久又将留居京师的吴三桂之子应熊、孙世霖等逮捕处死。这样，朝廷官员知道，朝廷再也没有退路，只有同吴三桂等叛军决一死战，清廷因此统一了思想，坚定了信念。
消息传到吴军，吴三桂正在吃饭，闻讯大惊。后西藏五世达赖喇嘛为吴三桂说情，请求朝廷“裂土罢兵”，遭到康熙帝的坚决驳斥。他为了安定惊恐的军心、慌乱的民心，每天游景山，观骑射，以示胸有成竹。有人进行讽谏，康熙置若罔闻。事后他说：“当时我要是表现出一丝惊恐来，就会人心动摇，说不定会出现意外的情况！”他的坚定决心和平静心态，对于稳定大局和安定人心，起了很大的作用。
吴三桂开始打了一些胜仗，但康熙帝并没有被吓倒，而是首先确定正确策略，认为“三藩”之乱以吴三桂为首，其余多是胁从，若能击败吴三桂，其余叛军不难攻破或是收服。于是一面调兵遣将，集中兵力讨伐吴二桂；一面停止撤销尚之信、耿精忠的藩王称号，把他们稳住。尚之信、耿精忠一看形势对吴三桂不利，又投降了。因此，清兵越来越多，越打越强，吴三桂的力量渐渐削弱，被分化瓦解，困在了湖南，处境十分孤立。
1678年，康熙收复了浏阳等湘地的许多城池，吴三桂知形势不好，想赶快过一过皇帝瘾，就马上撕下“复明”的假面具，于三月二十三日在衡山祭天，自称皇帝，改元昭武，改衡州为定天府。
同年八月，吴三桂连悔带恨，生了一场大病断气身亡。随后，其孙吴世Ъ次唬司菰颇稀�1681年，清军分三路攻进云南昆明，吴世Х咀陨保渫仿桓钕滤屯┏牵馊鸨痪蚍卣酃恰９⒕摇⑸锌尚诺热艘苍缫驯簧保ㄉ碌鹊匾惨哑蕉āＵ庋伊税四曛茫厶诹耸喔鍪》莸摹叭敝抑沼诒怀沟灼蕉恕！�
群臣请上尊号，康熙帝严辞拒绝。他认为，八年战火，生民涂炭，应该务实，切戒虚名。
在平乱之中，康熙的英勇睿智表现在三个方面：一是坚决平叛，临乱不惊；二是方针正确，先攻吴三桂，分化收服其余；三是调兵遣将，指挥得当。平叛过后，这位少年天子已经二十八岁了，到这时，他已是一位成熟的政治家了。
随后，他开始着手统一台湾。明天启四年（1624年），荷兰人侵占台湾。1661年，民族英雄郑成功从荷兰人手中成功收复台湾后不久病逝。其子郑经继位，继续治理台湾，与大陆上的清王朝分庭抗礼。康熙帝多次招抚不成，便下决心武力解决台湾问题。
1681年郑经突然病故，他的儿子郑克塽继任王位，台湾内部发生内讧，康熙帝决定起用施琅攻台。施琅原为郑成功的得意爱将，后来背郑降清。1663年，康熙帝曾命其出任福建水师提督，征讨台湾。他两次出海，均遇台风，无功而返。朝内一些大臣对他产生怀疑，但康熙帝力排众议，仍然对施琅委以军政全权。施琅于1683年取得海战大捷，台湾收归清朝。
康熙设台湾府，隶属于福建。台湾府下设三县——台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），派总兵官一员、率官兵八千，驻防台湾。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。
清王朝在中国的统治稳定下来了。但是，还有一点叫康熙帝不大放心，这就是怕有些明朝留下来的文人心里不服。于是，他采用了一个办法：开“博学鸿词科”，命令各地官员和朝廷大臣，把有学问的文人推荐给朝廷，马上封他做官。这一招果然很灵，不少全国著名的学者、文人应召到京城，做起官来了。
雅克萨的胜利
正在朝廷庆祝平定叛乱胜利的时候，在我国东北边境又传来沙皇俄国侵犯边境的消息，这就使康熙帝不得不把注意力放到北方边境上面去。
沙皇俄国是怎样侵略我国东北的呢？原来在明朝末年，清朝正忙着进关，把北方边境的防备放松了。沙皇俄国趁机向我国黑龙江地区进犯。他们在我国