在菲拉列特都主教施压的情况下，1991年11月初乌克兰正教代表大会通过决议，“致书莫斯科和全罗斯神圣大牧首阿列克西二世和罗斯正教会主教大会，请求赐予乌克兰正教会以教规所规定的完全的自由”。会议认为，这“将有助于巩固乌克兰正教统一，有利于消弭业已出现的自主教会分裂运动，抵抗教会合并派和天主教的扩张，促进当今敌对宗教信仰之间的和解并建立和睦，促进乌克兰各民族团结。考虑到基辅都主教辖区的千年历史，拥有3500万教民的乌克兰正教会是其直接的合法继承人，会议请求罗斯正教会于赐予乌克兰正教会完全独立之后，推动东部各主教和地区教会首脑共同建立基辅大牧首辖区”。
1991年12月25—27日召开了神圣正教院会议，会议由神圣大牧首任主席，有都主教菲拉列特参加，决定将乌克兰正教代表大会的呼吁书和决定分发给罗斯正教会全体高级僧正，让他们详细研究这一十分重大的问题，以便下一步在全体高级僧正大会上把该问题列为讨论重点。乌克兰教会代表大会的决定使乌克兰相当一部分高级神职人员和俗家人感到担忧，各教区纷纷向莫斯科大牧首辖区致电，请求将本教区留在莫斯科管辖之内。文尼察主教区的60余个祈祷所甚至把会议记录都寄来了，在每份记录上都列有上百到数千个签名。与此同时，菲拉列特都主教却采取强有力的措施，竭力加速教会的自主化进程，向各主教区发出通令，要求召开僧侣大会，以支持乌克兰正教代表大会作出的关于授予该正教会以独立的决定。
1992年1月 22日，基辅召开了乌克兰教会的主教会议。会议通过致神圣大牧首阿列克西二世、神圣正教院和罗斯正教会全体高级僧正的一份新的呼吁书，指责罗斯正教会神圣大牧首故意拖延正面解决自主教会间题：“一定的势力，其中包括来自莫斯科的势力，正在个别州的修士、僧侣和俗家人中间散布混乱情绪，从而实际上是在反对乌克兰正教……莫斯科某些媒体针对乌克兰正教会首领展开诽谤运动，企图用肮脏的诽谤手法，搅乱不知情者的头脑和心灵”。
由各教区、宗教学校、高级神职人员和俗家人发往莫斯科大牧首辖区的信件和电报有如雪片飞来，纷纷请求制止罗斯正教会分裂，保留乌克兰教会现有的地位。神圣大牧首阿列克西二世对局势深感忧虑，向菲拉列特都主教致电称，鉴于宗教事件的发展呈危险态势，建议在神圣正教院召开会议之前，乌克兰某些州“应采取克制态度，不以教规作任何威胁”。2月17日菲拉列特都主教向神圣大牧首发来两封电报，第一封请求正教院“不要作出”任何涉及乌克兰正教会内部生活的决议，第二封声称他因病不能出席正教院会议。在神圣正教院会议之前，神圣大牧首阿列克西二世还接到乌克兰内阁宗教事务委员会的一封“公开信”，该委员会在信中坚持要求授予乌克兰正教会以教会自主权。
1992年2月18—19日罗斯正教会神圣正教院会议召开，通过一份致基辅都主教菲拉列特和乌克兰教会主教团的呼吁书，要求“乌克兰正教院立即重新审议1月23日决定，以便抚慰高级僧正团和如今正以悲恸的心清恳请教会主持公道的教民的心灵。如此方可使我等能保持教会的和平和乌克兰正教的统—……一旦此合乎教规的唯一正确原则遭到破坏，愿上帝保佑不要发生此事，所有忠于正教的教徒亦将获得我等合乎教规的领牧，不会听由其任凭恶势力摆布而沉沦”。
1992年3月31日，罗斯正教会高级僧正大会在圣丹尼洛夫修道院召开。大会一直持续到4月5日。高级僧正大会从4月1日到4日讨论了乌克兰高级僧正团关于授予乌克兰教会以自主教会地位的申请。
首先由菲拉列特都主教作报告，然后开始辩论，大多数高级僧正均参加了辩论。来自乌克兰不同主教区的众多教徒代表团均对自主教会一事提出抗议，这对讨论乌克兰教会的地位问题，不能不有所影响。在圣丹尼洛夫修道院的土地上，有打着宣传条幅的纠察队，条幅上写道：“我们号召会议参加者维护教会的统一”，“自主教会是通往合并教派之路”，“乌克兰需要纯正的正教”，“菲拉列特大主教！为了教会的福祉，您最好还是下台吧！”甚至“把离经叛道的菲拉列特革出教门”。
相当多数高级僧正在会上发言时谈到乌克兰教会自主化不合时宜，主要根据是如果乌克兰正教完全独立，面对合并教派的侵犯将处于一对一的局面，而分裂运动派是绝不会中止自己的破坏活动的。某些发言者提醒道，以往，乌克兰教会的一切自主化企图，都给教会带来了灾难。
