而皇宫中的审讯依然在继续着，留在黄村等待河南方面援军的林清及其教徒均被抓捕归案，通过林清等人的口供，此次紫禁城之变的轮廓才勾画出来：天理教的前身是八卦教、红阳教，教徒主要集中在河北、河南、山东、山西等地，在河南传教的是李文成，自称是“李自成转世”；在河北及北京一带传教的林清，自称姓刘，是“汉帝转世”，在山东传教的是冯克善。
天理教同许多秘密宗教一样把给人看病作为传教手段，由于林清曾在西单牌楼的“九如堂”药铺学过三年徒，又到其他药铺当过伙计，对医道比较精通，在治病方面比一般教徒“把茶叶在香上熏绕数转，令病人煎服”的疗效，自然要明显得多，还编出“若要白面贱，除非林清坐了殿”等歌谣广为散布。天理教教首根据天象变化——“彗星出西北方（根据‘纬’之说‘主兵相’）”，认为在“酉之年，戊之月，寅之日，午之时”——即嘉庆十八年（１８１３年）九月十五午时发动起义，最为有利。
并规定起义口号：“奉天开道”；联络暗号：“得胜”；还散布在该年九月有“白阳大劫，刮黑风七昼夜，惟入教之人给‘奉天开道’小白旗，即可免祸，其余遭劫，一概死亡”；“凡在教者，教主给白布小旗树于门，可免者尽屠之”，并传播“专等北水归汉帝，大地乾坤只一传”等改朝换代的论调。
林清想通过突袭皇宫夺取政权，在他看来“我们据了京师，不怕皇上不到关东去（即关外）”。
为此，他想方设法在皇宫内的太监中传教，太监刘得财因是大兴人，便成为天理教极力争取的对象，又是赠金银，又是拜把子，于是刘得财就成为太监中第一个天理教教徒。
经刘得财传教太监阎进喜、杨进忠、王福禄、高广福、刘金、张泰等人都也相继入天理教。
嘉庆十八年三月，林清两次来北京同刘得财等人见面，布置任务，并让他们做好接应的准备。
看到这些口供，皇后钮祜禄氏又焉能不后怕，教匪竟然在他们的眼皮底下发展内线，可她和皇帝竟然一无所知，还有比这更严重的失职吗？这的确是“汉唐宋明未有之事”！对局势的失控、对民变的失控、对教匪的失控，难道是“当今大蔽，是‘因循怠玩’四字”所能解决的吗？按说皇后只管后宫的事务，可是当变乱已经殃及到后宫她又怎能脱得干系！如果在陈德神武门行刺事件后能及时加强对侍卫、太监的管理，即使天理教滋事也未必能闹到喋血紫禁城的地步！对占据滑县李文成的消灭及对山东教匪的剿灭虽然让皇后松了口气，但紫禁城内的枪声却久久回荡在她的心中……
嘉庆孝和皇后钮祜禄氏海上威胁
白莲教的战事尚未结束，东南沿海的蔡迁又掀起滔天巨浪，大清王朝已经到了国无宁日的地步。蔡迁系何人？竟能在东南沿海一带掀起滔天之浪？据史书记载，蔡迁是福建同安人。在海边长大的蔡迁，对在海上谋生自然非常熟悉。兼之此人很有组织能力，很快就拉起一伙人，到福建一带的洋面上去闯荡、去劫掠。
而乾隆以来人口的激增（到乾隆六十年全国人口已接近３亿），则把越来越多的难以谋生的人挤到海盗的队伍中。
因而自乾隆末叶，一支支海盗出没在闽、浙、粤洋面。
由于清政府正忙于同白莲教的战争，根本就无暇顾及东南沿海地区，数千里的洋面竟然有海无防！蔡迁掌握几十艘配有大炮的战船，控制着福建海域，所有进出口的商船都必须向蔡迁一伙交纳通行税，出海船每只４００元，进口船每只８００元，俨然成为海上一霸。
而在广东海域为患的则是林阿保、总兵保、郭学显、鸟石、郑乙等团伙。
面对海盗的猖獗，清王朝只能“专力防守海口”，对于官府运盐船及商船派军队护送，至于粤、闽、浙洋面则听任海盗横行。
清王朝迟迟不能平定海盗的原因有两点：其一是官军缺乏同海盗匹配的战船—— “兵船不得力”；其二是海盗能从沿海地区得到物资上的接应——海贼无两载不修之船，亦无一年不坏之杠料，桅柁折则船为虚器，风篷烂则寸步难行……一回闽地，装篷（xun，烤）洗，焕然一新，粮药充足”；其三则是海上作战受风势的影响—— “海中剿敌，全凭风力，风势不顺，虽隔数十里，犹隔数千里，旬日尚不能到也。
是故海上之兵，无风不战，大风不战，大雨不战，逆风逆潮不战，阴云蒙雾不战，日晚夜黑不战。
飓期将至、沙路不熟、贼众我寡、前无泊地皆不战也。
