在进行经济改革的同时，为适应抗战的需要，孔祥熙还在蒋介石的直接领导下对政府机构进行了大刀阔斧的改革。
抗战爆发前，国民党政府的经济行政事业机构，重叠臃肿，政出多门，分工不清，号令不一。比如主管经济的部委就有十几个：全国经济委员会、建设委员会、实业部，以及军事委员会直辖的一些机构，如资源委员会等，第三部（主管重工业动员）、第四部（主管轻工业、农业、外贸动员）等。1937年10月，军事委员会为适应战时需要，又设立了农产、工矿和贸易三个调整委员会，并于成立不久，在全国各重要地点设办事处。但由于隶属于军事委员会，因与原来的经济领导机构权限不清，造成人浮于事，互相推倭，办事效率低下。
要是在以前，孔祥熙会睁一只眼闭一只眼，或者从侧面探听一下蒋介石的口气。但现在不同了，日军自攻占南京之后，水陆并进直逼武汉，大有占领全中国、不把蒋介石彻底消灭决不罢休的架式。民族矛盾的上升促使国民党内部的高层领导不得不以整体利益为其制订政策、考虑问题的出发点。正是在这种情况下，孔祥熙决心向蒋介石“进谏”，改革精简重叠的机构，提高效率，以便能建立一个廉洁、高效的对日作战的政府。
正好孔祥熙和蒋介石当时的想法不谋而合：不精简机构，不丢掉一些人的饭碗，就可能迫使整体都丢掉饭碗，蒋介石在国民党的一次首脑会议上这样说。
1938年1月，国民政府正式颁布了《调整中央行政机构》的规定，规定中指出：
“1．凡工作因战事影响，不能继续进行之机关，暂行停办或裁撤；2．凡工作因与战事无关，不必继续进行之机关，暂时停办或裁撤；3．凡某一机关之工作与另一机关之工作性质重复者合并之；4．凡工作有继续进行之必要机关加强之；5．凡工作有进行之必要，而尚无机关办理者创设之。”
于是，孔祥熙担任行政院长后，根据上述精神对所属机关进行了必要的改革。
其具体的做法是：将原来实业部改组为经济部，将军事委员会下属的第三、四部，以及资源委员会、工矿调整委员会、农产调整委员会，还有国民政府所属的建设委员会，全国经济委员会所属的水利部，一并纳人经济部；将原属于军事委员会管辖的贸易委员会隶属于财政部；将农业调整处、四省合作事业办事处并人农本局；设立交通部，并将铁道部及全国经济委员会下属的公路部一并纳人交通部。
改组后的国民政府由三大块组成。行政机械为行政院，孔祥熙任院长，下设财政部、经济部和交通部；监察执法机构为监察院，下设审计院；“立法”机构为立法院，下设财政委员会和经济委员会；同时将经济行政权集中于行政院。
这些改革虽不大彻底，但在当时的条件下，确实克服了机构设置紊乱、政出多门的现象，对建立国民党的战时经济体制和酉南地区的经济发展，起到了积极作用。
不过，我们应看到，尽管当时从总体轮廓上看，政府机构部门精简了许多，实际上仍很臃肿。因为裁减不仅涉及个人利益，也涉及派系利益，谁都不愿将自己这一派的人裁减出去。所以形成了机构改革后的头小肚子大的情况。
如行政院下属的经济部，由原来的几个部门合并而成。为了尽可能地安排位置，该部的行政单位竟有十司七处三厅一署共计21个之多；此外还有专业单位九局七会四所二处，共22个。加上孔祥熙、宋子文等手下都有一批亲信，亲信手下又有亲信，层层裙带，又都视经济部为肥缺，想方设想安插进来。所以，虽然1938年进行改革后又做了一些调整，却始终未能摆脱冗员过多的情况。以致在1946年国民党六届二中全会在总结抗战工作时不得不承认：
“多年来，官僚主义早已构成最大弊害，以敷衍塞责、假公济私为尤甚。人事与政策不配合，机构庞大繁多与法令纷歧抵触，以致责权不清，减低效能，亟待调整，分别有废。”
除了行政、经济体制改革外，当年孔祥熙还直接领导了金融体制的改革，以便适应全国抗战的需要。
还是在1937年“八·一三”上海会战时，上海、南京的一些资本家听到炮声，生怕中国守军不敌日军且上海会立刻沦陷，所以即刻到银行提款，以致形成后来的挤兑风潮。那时孔祥熙还在国外访问，听到消息后立即发电报回国，在国外遥控指挥“战斗”。
当时孔祥熙急令以国民政府名义宣布上海、南京各银行先停业两天。
然后就在这停业的两天里，孔祥熙命人起草出台了《安定金融办法》。当年8月15日，该《办法》经政府批准正式出台。其中规定，因抗战爆发，每户每周只能提取存款的5％，且提款量最多不能超过法币150元。