乌克兰主教团某些当政的高级僧正发言，反对授予乌克兰教会以自主教会地位。马加丹主教阿尔卡季（阿福宁）的提议成为辩论中的转折点，他提议审议一下更换乌克兰教会首脑的问题，“因为菲拉列特大主教不符合要求，不能把乌克兰全体神职人员和俗家人团结在自己周围”。马加丹主教的提议得到文尼察都主教阿加凡格尔、乌拉尔主教安东尼（莫斯卡连科）和某些其他高级僧正的支持。有人指出，菲拉列特都主教只应服从乌克兰主教大会，索尔涅奇诺戈尔斯克大主教谢尔盖（福明）完全合理地反驳道：“乌克兰正教会暂时还不是自主教会，它不能超越罗斯正教会高级僧正大会的权限，保有其不能干预的不公开的内部问题。”
高级僧正大会主席、莫斯科和全罗斯神圣大牧首阿列克西二世对这次辩论作总结时说：
“有人叫我们相信，授予乌克兰正教会以自主教会权便可解决一切问题，正如以前有人叫我们相信，管理上必须独立，必须赐予菲拉列特都主教以至圣头衔。但至圣头衔并不能拯救这一状况，授予独立亦未能产生效果。那些并入破坏教规的自主教会的祈祷所并未归还，分裂运动越闹越厉害。我们能否为分裂承担责任？我们能否确信这样做会给神圣教会带来福祉？……要想谈论自主教会，需要一种安静的环境。但我们这个时代是一个经济、民族、人类联系遭到破坏的时代，是一个分裂和对抗的时代，所有这些使人民感到厌倦。保持教会统一的愿望乃是上帝的声音。我们大家都对乌克兰目前发生的一切负有责任，但对乌克兰教会的首脑主教还有个特殊要求。我们请求菲拉列特大主教，为乌克兰正教的福祉，为了我们的统一，为拯救乌克兰教会，离开自己的职位，以便乌克兰各位主教有可能选出一位新的首脑主教”。
菲拉列特都主教发表声明，这个声明不能有另外理解，只是表明他已准备好放弃乌克兰教会首脑的职位，服从高级僧正大会的意志，听从乌克兰大多数高级神职人员和俗家人的呼声，他说：“我觉得需要约安这样的先知，我准备做这样的先知。但我请求，不要因抛弃这位约安而使乌克兰掀起狂暴的浪潮，因此我请求向乌克兰主教区提供条件，到基辅去选举乌克兰正教会的新教首。我以大牧师的名义保证，这个大会一定会召开，绝不会受到任何压力。新教首将由大牧首阿列克西二世颁旨批准。乌克兰正教会应全面实现1990年高级僧正大会赋予它的权利。我还请求让我继续在上帝座前效力，不要让我退休”。
神圣大牧首对菲拉列特都主教准备卸下乌克兰教会教首的职务表示感谢，希望他能在乌克兰的一个主教讲坛上继续从事大牧师的工作。根据对乌克兰教会地位辩论的结果，高级僧正大会作出决定：“高级僧正大会接受基辅和全乌克兰都主教、至圣的菲拉列特的声明，为了教会的和平，他在即将召开的乌克兰正教高级僧正大会上将请求解除自己乌克兰正教会教首一职。高级僧正大会对至圣菲拉列特都主教的立场表示理解，对他在基辅主教任上多年担任大牧师的辛劳表示感谢，为他在乌克兰正教会另一主教职位上尽主教之力表示祝福”。
菲拉列特都主教同意从乌克兰教会首脑岗位上退下来，眼看着教会危机可以顺利解决，但到了基辅之后，事情却转变了方向：基辅都主教欺骗了一众大牧师弟兄和自己的教民。回到基辅后，他于4月14日召开记者招待会，指责高级憎正大会向他施压，声称他在大会上就如同身处髑髅地一样，“被钉上了十字架”，而且通报说，他答应从乌克兰教会教首的岗位上退下来，是出于外交考虑，他将领导乌克兰教会至生命终结。
5月6日和7日，莫斯科召开神圣正教院扩大会议，但作为正教院常任成员的菲拉列特都主教却未出席会议。正教院断然谴责都主教的声明。鉴于乌克兰正教会出现的非常情况，在乌克兰正教会高级僧正大会召开之前，禁止菲拉列特都主教履行教首的职责，即：“召开正教院会议、为高级僧正举行按手礼、发布涉及乌克兰正教会的教令和呼吁书。但可以召开接受他退休和选举乌克兰正教会新教首的乌克兰正教会高级僧正大会……如果对罗斯正教会高级僧正大会决议和本决议拒不执行，着即将菲拉列特都主教交罗斯正教会高级僧正大会审判”。
但神圣正教院的这一决议亦未被非拉列特都主教理睬。5月21日，正教院讨论乌克兰的教会形势，但危机的过失一方仍未出席，他根本不想与会。正教院委托乌克兰教会中接受按手仪式时间最早的大牧师、哈尔科夫都主教尼科季姆（鲁斯纳克）在圣三一节之前召开高级憎正大会，接受非拉列特都主教退休，选举乌克兰教会新教首。临时履行第一主教职责的任务，落在尼科季姆都主教肩上。接到神圣正教院决议的通知后，菲拉列特都主教声称，他认为正教院的决定“毫无道理而且……无效”。
5月26日，神圣大牧首阿列克西二世致电菲拉列特都主教，呼吁他拿出大牧师和基督