及其战也，勇力无所施，全以大炮相轰击，船身颠荡，中者几何？我顺风而逐，贼亦顺风而逃，无伏可设，无险可扼，必以钩镰去其皮网，以大炮坏其柁牙篷胎，使船伤行迟，攻之，贼穷投海，然后获其一二船，而余船飘然远矣。”皇后不禁一声长叹，她似乎都听到把澎澎的涛声与隆隆的炮声……内忧外患一起袭来，万里洋面再也不能成为大清王朝的天然屏障了。
滔滔海水不仅成为海盗的栖身地，也成为西方炮舰乘风破浪的载体，英国的舰队已经频频出没在清帝国的水域。
嘉庆七年（１８０２年）二月，英国以防止法国占领澳门为借口，派六艘军舰抵达澳门，经过清政府的交涉，英军舰才于六月开走。
嘉庆十三年（１８０８年）七月，九艘英国军舰在澳门再次登陆，接着又闯入黄埔、广州。
两广总督吴雄光以断绝贸易、封锁进澳水路、切断粮食、蔬菜的供给作为同入侵者斗争的手段，由于当时的英国正同法国交战，不可能抽出更多的兵力用于远东，遂在占领澳门四个月后撤离。
嘉庆二十一年（１８１６年）闰六月，由阿美士德（原英国驻印度总督）率领的英国使团再次访华，同乾隆年间访华的马戛尔尼一样试图打开清帝国的大门，把清帝国变成英国的商品市场与原料产地。
阿美士德一行闰六月十九日抵达天津。
皇后的兄弟和世泰公爵是接待英国使团的负责人，从这一任命也可以看出嘉庆皇帝对此次中英外交接触的重视。
然而对双方来说觐见礼节再次成为争论的焦点，阿美士德拒绝向嘉庆行双膝跪地的磕头礼。
觐见礼节，在马戛尔尼访华时就成为一个争论的焦点，实际上一直到乾隆在避暑山庄的万树园接见马戛尔尼，英方也没能按照乾隆的要求行“双腿跪”的礼节，乾隆为此相当不快。
嘉庆比他的父亲还要固执，甚至派和世泰到通州去教阿美士德等人“习礼”，说白了就是学磕头。
从闰六月二十七到七月初六整整习了八天的礼，依然没有解决磕头的问题，到不是磕头难学，而是英国使团不能接受，彼此一直僵持不下。
和世泰不愿让皇帝失望，他想像当年和那样，安排皇帝同阿美士德等人见面，即使英国使团来个单腿跪，皇帝也不能当场发作。
于是在初六晚上他陪同阿美士德等从通州赶往圆明园，并安排在初七早晨谒见嘉庆。
皇帝已经端坐在殿中等待接见，可连夜的赶路已经搞得阿美士德疲惫不堪，更何况公使的礼服、英国使团的礼物都还在路上……一方面是皇帝在等候，另一方面是阿美士德拒绝谒见……做了蜡的和世泰只得编了个善意的谎言——阿美士德病了，而当嘉庆表示可以接见副使时，和世泰则说副使也病了，谎话说到这份还能骗得了谁！盛怒中的嘉庆令英国使团返回广州，鸦片战争之前清、英之间最后一次外交接触尚未开始就已经结束。
和世泰的确有负圣望，把事情办砸了，可英国使团为什么在从通州出发时不把正使、副使的礼服以及礼物一同带上？对英国使团的做法，皇后实在感到不能理解；对英国政府派出使团的目的，她更感到困惑……
嘉庆孝和皇后钮祜禄氏立储重任
嘉庆在其２５年的在位期间给皇后出了一个又一个的难题，就连他在去世时也把一个涉及到国本的大问题留给了皇后。
嘉庆在二十五年七月十七（１８２０年８月２６日）起驾去避暑山庄，由于天气炎热兼之旅途劳累，在二十五日（９嘉庆陵寝昌陵一六月２日）到达避暑山庄的当天傍晚就病倒了。
嘉庆一直身体不错，原以为歇息一两天就能缓过来，谁也没想到在当天夜里皇帝就在烟波致爽殿撒手而去，享年６１岁。
当皇后得到皇帝驾崩的噩耗，第一个反映就是把皇帝存放在乾清宫“正大光明”匾额后边藏有立储密旨的匣子找出来，宣布皇位继承人。
这种秘密立储的做法是雍正所创建。
雍正鉴于即位遭到八弟、九弟、十弟、十四弟等人的强烈抵制，对于康熙晚年不立储所造成储位空虚、诸王对皇位的觑觎以及老皇帝晏驾后权利之争白热化，进行改革，在雍正元年八月十七日建立秘密立储之制，并在乾清宫西暖阁召见大臣发表谕令，申明已经采取秘密立储的做法，把所择立太子的姓名“亲写密封，藏于匣内，置之乾清宫正中世祖章皇帝御书‘正大光明’匾额之后，乃宫中最高之处，以备不虞”。
此后乾隆、嘉庆都沿用了这一做法。
但皇后派去的人在“正大光明”匾额的后面找不到立储密匣。
在经过林清之变、天理教徒攻进皇宫后，嘉庆觉得把立储密匣放在“正大光明”匾后面并不安全，从那以后他就把立储密匣带在身边。
皇后似乎猜到嘉庆很可能把立储密匣带在身边，就让回来报信的人再返回避暑山庄去找，但折腾了好久依旧没找到。
国不可一日无君，在立储密匣找不到的情况下，皇后必须解决这一难题，于