与此同时，中央、中国、交通和农民四大银行于8月17日组成“四行联合办事处”，统一协调处理外汇储备、现金流量及突发的事件。
同年11月，国民政府迁往汉口。孔祥熙随即将“四行联合办事处”改为“四行联合办事总处”，授予其更高的权限，即作为“战时全国金融枢纽”，统一负责抗战中一切费用的预算和支出。这一举措对于当时稳定金融、阻止资金外流起到了积极作用。
1939年9月，已经迁至重庆的国民党政府公布了《战时健全中央金融机构办法纲要》，并改组了“四联总处”。改组后，蒋介石亲任“四联总处”理事会主席，孔祥熙任副主席。
从此以后，“四联总处”实际上成为蒋介石手下的有关经济。金融的办事决策机构，其工作范围和职权都大大加强，成为蒋介石、孔祥熙决定战时财经问题和其他经济问题的大本营。
当时，孔祥熙不仅控制了金融财经业，还插手其他行业。如在对农业、矿业、商业管理等方面，他均有干预或参与。
抗战爆发不久，孔祥熙就参与制订了《非常时期农矿工商管理条例》。其后不久当他担任行政院长后，又对该《条例》进行修改。以经他修改的《非常时期农矿工商管理条例》为例，修改后的条例规定，对燃料、金属及其制品、水泥、酒精、橡胶、电器、粮食和药品等重要的战略物质，军事委员会有权对其生产、销售进行监督。必要时有权干预这些物品的生产和流通，以服从战争和全局的需要。这就标志着国民党政府开始对经济进行战时的全面统制。
外汇历来是金融市场的重要方面，孔祥熙当然不会放手。他参与制订了《购买外汇核请办法》，对外汇严格控制。从“七七”事变开始到“八·一三”事变止，国民党政府共售出外汇750万英镑。在此情况下，孔祥熙还让财政部宣布《非常时期安定金融办法》。为防止资金外流，还为银行订立了“君子协定”，要求各外商银行对投机与逃资购买外汇者，不予供给。但实际上，这些规定只限制了一些中小资本家和投机者，像与四大家族有密切联系的人却利用战时的特殊政策大发了一笔国难的横财。这又是后话了。
当时，为了保证战时经济体制正常运作，孔祥熙在积极参与行政机构、金融机构的改革时，针对军费支出急剧增加、国家财政人不敷出等严重局面，又抓了以下几项措施：
一是实行“公库法”。
所谓“公库法”主要包含两个方面的内容：一是规定各级政府机关的一切收入，都必须集中于公库，不得私自截留或存留；二是国民党政府财政收支分三级管理即中央、省、县三级，“公库法”要求减化层次，将三级财政体制改为两级财政体制，即县和中央级两级，即将原来省这一级的财政管理职能直接纳人中央级。这样一来，就减少了中间环节，加强了中央对地方的控制。
二是增加税收。
抗日战争爆发前，国民党政府的主要收入是税收，主要税收来源于关税、盐税和统税（含香烟、粮食、棉纱、水泥的出厂税）。如1937年，这三种税收占国民党政府全部财政收入的77．2％。
待抗日战争全面爆发后，沿海各省相继落人日军之手，国民党政府的收入因此受到极大影响。1938年的税收，尚不及上一年的一半。因此，增加税收对孔祥熙当时来说，已成了当务之急。
但怎样增加税收，其中却有不少奥妙。孔祥熙推出的办法是以新三税取代旧三税。
所谓新三税，就是指货物税、直接税和食盐战时附加税三种。
货物税和食盐战时附加税和过去没有太大的区别，只是又一次合并同类项，增加了一些矿产税等。新三税里主要增加的则是直接税。
直接税是以前没有的，它是直接向纳税人或依其财产价值征收税款。直接税为五种：印花税、所得税、非常时期过分利得税。营业税和遗产税。
孔祥熙当时推行的新税制，确实为国民党政府开辟了财源。比如1940年至1942年，仅三年的货物税就占其税收总额的24％，食盐附加税也异常沉重，抗战后期几乎占了整个税收的一半。
新税制虽然为国民党政府带来了收入，但却坑害了群众和中小企业商业主尤其是广大农民。在抗战后期，由于各地官员中饱私囊，乱开税种，使广大人民群众叫苦不迭。如新开了竹木税后，一把扫帚要征1元的税，一个粪箕也要收5角，一把锅刷竟要收3角；在四川的一些地区，竟连一只鸡、一个蛋或一棵白菜都要征税。
三是举借内外债。
蒋介石曾当着国民党高层领导人的面，说孔祥熙是好管家，会当家理财。孔祥熙当家理财的第三招就是大举借债，扩大赤字财政。
孔祥熙曾洋洋得意对宋蔼龄说，理财无非就那么几下子，借债、增税、发钞和募捐……
他还说，这几招里借债最好。一是来钱快，来