当非常国会准备选举总统时，4月4日粤军将领举行秘密会议，拟即通电反对总统的选举。陈炯明一方面避免直接出面反对，另一方面却怂恿湖南方面正式反对，正好碰上湖南总司令兼省长赵恒惕对选举非常总统持不同看法，因此湖南就成为反对的主力。8日湖南教育会、农会、工会联名发表庚电，反对选举总统。9日赵恒惕在致广州参众两院的青电中声明不承认非法选出的总统。10日以赵为首的湘军旅长以上军官联名向孙中山陈辞，电云：
“我公尽瘁民国，功高望重，将来合法政府成立，元首一席，定为舆论推崇，此项违法选举，万恳严词拒绝，切勿轻就，以维法纪，而定人心。”
10年5月5日孙中山在广州就任非常大总统，于是军政府撤销。广州市民数十万人，举行盛大而热烈的庆祝会。上午8时由国会议长林森持国会当选证书赴总统府向孙呈递，9时半在国会礼场举行授印典礼，由林森议长担任主席，孙宣誓后，主席以大总统印绶付予孙，然后向孙致词：
“改辙易轨，为求治常经，达变通权，尤匡时急务。同人等鉴于军政府之组织，权责不专，遇事瞻顾，至大乱未平，而国本先涣，乃谋彻底之改造制定中华民国组织大纲，选公为大总统，畀以戡乱建设之全权，期早统一民国，再造共和；妥协邦交，实成法治。谋社会幸福，靳永久和平。民国前途，胥公是赖。公其宣达民意，尊重民权，黾勉仔肩，以无负国民重托，斯则同人等所以代表民国而殷殷深致其属望者也。今者受职伊始，谨致中华民国大总统印绶，俾公发号施令，资为符信，公其勉旃！”
孙中山就任非常大总统，即发表对内对外宣言：
对内宣言：
“文受国会付托之重，膺中华民国大总统之选，兹当就职，谨布所怀，以告国人。……文既为致力创造民国之人，国会代表民意，复责文以戡乱图治，大义所在，其何敢辞。窃维破坏建设，其事非有后先，政制不良，则政治无术。集权专制，为自满清以来之秕政，今欲解决中央与地方永久之纠纷，惟有使各省人民完成自治，自定省宪，自选省长，中央分权于各省，各省分权于各县，庶几既分之民国，复以自治主义相结合，以归于统一，不必穷兵黩武，徒苦吾民。至于重要经济事业，则由中央积极担任，发展实业，保护平民。对于外交，由中央负责，根据民意，讲信修睦，维持国际平等地位，保障远东永久和平。”
对外宣言：
“自一九一七年六月，非法解散国会，北京已无合法政府存在，国会为全国各省各区惟一合法代表机关，因是组织政府，举文为中华民国大总统。文为建设民国之人，不能坐视民国危急之秋，自惜其力，不加援手。今决意殚竭能力，忠诚奉职，俾我国民，咸获满意焉。……文之第一职务，在统一民国各省各区，置诸进步修明之政府管理之下，尊重列强依条约及成例，正当取得之合法权利。全国最大之资源，悉予开发，抱开放门户主义，欢迎外国之资本及技术。”
孙中山这两个宣言的精神，乃以地方自治、和平统一、开放门户、发展实业四事昭告中外。至于“自治”是以县为施行自治的单位，与“联治”办法不同。
孙中山就任大总统后，立即发布人事命令：
外交部长伍廷芳
次长伍朝枢
财政部长唐绍仪
次长廖仲恺
陆军部长陈炯明
内政部长陈炯明兼
海军部长汤廷光
参谋部长李烈钧
秘书长马君武
总参议兼文官长胡汉民
政治部长胡汉民
并任命居正为参议，兼理国民党本部事务。总统府设于观音山，官邸在观音山腰部，自山下总统府至官邸远可半里，筑有回廊，迂徐转折，工程精致，原本是龙济光在清末所修筑，十足的中国式庭园，回廊曲折蜿蜒，廊道最尾有一小楼，楼角玲珑，楼外林木葱茏，花草宜人。绿荫佳树，清幽有致。登小楼可以远眺珠江景色，市廛红尘，尽入眼底，孙中山偕夫人即寓居是处。
孙中山虽极端不满陈炯明的作风，可是组织政府时仍然把两个重要职务，陆军部长和内政部长给陈，然而陈并不感激图报，反而表示多此一举，他在呈请辞去陆、内两部职务时说：“一身而兼四职，实为中外历史所无。”他所谓的四职是除了陆长、内长外，还有粤军总司令和省长。
唐绍仪也不肯“屈就”财政部长，因此财部职务遂由次长廖仲恺代理。
孙决定利用外资创办广东交易所及国民储蓄银行；发现款100万元为出兵广西之饷项；同时计划和外商合作，以3000万元建立轮船公司，这一点因陈炯明在省政府中作梗所以迟迟没有成立。
5月8日孙中山函徐世昌请其自动下野，函云：
