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忠谏不果，反遭去官，黄道周坦然以对。此间，他曾自号“漳海石人”，表明自己回扫故乡海野，一如那块风动万钧的奇怪石头。他本是奇石的化身，一生酷爱石头。他在一篇表书中赞道：“石者，天下之伟林也！其精确瑰致，以御君子：其博笃安忍，以御小人。自仞壁而下，拳拳而上，天下之求成立者，皆取之矣！以为易与取之，以为易取而去之，石卒玑然无所复言。故天下之有道者，莫如石也。”真是石如其人，人同斯石，表现了他坚守道义，刚正不阿，荣辱不惧，磊落无私的高贵品格！
黄道周罢官南归，先后游历了九华、匡庐、黄山、白岳、天台、雁荡等大山名胜，攀伟岩，抚怪石，遍访他的“石朋石友”，散了一把心。途经浙江，应浙中诸生之请，在余杭的大涤山攒石头建书院讲学授业；此后又返乡在漳州紫阳书院聚徒讲授，问业榕坛，影响闽南四方。他呕心沥血，培养了一大批有学问有气节的学生。
（四）
1636年，冬寒日冷，崇祯帝想起黄道周，召复起原官，迁左谕德，攉詹手府詹事，兼翰林侍读学士，克经筵日讲官。此时，朝政衰败母愈况下，外寇进逼，边土失守，贲官恶吏非醉即狂，农民起义火燃全国。
小鬼狰狞大鬼哭，万民涂炭丑夷强。
明明天子悲孤立，衰衮公卿竞利忙。
今日不思弥罅漏，他年何以作堤防？
可收拾处需收拾，莫使神州叹鹿亡！
——时局恶化，黄道周忧心如焚，整个官场已是水央鱼烂，几近无可收拾。于是，他又秉烛疾书，针对当时恶弊，奏上一本《拟汰冗滥清宿蠹以足军需疏》，说：“今之为国者”“人主强征暴敛，增兵益饷”；“外臣狎于刀锥，内臣竭于钻笮，奸猾纵横，忘意一切”，各级衙门官员冗溢，蠹蚀国库，为患地方，弄得国困民穷，以致“盗贼纵横”。因此，他恳切要求崇桢帝“慎喜怒”，“省刑清狱”，停止增兵益饷，坚决削除冗官滥职，“简明政治”，遏制奢糜浪费以补足军需之用，多为百姓利益着想，以安定天下。此间，值温体仁、张继发相继当政，他们借权力纠党招奸，兴东林、复社之狱，坑害刘宗周、倪元璐和郑郧等贤良志士。尽管黄遭周并非东林党人和复社成员，但他同情并支持这些力倡政治改革，亲民爱国，却势单力薄的朝野精英。于是，他挺身而出，上《三罪四耻七不如疏》，说他自己品行和才学不如刘、倪、郑等七人。他为郑郧辩诬（郑被诬“杖母”），引起满朝奸佞的非难与攻击。但他坚持为人排难，引咎归己，哪怕舍命丢官！
黄道周毕竟是块石头，其臂峥峥，其风凛凛，水火不避，浮沉不惊；不仅严以守正，而且勇于击邪——
1638年，宠臣杨嗣昌不守母丧之制，“夺情”出任兵部尚书，然而却“主弃义州，致宁锦孤危，且引汉和亲、宋纳币，称为乐天之事”；并嗾使辽东巡抚方一藻奏请与满清议和；又徇私推举陈新甲为宣大总督。黄道周连上三疏分劾三人。崇祯帝召对平台，当廷论质。“道周与嗣昌争辩上前，犯颜谏争，不少退，观者莫不战栗”。崇祯帝百般袒护杨嗣昌，屡屡驳他。由此，黄道周直陈：“积渐以来，国无是非，人无枉直，郡邑长官苟且了事”，“然其视听，一系于上”，“今至馋险无赖之徒群聚京师，鸟声兽声白昼相呼……。”他对朝廷的用人政策感到“诚可愤痛”，并指遭崇祯帝“忠佞不分，则邪正不明，为政之大戒也”。被激怒的崇祯帝将他叱退，贬官六秩，为江西布政司都事。
他这块石头又一次从高高的峰顶被摔了下来。
两年后，江西巡抚解学龙举荐地方人才，极力推奖黄遭周。崇祯帝听信宠臣构陷，怀疑解、黄二人结党，大为光火，下旨“立削二人籍，逮下刑部狱，责以党邪乱政，并杖八十”，“将杀之；究党与，诃连多人”。真是“莫须有”之罪！黄道周孤忠一士，唯知昧死苦谏，何党之有？龙廷之上他被刑杖打得血肉模糊，抛下大狱。户部主事叶廷秀挺身申救，被杖责后削籍为民。大学生涂仲吉与黄道周素不相识，闻事自南方千里迢迢一路跌扑赶到京师，呼遍六部，数次为
他上书，乞愿以死以救忠良，亦遭牢刑遣戍。黄遭周在狱中备受酷刑折磨，杖疮发作，几不能自持，但仍治学著书不辗。正如他于囚中写给友人张烃叔的信中所官：“古人于仁义烂时自裹血肉，仆于血肉烂时自裹仁义。”后来皇上生怕杀了他这样一位耿介词臣会惹来骂名，改判他永戍广西。此番杖谪，使他声名愈重，“天下称直谏者，必日黄石斋”。事后，连崇祯帝也对近臣慨叹：“黄道周冰心铁胆，自是今时一人！”——好一个“冰心铁胆”的石头汉子！
