乌克兰西部各主教区的教士纷纷致函神圣大牧首皮缅和当时的基辅都主教、乌克兰督主教菲拉列特（杰尼先科），呼吁授予督主教辖区以自主教会权。1990年 1月 30—31日罗斯正教会高级僧正大会对此的回答是：授予乌克兰督主教辖区和白俄罗斯督主教辖区以更大的自主权。
督主教辖区的新状况，要求在罗斯正教会允许的范围内，向该辖区提供相当大的自主权，但它们仍然是俄罗斯正教教会的组成部分。督主教辖区除新名称之外，还获得自主建立正教院的权利，该正教院拥有最高司法权、立法权和教会执行权。督主教辖区还拥有巨大的独立财权，在分裂派分子总是断言说似乎乌克兰教区的经费全被莫斯科掏空的情况下，这是个十分重要之举。就实质而言，各督主教辖区成为大牧首辖区范围内的自治教会。
与此同时，加里西亚的宗教战争却越演越烈。到1990年年中，捷尔诺波尔没有一座庙堂还留在罗斯正教会管辖之下：庙堂全部落入教会合并派手中，其中包括建于布列斯特教会合并派出现以前——1540年的一座教堂。
1990年5月3日，莫斯科和全俄罗斯神圣大牧首皮缅（伊兹韦科夫）辞世。这位至圣于80高龄辞世。自主教会人士大概害怕俄罗斯教会的新教首会是一个精力充沛的年轻人，将同分裂运动的扩散开展有效对抗，于是决定趁莫斯科大牧首位子空缺之机，立即展开活动。
1990年6月份，分裂运动分子集聚在基辅，举行所谓“全乌克兰自主正教大会”。他们在会上表现出十足的目无教规，竟然决定不仅要宣布成立自主教会，而且还要选举“基辅大牧首”。美洲自主教会首脑、年迈的姆斯季斯拉夫？斯克里普尼克当上了这名大牧首。分裂派分子当时把他树为分裂运动的一面旗帜。由于他当时身在美国，未能亲临会议，所以是缺席当选。约安（博德纳尔丘克）成为“大牧首宝座护法”。
苏维埃乌克兰当局对分裂派分子的活动没有起任何劝阻作用，有这样一个事实可资证明，即他们首开先例，向分裂派“大会”的参加者提供罗斯正教会的圣地——基辅圣索菲亚大教堂，以作举行亵渎神明的“祈祷仪式”之用。须知，圣索菲亚大教堂至今仍是文物保护单位，是一座博物馆。
乌克兰发生的教会骚乱，是促使罗斯正教会不得不在牧首皮缅逝世未过40天之际便紧急进行新教首选举的原因之一。
各教区主教联席会在其决定中谈到了乌克兰十分复杂的宗教局势。会议指出，教会合并问题使罗斯正教会同梵蒂冈的相互关系紧张到极点，破坏了正教和天主教继续顺利对话的希望。
会议还谴责了破坏乌克兰西部教会和平的乌克兰分裂自主教派的行动，指出，乌克兰正教会“实行自我治理的公正意图，未能在保留教会统一教规的框架下实现，而是走上了一条错误道路，必须承担由此产生的一切极其有害的后果”。各教区主教会议强调指出，乌克兰正教会在获得广泛独立的同时，不仅仍然处于莫斯科大牧首辖区之内，而且同各教区所有正教教会的关系也必须合乎教规的规定。
选举莫斯科和全俄罗斯新牧首，对自主教会分裂运动以后的命运也有间接关系。大牧首皮缅逝世后，基辅和加里西亚都主教、具有牧首地位的乌克兰督主教菲拉列特于1990年5月3日就成为遴选大牧首期间牧首宝座的临时监护人。就地位而言，基辅督主教是罗斯正教会大牧首以下的第二位高级僧正，是神圣正教院常任成员中最有影响力的人物。根据传统，都认为临时监护人最有可能当上未来的大牧首。
然而报刊上却越来越经常地不断出现一些消息，说菲拉列特督主教的道德面貌远非无可指责。许多人，特别是乌克兰的神职人员，都不喜欢这位主教对督主教辖区的管理作风；说他好发号施令，很粗鲁，具有目光短浅的世俗长官身上的官气，缺少一位高级僧正所应有的修养。许多倾向于分裂派的人士也证实，他们之所以倾向于分裂教派，就是因为要脱离菲拉列特都主教在乌克兰教会中所造成的那种令人窒闷的气氛。
然而菲拉列特都主教想当莫斯科和全罗斯大牧首的意图却很明显。在1990年各教区主教会议上，这位乌克兰督主教在选票上占第一名。选举大牧首时，投他票的有66人。然而罗斯正教会的新任大牧首不是菲拉列特，而是列宁格勒和诺夫哥罗德都主教阿列克西（里迪格尔）。可想而知，这一情况也影响到菲拉列特都主教的下一步活动。
