后来曾说：“我认为蔡元培先生萃集的各路人才中，陈独秀先生确是佼佼者。当时他是一员猛将，是影响最大，也是最能打开局面的人。但是，陈这人细行不检，说话不讲方式，直来直去，很不客气，经常得罪于人，因而不少人怕他，乃至讨厌他。校内外都有反对他的人，只有真正了解他的人才喜欢他，爱护他，蔡先生是最重要的一个人。”由五四而开端的新思潮、新文化运动，首先打开大局面的是陈独秀，他在这个阶段的历史功绩和作用应该充分肯定，但是，如果得不到蔡先生的器重、爱护和支持，以陈之所短，他很可能在北大站不住脚而无用武之地。记得有一次校方召开北大三院教授会议，会上发生争执，陈独秀当面直通通地指责理科学长夏元瑮，使夏下不了台。会上不少教授对陈的盛气凌人十分不满，形成僵局。蔡先生出面解劝，才为陈解了围。蔡元培对陈的看法是始终如一的。直到1933年，他为陈独秀的文集写序言，称陈五四时期的文章“大抵取推翻旧习惯、创造新生命的态度，而文笔廉悍，足药拖沓含糊等病，即到今日，仍没有失掉青年模范文的资格”。蔡元培真不愧为陈独秀之伯乐！
4。“兼容并包”，有容乃大（1）
广延博学与热心的教员，是蔡元培在北大实行革故鼎新、造成良好学术空气的一项重要措施。而实施这项措施的方针或指导思想，是“兼容并包主义”，这是蔡元培在中国近现代高等教育史上具有深远意义的教育主张。蔡元培不止一次地强调，他办大学的指导思想，是“仿世界各大学通例，循思想自由原则，取兼容并包主义”。
“兼容并包”的思想，体现在蔡元培改革北大的各个方面。
首先，在大学的知识学术内容上，兼容并包就是要广采博收，囊括大典，吸收古今中外各种学术思想文化成果。蔡元培常说：“大学者，囊括大典网罗众家之学府也”，“大学是包容各种学问的机关”。他反对宗派习气，门户之见，墨守成规，抱残守缺，持一孔之见，守一家之言；而主张对中西文化兼收并蓄，融汇贯通，对新旧文化也要博采众长，发扬光大。正是基于这种原则，蔡元培让北大英语系另外开设法、德、俄及世界语等课程，物理系开设以居里夫人在巴黎大学讲课材料为主的近代物理，中国文学方面增加词、曲、小说史等课程，中国史学增加西洋史的课程并改为史学系等，以至增加音乐、美术、绘画、武术方面的活动，更允许李大钊进行关于社会主义学说的研究和教学，等等。这些都是兼容并包思想观照之下的产物。
兼容并包体现在引进人才方面，就是不拘一格。广延人才，网罗众家，只要是“积学与热心”并有真才实学的人，蔡元培都想方设法地延揽，从而使北大的教员队伍发生了很大的变化。在文科方面，既集中了一批新文化运动的猛将，如陈独秀、李大钊、鲁迅、胡适、钱玄同、刘半农、沈尹默、吴虞、周作人等，又有一些政治上保守而旧学根底深厚的学者，如黄侃、刘师培、黄节、辜鸿铭、崔适、陈汉章、屠寄等。此外，文科方面还集中了一些学有专长的新老学者，如马叙伦、马裕藻、朱希祖、陈大齐、陈介石、陈垣、孟森、杜国庠、马衡、吴梅、章士钊、刘文典、许季上、肖友梅、徐悲鸿、陈寅恪、杨昌济、康心孚、吴承仕、沈兼士、梁漱溟、燕树棠等；法科方面有国内闻名的法学专家马寅初、陶孟和、高一涵、陈启修、黄右昌、周览、王宠惠、张耀曾、罗文干、康宝忠等；理科方面的知名教授有李四光、颜任光、何杰、翁文灏、钟观光、李书华、夏元磲、秦汾、王仁铺、丁文江、俞同奎、何肓杰、胡濬济、冯祖荀、温宗禹、任鸿隽、王尚济、孙云铸、郭世绾、陈世璋、张大椿及外籍教授葛利普等。这时的北京大学，可谓人才济济，名家荟萃，国内无二。
对于延揽人才，蔡元培真是不拘一格。如当年的梁漱溟，年仅24岁，既没出国镀过金，也无国内大学文凭，但勤奋好学，能有创见，于是蔡元培也把他请来做北大讲师。梁漱溟每提及此，总是强调自己是当时北京大学内得到培养的一个人。梁当时和学生年龄差不多，许多学生还比他大几岁，如后来成为著名学者的冯友兰、顾颉刚、孙本文、朱谦之等人。更有一些梁漱溟少年时的朋友，如雷国能、张申府，那时也在北大求学。由于蔡元培聘任得人，不拘资格，使大批年轻有为的人到北大任教。据1918年初统计，全校有教授90人，从可统计到的其中76个人的年龄看，35岁以下者43人，占，50岁以上者仅有6人，占。全校教授平均年龄30多岁，最年轻的文科新闻学教授徐宝璜，年仅25岁，刘半农、胡适，也仅二十七八岁。而这时北大本科生的平均年龄在24岁左右。这些年轻教师给北大带来了前所未有的朝气。
4。“兼容并包”，有容乃大（2）