黄道周官历两朝而居显位，在“衷衮公卿竞利忙”的官场上，从来洁身自守，“不营田宅”，一身“赤贫”。送到床上的绝色美妓他不染一指，捧到面前的济困赠金他不纳一毫，人称他是个大“冰官”。他说：“贫是吾儒本色，受侮（指遭谪受刑）亦是吾儒本色。”他只一心图报邦国，“冀欲匡时，不负苍生”，故自“策仕以来二十四年间，虽偃蹇困潦，三遭废黜，身经百折，万死复生”，从不“偷荣以承欢，遭危以自逸”，“前后三十疏，原本仁义”，“批龙鳞”，“冒锋镝”，“多言数穷，遂招物忌”。但他以奇石般“严冷方刚，不谐流俗”…的独立姿态，“忠义奋发”，极尽一位人臣的诤谏职责。
翌年，有朝臣同情黄遭周的遭遇，当政者为了延揽人心，旨下复原官。他乞病告休返漳浦，将东皋书舍“浩然堂”扩建为明诚书院，又在漳州蓬莱峡邺山讲堂广收学生授课讲学。他一再谆谆教诲学生“读书治志”“知人安民”；人生当“以忠信礼义仁”“为五大宝”，若不，“即做成掀揭事业亦无乐处。”“读书不做官，作名贤可传可法足矣！”……
（五）
终于，李自成攻陷北京。1644年农历3月，朱由检吊死煤山，崇祯朝覆亡。继而清军入关，铁蹄踏踏大举南进。福王朱由崧即位南京，建立南明政权，是为弘光朝，晋黄道周为礼部尚书。奉召进都后，黄道周期望振兴邦国，因上《进取疏》。可是，弘光帝整日沉溺于酒色，哪管头上的天塌了下来。而凤阳总督马士英与阮大铖等人趁机“怙势争权”，“措置乖方”，无意抗清。他“无所为”又不能为，便“不欲久厕朝班”，请往浙江祭禹陵。数月后，清军攻占南京，弘光朝倾塌。他在钱塘江边遇见拥兵南逃的马士英，痛斥其“卖国卖君”，骂得马士英狗血淋头，“落靴而走”。
翌年，唐王朱聿键即位于福州，改元隆武，晋黄道周为兵部兼吏部尚书、武英殿大学士。他见隆武帝有志复国振兴，便为其区划裁定庶务，制定抗清战略，以期在福建“国势既立，然后右携江西，左挟会稽，兴桓文之师，朝见孝陵，收复南京，旋清中原，以慰宗社苍生之望”——
六十年来事已非，翻翻复复少生机
老臣拼尽一腔血，会看中原万里归！
他热血盈腔，原以为苍天虽倾，但只要众心合力，砥柱中流，回天尚有可望。谁知福建的“土皇帝”南安伯郑芝龙却拥兵自重，凌驾于上，明里不发一兵一饷，暗中纵敦谋降，隆武帝亦无可奈何。对此，黄道周便自请募兵抗清。他对隆武帝说：“臣以国耻未雪，中夜抚心，思圣朝垂谕之言，一字一泪一血，是以奋不量力，务请行边”。他料知大明王朝的天已崩裂难支，想自己纵然真是一块可以补天的灵石亦无法挽回；但国难当头，他只能“致命遂志”，”仗节死义”，“知其不可为而为之”。他说：“吾辈顽石，捣骨合药，无补于天，犹冀后人嗅此药气耳厂只希望自己能够留下忠贞的气节去激励后人。
7月，黄道周以一介儒雅“紊手从戎”，在福州校场誓师，揭举抗清义旗，率门生蔡春溶、赖继谨、赵士超等子弟兵1000令人进发信州。他亲拟《招征书》，一路得到仁人志上的支持，各地军民奋起响应，甚至“田夫荷锄从之，日扁担兵”，“募义从军者几及万人，军声颇振”。他把各路汇集的军队加以整编和训练，遂分兵三路，一出抚州，一出婺源，一出休宁。正当各路义军与清军奋战时，徽州陷落，他提兵赴救，不幸于婺源兵败被俘。
清军督师以“得一忠义之人，胜得土地数州”，日夜派人劝黄道周归降。早巳叛明降滑的“六省经略”洪承畴亦亲自出马，以同年、同乡与旧日僚友的关系来规劝他，又遭到严词拒绝，最后求他写副对联以做留念，黄道周当即奋笔疾书：
史笔留芳，虽未成名忠可法；
洪恩浩荡，不思报国反成仇。
——这副妙联嵌字谐音，人们一看就能读出，他在颂扬不久前在扬州血战抗清壮烈殉国的江南督师史可法，同时讥斥面前这位贪图富贵，叛国降清的软骨头贰臣洪承畴。洪承畴羞得满脸是汗，仓皇而退。
在婺源狱中，黄道周—怀着悲愤心情，赋诗数章，“诸子收吾骨，青天知我心；为谁分板荡？不忍共浮沉……”抒发他尽忠明室，义在必死的心志。被解送至南京后，他置生死于度外，日诵《尚书》、《周