在乌克兰正教会生活中，莫斯科和全罗斯神圣大牧首阿列克西二世1990年8月6日对乌克兰的访问具有巨大意义。这次访问给予乌克兰正教民众以巨大的道德支持，因为这时乌克兰正教民众正遭受来自教会合并派和自主教会派的侵犯。这位至圣登位不久便访问乌克兰，证明消弭乌克兰宗教冲突乃是莫斯科大牧首面临的最重要的任务之一。纪念罗斯洗礼日当天，在基辅大教堂为等同于使徒的圣弗拉基米尔公爵举行祈祷仪式后，大牧首阿列克西说：“所谓的自主教会的传播，实质是教会分裂运动的扩散，使吾等不能不感到担忧。本牧首此次访问乌克兰，足可证明我们同乌克兰正教会的主教团，同全体教士和教众欢乐和悲伤与共。”
尽管罗斯正教会采取了一切措施，教会冲突的政治化却日益严重。
1990年7月9日，乌克兰督主教辖区主教团在基辅召开会议，通过“乌克兰正教会独立和管理自主呼吁书”，还一致推选菲拉列特（杰尼先科）都主教为乌克兰教会教首。
罗斯正教会神圣正教院于 1990年 7月 20日开会审议了乌克兰教会正教院要求扩大自治的决议。鉴于乌克兰宗教政治局势异常复杂，乌克兰高级僧正团请求授予督主教辖区以更为广泛的自主权。罗斯正教会鉴于该问题意义重大，决定在罗斯正教会全体高级僧正大会上予以审议，会议定于1990年10月25—27日召开。
应该指出的是，乌克兰中央地区各州和东部各州的绝大多数正教信众，都反对任何形式的宗教“独立”，主张在莫斯科大牧首辖区内同罗斯正教会保持紧密团结。
1990年10月25—27日，罗斯正教会高级僧正大会在莫斯科圣丹尼洛夫修道院召开。在提交高级僧正大会审核的议事日程上，主要就是授予乌克兰正教会独立和管理自主权的问题。
10月28日，大会结束的第二天，莫斯科和全罗斯大牧首阿列克西二世抵达基辅，以便隆重宣布乌克兰教会独立，其目的在于克服分裂运动，建立教会和平。大牧首阿列克西二世于抵达当天便在基辅索菲亚大教堂举行祈祷仪式。仪式开始之前，至圣将乌克兰教会独立证书赐予菲拉列特都主教。
至此乌克兰自主正教会获得了实际上的完全独立，只同莫斯科大牧首辖区保持教规上的统一。17世纪末以前，基辅都主教辖区在君士坦丁堡大牧首辖区内也拥有类似地位。而且有意思的是，自主教会派在谈到乌克兰教会史上莫斯科以前这一段时期时，称其为独立时期；但在评价1990年赐予乌克兰正教会独立后的乌克兰正教会状况时，却少不了一定指出，这是一种假象，乌克兰正教会根本谈不上什么独立。
乌克兰许多人完全真诚地认为，获得独立的乌克兰正教会，现在能对自主教会派和教会合并派给予应有的回击。统计资料亦可证实乌克兰正教会的力量优势：到1991年夏天，乌克兰共有5000个以上合乎教规的祈祷所，而教会合并派只有1800个祈祷所，分裂派只有1100个祈祷所，当时还有许多祈祷所都是虚设的。
由于乌克兰正教会获得独立和自主管理地位，乌克兰正教会正教院特决定召开乌克兰正教会主教大会，会议于1990年11月22—23日在基辅召开。
与此同时，大会被迫再次讨论同自主教派和教会合并派相对抗的问题。大会参加者遗憾地断定，破坏性的力量以宗教口号为掩护，追求的是非宗教性的目标。有人曾指出，乌克兰的宗教分裂运动从一开始便公开带有政治性质，是乌克兰政治中分离主义方针的一部分。
会议还指出，乌克兰西部僧侣对合乎教规的自主教会十分向往，但又必须顾及乌克兰正教会东部主教辖区教徒的情绪，因为当地对自主教会抱有强烈的否定态度。
1991年，乌克兰政治力量的配置发生严重变化。1990年6月，乌克兰苏维埃社会主义共和国最高苏维埃通过乌克兰国家主权宣言之后，导致苏联解体和乌克兰共和国脱离苏联的倾向看得越来越清楚。在这种条件下，大部分党的干部为了保住自己在条件变化情况下的影响力，决定同民族主义分子勾结，迅速改变了自己的政治方向。分离主义已经不仅仅是加里西亚持不同政见的代表的主张，而且成为基辅的官方政策。在乌克兰最高苏维埃主席克拉夫丘克的活动中，可以十分清楚地看出这一点。很快乌克兰便单方面宣布退出苏联，党的干部及时改变了自己政治方向，同加里西亚民族主义者瓜分了权力。
国家紧急状态委员会垮台之后，菲拉列特都主教紧跟民族主义潮流，从毫不妥协地反对乌克兰自主教会派的立场，转而成为热心推动自主教会的人。特别是他转而认为，1990年各教区主教大会的结局是一次完全的失败。基辅和莫斯科各报刊发表的那些有关他私生活的文章，也起了不小作用。作者们断言，菲拉列特都主教有妻子和孩子，盗窃教会财产，与克格勃有牵连。乌克兰高级神职人员指责他应对加里西亚教会合并派的成功负责，对前日托米尔主教造成的分裂运动负责。应该认为，日托米尔主教归入自主教会，在很多方面都是由于个人对菲拉列特都主教怀有敌意造成的。
在菲拉列特都主教施压的情况下，1991年11月初乌