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燕军势如破竹，却在济南踢到了铁铉这块铁板，这当然不是靠铁铉耍小聪明，而是他扎实的军事功底。铁铉虽是文官，但并非没有系统学习过军事理论。宋太宗创建军事学院体系后，许多文官通过学习走上指挥岗位，成为一代名将。铁铉则是这种科学指挥培养体系出产的拳头产品。
不久，平安的二十万大军集结完毕，威胁燕军后路，朱棣在僧道衍的力劝下退回北平。铁铉、盛庸、平安合兵反击，收复德州。朝廷以铁铉为山东布政使、参赞军务，加兵部尚书，盛庸为平燕将军，陈晖、平安为副将军，全面反攻。
此战是战神朱棣一生中唯一的一次败仗。据传，朱棣当了皇帝后有一次接见波斯贡使，看到一位很面熟的波斯美女，脑中响起的一句话竟然是：“皇上，您还记得十九年前大明湖畔的铁弦吗？”
四、风之子三破敌军
朱棣没能乘胜攻克济南，李景隆辛苦派发的优势又丢了，被迫退守北平。盛庸派平安、吴杰、徐凯几路进发，准备合围北平。朱棣必须先打破其中一路，以破合围之势。他的选择是率先进驻沧州（今属河北，距北京仅二百公里）的徐凯部。
战神打仗，当然不是冲上去迎面一拳，这样打多了手受不了。朱棣先佯攻辽东，到了通州（今属河北）突然转向沧州。燕军昼夜兼程，到沧州时徐凯正好进城，但又没来得及筑防，被轻松击破，徐凯被擒。朱棣能在地图上精确计算好时间衔接，做好规划，其军队亦能有力执行，不愧为军事史上从古典时代向近现代转变的一代战神。
但打仗毕竟是靠实力，而非某一两个人的能力。接下来燕军南侵，盛庸集兵迎战，双方在东昌（今山东聊城）接阵。这一战，没有阵前卖萌的草包，没有自动崩裂的河冰，更没有诡异的旋风来吹折帅旗，纯实力对抗。朱棣先以轻骑掠阵，盛庸不为所动。朱棣又亲率精兵冲击盛庸中军。盛庸变换阵形，放朱棣冲入，然后合拢，将其围困。朱棣眼看就要送命，他应该庆幸前年不怕麻烦地取了宁王的蒙古骑兵，此刻正是靠朱能率这三千锐骑冲入阵中，拼死才将朱棣救出。不过朝廷军毕竟实力占优，而且正确发挥了火药武器的作用，杀伤燕军无数，连朱棣的左右手张玉都死于枪炮。最终，朱棣亲率百骑殿后，撤退至馆陶（今属河北）。盛庸又令吴杰、平安袭击朱棣后路，不过战神不是蒙着脑袋向前冲的愣头青，后路保护得很牢，没有被一举全歼。
此战燕军死伤数万，大伤元气。盛庸军声大震，建文帝告捷于太庙。事实上，现在形势已明，朱棣已经没有什么获胜的希望了，但他还要撑！盛庸的优势是兵力强，尤其是火器，朱棣虽暗储军备多年，但当时属世界级前沿科技的火药武器毕竟是他的短板，这方面他无法和盛庸抗衡。为此，他用了一个近乎于耍赖的办法。
史载建文帝为了显示仁厚，下令“勿伤吾叔”，诫令朝廷军只能活捉，不许阵前打死朱棣。枪炮无眼，朝廷军自然就不能用火器招呼他四叔。于是朱棣常带着轻骑从盛庸的火器面前掠过，诸将眼睁睁地看着他大摇大摆走过，就是不敢开枪。朱棣常用这招看清对方的阵形兼打击士气，有时甚至借此掩护燕军推进。明太宗不仅精通军事科学，还善于不拘一格地利用这些小技巧，这种风格深受后世某些人推崇。但这种记载并不可信，建文帝就算下了这样的命令也只是一种心理战，绝非诚意。如果谁在战场上请他四叔吃了花生米，那可以先假意责罚，然后说：“枪炮无眼，也怪不得某某将军。本来该官升五级，赏钱十万，但功罪相抵便只能官升三级，赏钱万贯……”这个道理成年人应该都懂。
建文三年（1401）春，两军再次对垒，本来朝廷军占据上风，阵斩燕军大将谭渊。然而，奇事又发生了——战场上又刮起了强劲的东北风。尽管这次没有吹折盛庸的帅旗，但燕军顺风鼓噪，大胜一阵，盛庸败走德州。吴杰、平安率军来援，朱棣在藁城（石家庄以东）迎战。那这一次他又靠什么以弱敌强呢？奇事又发生了，东北风又起，燕军又顺风鼓噪，吴杰、平安又败走真定。咦！我怎么一口气说了这么多“又”？
朱棣老是靠突如其来的大风取胜，不过这也不是个办法，双方一旦陷入僵持，每多拖一天对造反一方都多增一分危险，再这样拖下去就算风之子最终也无法破解困局。
五、孤注一掷
建文三年（1401），靖难之役已经拖了三年了，朱棣快扛不住了。尤其是他的小舅子徐辉祖，总是在正确的时间、正确的地点戳穿他的花招。不过另一位小舅子徐增寿（徐达次子）和他大哥风格就完全不同，他坚定地站在姐夫一边，一直偷偷给燕军递送情报。更由于实力明显占优的朝廷军三年都没捏死朱棣，信心指数开始下滑，很多遭到贬黜的官员尤其是宫中宦官也都偷偷给燕军递送情报。
