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这些情报间谍机关随着日本在第二次世界大战中战败而被解散。但是在战后不到40年的时间里，一度销声匿迹的日本情报机关和间谍组织，在美国的扶持下，又死灰复燃，而且其规模大大超过战前，尤其是中曾根首相执政后，不仅亲自过问情报工作，还采取一系列有效措施改组情报机构，加强情报的综合管理，使日本的间谍情报工作更加适应现代化的需要。
由于特殊的生存条件和历史局限，战后日本的间谍情报机构和系统形成了自己的特点。日本政府、外务省、军事部门、公安厅和警察厅均设有情报机构，民间也有规模可观的商社情报网。在这些情报机构中，没有一个能像美国中央情报局或苏联克格勃那样统筹全盘、协调其间并对其他情报机构进行指导。各情报机构之间没有隶属关系，任务也各有侧重。
20世纪90年代中期，日本为适应其“政治大国”战略的需要，逐渐开始了国家安全情报体制的改革。日本当局迈出这一步，是有其深层次原因的：
首先，是受大国欲望的驱使。第二次世界大战之后，日本情报工作始终围绕“经济立国”的基本国策，在资源、贸易、金融、科技、人力方面的情报搜集上成效显著。冷战之后，世界局势发生了重大变化，形势发展变数增多，潜在威胁加大。为了实现其走向政治大国的目标，日本政府迫切需要战略层次的情报，以便把握瞬息万变的国际形势，保障国家的安全。
其次，是日美关系变化的反应。第二次世界大战之后，日本一直作为美国的“小伙计”，不仅在安全防卫而且在情报方面对美国有很深的依赖。冷战结束之后，美国基于自身的利益，在对日提供情报方面不再像以前那样“慷慨”了。对于这一点，日本人极为敏感。几年来，美国向日本提供的情报都是一些大路货，有分量的极少，致使日本政府在海湾战争、俄罗斯内乱、朝鲜核武器开发等重大问题上反应迟缓，大国野心与情报小国之间产生了严重的矛盾。于是，在愤恨之余，日本当局痛下决心，构筑自己的间谍帝国。1996年5月，日本国会正式批准成立“情报本部”。这样一来，日本便在原有的内阁情报调查室、科学技术情报中心等谍报机构的基础上，又增加了一个强有力的情报机构。新成立的情报本部，是由防卫厅和陆海空三军的谍报机构合并而成。它的成立使日本搜集情报的能力大为提高，实现了防卫厅多年的夙愿。同时，它也标志着防卫厅谍报战力量的扩大和加强，引起日本国内外特别是亚洲国家的广泛关注。
新成立的情报本部不仅实力雄厚，而且资金充足，无论是它的编制成员或是预算资金，都是日本原来的谍报机构所无法比拟的。它是二战之后日本国成立的最大的军事政治间谍情报组织，同时也是冷战之后日本为实现其世界政治军事大国战略的一个重要举措。日本情报本部的出现，将使世界谍报战场上的斗争更为尖锐和复杂！
内阁情报调查室
是日本最重要、最秘密的情报机关。第二次世界大战结束后，日本政府为了集中管理国内外的情报机构，在美国中央情报局局长杜勒斯的策划和支持下，于1952年首先成立了内阁总理大臣官方调查室。美国中央情报局原想把它作为统辖日本所有治安系统和情报系统的“日本中央情报局”，但由于遭到日本警察、外务、法务等各界的反对，未能如愿，结果成了内阁的承办机构，直属内阁官方长官领导。经过1953年、1954年和1968年的几次改组和扩充，于1968年正是定名为内阁情报调查室。
内阁情报调查室的主要任务是搜集、综合国内外的政治、经济、文化和治安情报，并加于分析、整理，每周通过内阁官方长官向首相汇报，如有重大的情报，调查室长官可以随时直接向首相汇报。日本防卫厅的情报系统、警察的情报系统以及外务省的情报系统，都要将获得的情报汇总到内阁调查室，它将各种情报加于综合分析，供日本内阁作为决策依据。为了综合格情报系统搜集到的情报，日本政府规定，以内阁情报调查室为中心，每周召开一次情报交流会。后来，这一交流会又扩大为日本最高情报联络会议。
内阁情报调查室的长官具有一项十分特殊的任务，就是他要以内阁情报调查室长官的身份，每周前往首相官邸与首相进行一次30分钟的面对面交谈（原则是每周四下午）。届时，调查室长官需围绕一周年的政策和焦点问题给首相提供情报，而其他省厅，即使是大臣或事务次官也没有固定给首相接见的机会和殊荣。
