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夫卫藏距京师万有余里，公（指二位大臣）镇其地，戎兵寡弱，外不足以制其力，内不足以夺其权。设珠尔墨特竟举兵反，番民性怯懦，势必举而从之，以向隶版籍之地，一旦贼陷，即使以身殉，事已无及，劳师糜饷，致贻圣主西顾，忧畴职是土，顾可以一死委其责耶？公独奋不顾身，毅然定大计，乘其未发，诱而诛之，余党虽扰攘，而渠魁既歼，如瓦解冰泮，无能为难，不旋踵而就缚，尽付厥辜。公虽死，而全藏以安，国威以振，是非霍光之诱斩楼兰所可同日语也。
当时情况的确如此。虽叛乱者杀死驻藏大臣及随从一百多人，但珠尔墨特已死，群龙无首，只抢了驻藏大臣衙门的银库就鸟兽散。原在珠尔墨特控制下的七世达赖喇嘛这时恢复了权力，将珠尔墨特的党羽捉拿归案，或凌迟，或斩首，或绞死，西藏很快就恢复了秩序。待四川总督策楞带兵进藏后，西藏局势已稳。乾隆指示“此措置唐古忒（清对西藏的称呼）一大机会也，若经理得宜，自可永远安宁”。策楞制定了一系列有关藏政的措施，使中国对西藏的控制由此获得进一步加强。清朝前期，其臣属犹存开国一代打天下的血气，官为二品（相当现在的省部级）尚能挥刀喋血。按国庆评判，清朝前期能列入佼佼者的驻藏大臣有9人，清后期只有3人 。在一百多位驻藏大臣中，佼佼者总共只有12人，剩下的皆为平庸乃至昏聩之辈。这一点乾隆自己也承认。他的说法是：“向来大臣内才堪办事之人，多留京供职……派往驻藏办事，多系中材谨饬之员。”“向来驻藏大臣往往以在藏驻扎视为苦差，诸事因循，惟思年期界满，幸免无事，即可进京。” 不奇怪，今天有数小时即从北京到拉萨的飞机，去西藏工作都被视为苦差，可想当年。官场向来是越有才干者越有活动能力，也越可能免于被派往艰苦地区，所以驻藏苦差除了推给平庸无能之辈，还往往落到那些“被议降革之员”，变成“发边效力赎罪”的性质。那些人或是心有余悸，谨小慎微，“以无事为大事”；或是“幸得差委，身名既不足惜，益肆无忌惮，鱼肉藏民，侵吞库款”。驻藏大臣及其下属远离朝廷耳目，自成一体，难以制约，如果没有自觉的个人操守，很容易滋生腐败。他们虽然难以真正行使任命西藏各级官员的权力（如然巴的故事），但是制度规定所任命的官员都要由驻藏大臣与达赖喇嘛共同上奏清廷才可获批准，驻藏大臣往往就利用这个提名权换取金钱。清末整顿藏务的钦差大臣张荫棠在其奏折中揭露，这种交换已形成固定价码：提名噶伦收银一万二千两，提名代本、甲本等各官，收银二三千至数百两不等，“额外需索，犹不止此” 。驻藏大臣及其下属还利用各种报销的机会进行贪污。如张荫棠查办的驻藏大臣有泰，其“犒劳”占领拉萨的英军只花费一千五六百银两，向朝廷报销的数额却达四万；其去印度与英方谈判的花费六七百两，报销的数额却是两万。其他各项委任私人，朋比分肥，凭权纳贿，克扣兵饷的事，不胜枚举 。驻藏大臣在西藏锐意经营还是不思进取，与当时在位的皇帝对西藏持什么态度也有很大关系。清朝前期为了羁縻蒙古，稳定社稷江山，皇帝对西藏问题比较重视，驻藏大臣一般也不敢过于怠慢。