“以君之才，立于专制君主之朝，为一臣仆，犹不能有所展布，况任中华民国之重乎？世界之民主政治，既非君所尝闻，中国之何以实行民主政治，又非君所能解。贸然受此重任，而侈然不以为意，其为害于国，夫何足怪？……今日之事，君宜自省，名之不正，君之所知；君之不能有益于中华民国，而反以害之，亦君之所己觉。即日引退，以谢国人，则国人必谅君之既往，且善君之能改过也。爱君以德，故为此言。若夫怙恶不悛，必不惜以国家之生命，易一己之虚荣，则非所望于君矣。”
孙中山就任总统后，并未加强其权力，可是出现了南北两个总统对立的新局面，使北方表面统一，粉饰太平的宣传彻底破坏。
一七七、湘军援鄂
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北洋方面，湖北督军王占元挟西南以示重于北京，他俨然以两湖的重镇自居。原来湖南湖北两省之间，自有其密切关系在，湖北因为有汉阳兵工厂，湘军必须向湖北购军火，而湖南盛产的米谷也须经湖北出口，所以有其依存关键。至于江西，江西督军陈光远既害怕孙中山出兵江西；又害怕李烈钧统率的滇军由湖南进攻江西，也需要结交湖南以纾西顾之忧。直系大将吴佩孚主张武力统一，是反对湖南自治的，可是那时候他的主要敌人是奉系，因此没有余力顾到对南方作战，所以其策略是利用湖南“阻南拒北”的自治局而来阻止孙中山北伐，加上吴个人因为驻军衡阳，与湖南人和赵恒惕的友好关系，便对湘赵仍然保持往日的友好关系。
湖南内部的问题使赵恒惕头痛的是：湘军扩充为两个师十个旅后，兵多饷少，各师旅长便在防区内扣留税款，把持用人行政。赵恒惕虽然提出裁兵和统一财政，各级军官却充耳不闻。赵与谭延辏е涞墓叵岛芪⒚睿啡ド虾：螅悦磕昀∫陨罘�2万元，且有数十通亲笔信给谭，执礼甚恭，可是有人不断在谭前讲赵的坏话，谭开始是半信半疑，慢慢是将信将疑，最后则信以为真。这一来谭回湘的打算便日趋积极，使赵在长沙便有坐不安席之苦。还有赵和孙中山之间的关系也不融洽。对北伐的看法，赵认为孙中山太性急，而西南无可用之兵，如能闭关一年，在各省勤练军队，为全国之模范，一年后检校军队，制定北伐计划，加上本身政治修明，北方人心自然归向，虽不扬言北伐，而一二年内必能北伐，孙中山认为赵的主张缓不济急。而湖南反赵的程潜一系多投奔孙中山，使孙中山左右尽是不利赵的言论，这也是赵所不安的。另一方面，孙曾派参军吕超（四川人字汉群）至长沙办理党务，并以三民主义，建国大纲各书赠赵，赵率文官厅长以上，武官旅长以上在省府同时宣誓入党，师长宋鹤庚建议以朱泥印手模借表赤诚拥护之意，获得一致赞成，可是吕超傲慢无礼，使湖南自赵以下，全省文武官员均大感失望，赵遂将孙的宏著搁置一旁未予细读。事隔很久，有人告赵，这两部书是治国良策，赵始翻阅，叹为观止，可是已经过了许多时日。
自民国10年湘军回湘，粤军回粤，川军治川后，对湖北是一个鼓励，湖北一直在外省籍北洋军人统治下 ，当然希望鄂人治鄂，可是鄂人的不幸是自己没有军队，因此唯有求助于湖南。
10年春天，长沙来了一批湖北客人，为首的是蒋作宾、孔庚、李书城、何成浚等，他们是到湖南来作说客，请求借兵“援鄂”。他们说：援鄂不仅是急人之急难，而且对湖南自己也有好处。好处是：第一，湖南是全国自治运动的“先进”省区，不过自治需要推广，不能独善其身，不能孤立，必须联合各省组织联省自治政府，才能立于不败之地。湖南出兵“援鄂”，占领武汉形胜之地，登高一呼，各省必能风起云从，联省自治政府就有实现的可能。第二，驱逐王占元后，湘军两师可以驻防鄂南，协助防务，军饷由湖北供给，这样就可以减轻湖南当前财政的压力。第三，现在湘军向湖北购买军火，可否之权操在王占元，如果驱王后，湖南势力控制了湖北，自己掌握了汉阳兵工厂，湘军继续发展，就不会受到限制。末了，这些说客们还强调王占元的不堪一击。就当时的形势分析湘军所占有利情势，他们还肯定地说，只要湘军发动援鄂，与湖北民军里应外合地配合作战，就可在一个星期之内占领武汉；同时也不必担心直系的支援，因为王占元已失欢于直系，直系不会出兵相助，何况直系正和奉系明争暗斗，自然没有余力过问湖北问题。
湖南人本来对湖北是有兴趣的，所谓的大湖南主义就是包括两湖。湖南有一句俗话说：“麻雀子飞不过洞庭湖”，设若有机会实现大湖南主义，湖南人自然乐意一试。加上湖南内部问题太多，扩军后军人也需要向外发展才能使湖南本身相安无事，因此湘省军人大为所动，均主张“援鄂”，首告奋勇的，是第二师师长鲁涤平。
赵恒惕对于“援鄂”比较持审慎的看法，他有三种顾虑：（一）怕引起吴佩孚的武