内阁情报调查室常常依靠新闻机构、综合商社等民间机构搜集情报，称为“委托调查”。日本从事情报搜集和研究的机构有100多个，实力很雄厚。其中一半以上的民间机构接收日本内阁情报调查室的“委托调查”。由“委托调查”获得的情报及时、准确，特别是经济情报，都有很高的价值。“委托调查” 也成为内阁情报调查室搜集情报和进行研究分析的一种专长。
内阁情报调查室的年度经费不断增加，到20世纪80年代中期已达15亿日元。内阁调查室下设1个室8个部：
秘书室：负责协调长官、次长掌握全面情况。
国内部：负责国内政情的调查、搜集，分析国民思想动向及国内各政党、工运、学运等方面的情报。该部下设政治、经济、工运、治安、文化等五个科。
国内资料部：负责搜集国内宣传报道机关的宣传要点和对内阁重要政策的反应，指导和利用民间团体和个人进行情报搜集和调研活动；从各行政机关搜集到的国内政策情报和调查报告中，选择与制定内阁重要政策有关的资料
国际部：负责分析、研究国际形势的发展变化，搜集世界各国的政治、军事等情报。该部下设中国班、朝鲜班、东南亚班、苏联班、其他班等专题组织。
国际资料部：通过新闻、通讯机构搜集情报，收听、研究、整理外国的新闻广播，搜集外国报刊杂志对日本内阁重要政策的反应。日本陆上自卫队参谋本部第二部特别室破译的外国情报密码也送交该部。
调查分析部：负责情报的综合、分析、判断并写出书面材料报送内阁。
经济部：负责搜集、分析与内阁政策有关的内外经济情报。
电脑资料部：负责情报材料的存储、整理。
总务部：主要负责行政管理、经费、人员编制及机密保卫，并负责对民间情报调查分析机构的联系和指导。
公安调查厅
是法务省下属的主要反间谍侦察机构。它是1952年7月在法务省特别审查局的原班底上扩建的。表面上是根据《防止破坏法》，以“调查应受到限制的某些群体”的名义成立的，实质上却是一个地地道道的情报间谍机关，并和美国情报机关、台湾的国民党特务机关韩国的情报机关都有千丝万缕的联系。
公安调查厅的主要任务是对内进行侦察、控制，监视进步人士和进步团体；对外负责搜集反间谍、监视外侨，特别是中、朝侨民，如强行整肃日本共产党委员会，解散旅日朝鲜人联盟、勒令《赤旗报》停刊等，都是公安调查厅直接干的。
公安调查厅搜集情报的范围十分广泛，不仅搜集各国共产党的情报，也搜集自民党内部派系斗争的情报。它常常和各地的警察机关以及美国的联邦调查局密切配合进行活动，还对中、朝、俄等国秘密派遣特务。
公安调查厅在日本各地设有分支机构，共有3000余人。本部约有800余人，在长官次官下设三部一所，三部是调查一部、调查二部和总务部。
调查一部：负责调查监视日本共产党和工会等团体并负责对中国、俄罗斯和朝鲜等国的情报工作。该部下设四个科：
第一科：主要负责调查监视日本共产党的活动；
第二科：主要负责调查监视日本共产党的地方组织，并负责对中国、苏联、朝鲜等国的情报活动；
第三科：主要负责调查监视日本工会的活动；
第四科：主要负责调查监视一些学生团体的活动。
调查二部：主要负责调查监视在日本的外国人的犯罪活动合右翼分子。该部下设三个科：
第一科：主要负责调查监视在日朝鲜人联合总会的活动；
第二科：主要负责调查监视在日外国人的犯罪活动；
第三科：主要负责调查监视右翼分子的活动。
总务部：主要负责行政、后勤、人事、财务、资料等。
研修所：主要对情报资料进行处理、研究和整理。
除此而外，公安调查厅在全国各警察管区所在地共设8各地区级公安调查局和38个县级公安调查局，雇佣2000余人从事情报与反情报、间谍与反间谍工作。
防卫厅的情报系统（1）
防卫厅是日本最高军事结构。它负责军事情报工作的部门有第一科、第二科，各参谋本部的调出部以及大本营的第二参谋室。
防卫厅防卫局
防卫厅防卫局设有专门负责对外进行军事谍报活动的调查一科和调查二科，它的主要任务是：
搜集、整理有关防卫、警备方面的资料；
指导陆上自卫队、海上自卫队、航空自卫队各情报间谍机构的工作；
综合上报军事系统搜集的情报；
与内阁调查室、外务省等机关联系；
派遣和掌握日本驻国外大使馆的防卫驻在官。
日本驻外防卫驻在官，即日本派