蔡元培认为人才难得，择才要从大处着眼，“对于教员，以学诣为主”。正像前述对待陈独秀一样，对于个别私行失检的人，只要不荒废功课和“不诱学生而与之堕落”，也不求全责备，但对于那些不学无术、德行又差者，则决不姑息迁就，不论资历不论中外，一律辞退。1919年前后，北大就解聘了好几个学问虽高而生活糜烂的教授，如当时北大有一品行不端的自号为“深艳团”团长的年轻英文教员徐佩铣，就被解聘掉了。另一些由外国使馆介绍过来的不称职的教员，也被蔡元培解聘。个别英藉教员胡搅蛮缠，先是要求续聘，被拒绝，继而又想敲诈两年薪俸，仍被拒绝，最后动用英国公使朱尔典威胁蔡元培：“我看你蔡元培还能做几天校长？”蔡元培一笑置之。另一法国教员竟要和蔡元培对薄公堂，蔡请王宠惠出庭，大获全胜，于是洋人不得不口服心服。
蔡元培的兼容并包思想更重要地还体现在对待各种学术文化思想方面，即思想自由、学术自由，这是他兼容并包主义的支柱和核心。正是有了这一点，囊括大典和网罗众家才有了实际的内容。他认为，学术上的各种派别，都是相对的，不是绝对的。所以每一种学科的教员，即使主张不同，只要言之成理，持之有故，就应该让他们存在，使学生有选择余地。“一己之学说，不得束缚他人；而他人之学说，亦不束缚一己。诚如是，则科学、社会学等，将均任吾人自由讨论矣。”他非常欣赏古人所说的“万物并育而不相害，道并行而不相悖”这两句话，主张对于教师，“苟其确有所见，而言之成理，则虽在一校之中，两相反对之学说，不妨同时并行”，“此大学之所以为大也”。他在后来追忆在北京大学的经历时还说：“我对于各家学说，依各国大学通例，循思想自由原则，兼容并包。无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听它们自由发展。”
兼容并包，不是随便说出并可以做到的，它反映了一种气度、一种胸怀，需要一往无前的勇气和必胜的信念。在新旧势力激烈交锋的当时来说，更反映了推行者对新文化的一种坚定的自信。
在政治舞台上摸爬滚打过多年的蔡元培，深知政治和学术的关系，因而能够把政治和学术分得很开。他知道学术不同于政治，其兴衰变迁，不能简单对待，知道海纳百川、有容乃大的道理，因而对于各种学术思想、主张之存亡消长，保持一种超然的态度。这种超然是一种大度，但决不是骑墙或和稀泥。蔡元培自己的学术观点鲜明，支持新文化运动的观点亦很鲜明，但作为一校之长，他没有简单地对待他所不赞成的东西，而是让它们在与新事物的竞争中自然淘汰。这种办法，比对不同观点采取简单批判、打倒的办法高明了许多。思想文化上的东西，并不是说打倒就打倒的，有的是打而不倒；或者一时打倒了，不久又活过来。简单打倒的毛病还有一点，就是对于旧事物合理的东西一时不易发现和继承下来，就像倒洗澡水把孩子和脏水一并倒掉一样，而新思想不能在与旧思想斗争过程中得到锻炼，发现问题。简单对待某种思想的做法，是基于一种对其他人不信任的心理，以个人或几个人的价值判断，代替其他人的选择，因而毛病甚多。
蔡元培的兼容并包思想，也使一些旧派教员折服。五四运动爆发后，蔡元培被迫辞职，当局欲找一些北大的旧派作些落井下石的文章，而向来大骂新派的黄侃却站在了挽留蔡元培的行列。他对人说：“余与蔡孑民志不同，道不合；然蔡去余亦决不愿留。因环顾中国，除蔡孑民外，亦无能用余之人。”黄老先生也应算蔡元培的知音。
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5。《大学令》——教授治校
蔡元培多次到欧美留学、考察，西方政治民主思想和教育思想对他影响很深，因而他成为国内主张学术思想自由、民主办校、提倡教授治校的第一人。早在1912年他主持起草《大学令》时，就规定大学要建立评议会、教授会的组织，并对它们的权限作了明确的规定。
京师大学堂时期唯总监督马首是瞻的衙门作风自不必说，北京大学成立之后，学校权力仍掌握在以校长为首的少数几个人手中。正如蔡元培后来所说：“我初到北京大学，就知道以前的办法是一切校务都由校长与学监主任、庶务主任少数人总理，并学长也没有与闻的。我以为不妥，所以第一步组织评议会，给多数教授的代表议决立法方面的事；恢复学长权限，给他们分任行政方面的事。但校长与学长仍是少数，所以第二步组织各门教授会，由各教授与所公举的教授会主任分任教务。将来更要组织行政会议，把教务以外的事务均取会议制。并要按事务性质，组织各种委员会来研讨各种事务。”
1917年，蔡元培主持