经过大量情报分析，朱棣和僧道衍得出结论：现在朝廷军主力集中在前线，南京空虚。如果始终跟前线主力耗下去，先耗死的只能是自己，绕开这些主力，直扑南京，或有一线生机。
建文三年（1401）十一月，朱棣发文祭奠阵亡的两军将士，称自己被迫起兵三年，常亲冒矢石，打赢不少仗。但每攻克一地，燕军一走又被朝廷军占领，最后他也只占有北平、保定、永平三府而已。最后，朱棣说：“年年这么打，什么时候能平定？我直接冲到长江边去决一死战，不复返顾！”
十二月，燕军开拔。但就算长驱直入，朱棣也丝毫没有放松后路。千万别以为他是不顾一切地向前猛冲，他始终是在保障后勤供给和撤退通道的基础上保持合理的作战半径。铁铉部下一位姓宋的参军曾提议袭击北平，但朱棣在北平留的防守应该不弱，铁铉分疲兵袭击燕军总基地也没多大意义。铁铉、盛庸、徐辉祖、平安在前路拼命地围追堵截，倒也不止一次让朱棣陷入险境，史载平安的长槊几次差点击中朱棣。有一次朱棣又陷入重围，眼看已经绝望，一位汉名王骐的番族骑士匹马入阵，把朱棣夹在腋下，逃离陷阱。这可是在火器时代单手夹一个精壮的成年男子，比赵云怀里揣一个婴儿难度大多了。这位番骑估计也出自朵颜三卫，朱棣这笔投资简直不亏。
朱棣总是有惊无险地向南推进，而铁铉他们就越来越慌，除了徐辉祖一直冷静迎敌外，其余人都像疯了一样追着燕军猛打。那你们就上当了，朱棣头疼的就是这些人站好防守位，无破绽可寻，现在他们率军冲出，高速运动中破绽就多了。些许破绽又岂能瞒过战神之眼，朱棣精准地找到破绽，将他们一一击败。灵璧（今安徽东北部）一战，朱棣亲率主力吸引朝廷军推进，朱高煦率伏兵大破之，陈晖、平安等老对手均被生擒。
建文四年（1402）五月，燕军打到扬州，过了长江就是南京。这时建文帝慌了，派宗室中为数不多比朱棣年长的庆成郡主去燕军中求和，甚至提出可以割地。朱棣没有允和，不久，江防都督佥事陈瑄率水军来降燕，朱棣拿下长江。建文帝又连续派出诸王求和，现在南京城里的诸王是些什么人？不就是被他削藩之后逮到南京控制起来那些人吗？没准儿还有周王朱橚，允炆小子已是病急乱投医了。
朱棣当然一概不理。建文四年（1402）六月三日，朱棣祭江出征。很快镇江守将投降，只有铁铉率军力敌，但战败被擒。十三日，燕军抵达南京城下。现在攻城？不必了，驻守金川门的十九皇叔谷王朱橞和被怀疑是卧底的大草包李景隆打开城门，迎燕军入城。朱棣果断放弃在北方和朝廷军周旋，孤注一掷直扑南京，奇迹般的获得了靖难之役的胜利。
总结这场浩大的战役，主要有两点：
第一，朱棣以明显弱势的藩王击败了强势的朝廷，显示了极高的军事政治才华。有人说什么明太祖杀光开国功臣、朱棣运气太好、敢于冒险之类，其实都是在抹杀他的才华。这一连串其实早已不能用好运气来解释，这些连续发生的偶然已经构成了必然，是指挥官在充分研究客观条件的基础上作出的相对最佳方案选择，得出相对最优的资源配置方式，以相对最大的概率捕捉一切可能出现的机会，而绝非头脑发热的冒险。这其实是现代军事科学中的线性运筹思想，明太宗正是将军事科学从中古世纪带入近现代的代表性人物。所以，铁铉、盛庸都绝非庸才，只是遇到朱棣，确实叫生不逢时。
第二，这不是一场正义的战争，而是一场宗室内部的权力争夺战。唐太宗玄武门之变已经足够血腥，但毕竟没有影响到百姓。明太宗靖难之役却将全天下拖入浩大战争中，致使生灵涂炭，性质恶劣得多。而战后明太宗对战败者的处理也颇失风度。
成王不等于败寇
成王败寇，是许多历史实用主义者挂在嘴边的一句话。但这种说法并不对，千秋功罪自有公论。
燕军围攻南京时，建文帝急得像热锅上的蚂蚁，但齐泰这帮书生又拿不出半点办法。城内还有不少人在给朱棣递送情报，建文帝急得大吼：“朱老四！我砍你个舅子！”于是就真把徐增寿给砍了。但这已经不能挽回败局，燕军入城时，建文帝和皇后自焚身亡。有人说建文帝其实没死，而是逃了出去，甚至编了不少明太宗四海寻找他的传说逸闻。但很显然，朱棣攻入南京，死个舅子都要抓住的就是建文帝，怎么可能真的死了个舅子，齐泰、黄子澄、方孝孺一个都没跑掉，唯独让老大漏网？关键是当时天下愿意听命于建文帝的地方官还很多，他一旦能逃脱，马上就应该在某地重新