如上面所说的珠尔墨特事件之后，乾隆皇帝痛斥傅清和拉布敦前任驻藏大臣纪山怯懦无能，在藏期间曲意逢迎珠尔墨特，导致其恣意妄行，酿成事端，只是念在纪山之父为国阵亡的面上，从宽免予公开斩首，赐其自尽 。嘉庆年间的驻藏大臣文弼，只因驳回西藏地方首领向清廷求赏和讨封号的请求，而没有向朝廷汇报，查出后即被革职。 。从史料上看，那时期的清朝皇帝可比现在的中国领导人对西藏问题更加关注而且具体，往往对驻藏大臣的奏折动辄批复几百字，连对达赖喇嘛的父亲回原籍是否还用头品顶戴，也批示：“在籍不应戴用，俟假满回藏时再用” 。而到清朝后期，蒙古和西藏都不是社稷的主要问题了，皇帝对国是也不那么上心了。1904年，面临英军将要以武力进入西藏的严重局面，当时的清朝皇帝在驻藏大臣报告情况的奏折上也仅仅批了一个“阅”，再无其他 。江山是皇帝的，皇帝都不关心，驻藏大臣自然更会松弛。这也是清朝后期的驻藏大臣较前期更为平庸和昏聩的原因之一。
4、架空
北京方面的历史学家认为《二十九条章程》将西藏的行政人事权、宗教监管权、军权、司法权、外交权、财税权统统集于驻藏大臣之手，以至有“驻藏大臣之权限，有超于各省督抚者”之说 。然而当年正是因为乾隆认识到“藏中诸事，任听达赖喇嘛及葛布伦等率意径行，大臣等不但不能照管，亦并不预闻，是驻藏大臣竟成虚设” ，为了改变这种局面，才立下《二十九条章程》，希望以此让驻藏大臣掌握实权。没想到百余年后的张荫棠，仍然得为驻藏大臣被达赖喇嘛讥讽为“熬茶大臣”而痛心（熬茶是藏传佛教一种布施之称。驻藏大臣的职责之一是在宗教庆典时代表大清皇帝向西藏僧众发放布施。达赖此称意指驻藏大臣别无他事） ，而末代驻藏大臣联豫，也继续抱怨“达赖喇嘛夜郎自大，一切事权，咸欲操之于己”。中国对西藏的控制程度，看来并没有因为有了个《二十九条章程》而发生实质性的变化。中国方面对此一般是把责任归于驻藏大臣，从张荫棠抨击驻藏大臣“一切政权，得贿而自甘放弃” ，到中共藏学家指责驻藏大臣“庸碌无能，惟知坐镇，一切委之达赖喇嘛转付噶伦等，没有实际控制其实权” 。他们认为《二十九条章程》已经使中国具有了对西藏进行主权控制的制度，问题只在于驻藏大臣没有很好地执行。似乎只要驻藏大臣恪于职守，中国对西藏的主权就能够充分实施，而中国在西藏的权力松弛甚至流于形式，也是因为驻藏大臣尽职不力、庸碌无能或放任自流。如果驻藏大臣全都是所谓“佼佼者”，情况是否就可以变化呢？驻藏大臣的能力大小与尽职与否，肯定对中国在西藏的控制力有一定影响，但是把全部问题都归于这个原因，其实是掩盖了实质。不难想知，世上没有哪个当权者愿意当傀儡，也没有哪个民族的领袖愿意受外族统治。如果面临大军压境，那是没有办法，如果外族军队已经撤离，当地统治者无疑就会想方设法把臣服变成徒具名义的假象，而让自己获得尽可能多的独立自主。理论上，西藏人若敢反叛，清廷随时可以把大军派进西藏。但是只要不是公然造反，清廷是不会有决心让大军远涉千山万水进藏的。西藏人明白这一点，他们会避免与北京公开作对。那么，他们要对付的，无非就是驻藏大臣及其手下一班人而已。在长达185年时间里，先后进藏的135位驻藏大臣，彼此肯定有很多不