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进城后，朱棣出榜安民，祭高皇帝陵，准备登基，准备工作主要就是处理建文旧臣。前面已讲，隋唐五代就已进入职业公务员时代，朱家两叔侄抢天下，大家只不过拿了工资各为其主。现在叔叔抢赢了，那么两拨人的工资就都该你一个人开了。盛庸、平安这些人几天前还拼着命想把燕逆弄死，但下个月太宗还得往他们账上打钱。尤其是李景隆，堪称靖难第一功臣，后来确实混成了首相。地方官更绝少反对新皇帝，反正他们只听朝廷的命令，至于朝廷是谁在操控，那就不该他们操心了。
当然，也有极小一撮建文帝的心腹。朱棣宣布了齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余“奸党”，这些人大多已自杀殉君，其余也多被诛族。例外的是让朱棣吃尽苦头的徐辉祖，他没有喜迎姐夫进城，而是跑到徐达的祠堂。姐夫很生气，派人把他抓起来，他写了一份供词，说明其父的功勋以及明太祖所赐免死铁券。朱棣气得哇哇大叫，但也不能违背免死铁券，最后削除他魏国公爵位，软禁至死。当然，也有一些阴谋论者认为徐家两兄弟是在两边下注。后来徐辉祖、徐增寿两支后裔均世袭公爵，成为明朝最显赫的一个世家。
进城前，僧道衍曾向朱棣提出，建文帝的心腹都得杀，但不能杀方孝孺，否则“天下读书种子绝矣”。方孝孺是当时最负盛名的儒士，朝廷讨燕的诏檄均出自他的手笔。僧道衍不杀他，既是为了保留读书种子，更重要的是想让他草拟即位诏书，带头示范，让原本反对朱棣的士人归心。
朱棣召来方孝孺，据说人还没到，悲恸之声已充塞殿陛。朱棣等他哭够了，亲自下阶说：“先生不要自苦，我只不过是想效法周公辅成王罢了。”这人也不知是文化太低还是脸皮太厚，居然把铁铉教训他的材料拿来当说辞。
方孝孺说：“那成王何在？”
朱棣说：“他自焚死了。”
方孝孺又说：“那为何不立成王之子？”
朱棣连忙摆手：“国赖长君，他才几岁，怎么行！”
方孝孺又说：“那为何不立成王的弟弟？”
方孝孺虽学富五车，但辩论水平也不怎么高，说到这里其实已经说错了——既然可以立建文帝的弟弟，那又为何不能立朱标的弟弟？如果朱棣这样接过来，方孝孺就吃瘪了。可惜朱棣的辩论水平更差，气急败坏地说：“这是我家事，不要你管！”朱棣把纸笔塞给方孝孺：“诏天下，非先生不可！”方孝孺投笔于地，哭骂道：“死即死耳，诏不可草！”朱棣终于忍不住了，下令磔杀方孝孺。方孝孺慷慨就义，留《绝命赋》一首：
天降乱离兮，孰知其由；三纲易位兮，四维不修；骨肉相残兮，至亲为仇；奸臣得计兮，谋国用犹；忠臣发愤兮，血泪交流；以此殉君兮，抑又何求？呜呼哀哉兮，庶不我尤！
方孝孺一介书生，不畏强权，坚持忠诚与正义，广受后世赞扬。明太宗恨死了他，甚至死后还禁传他的文章，但明太宗驾崩当年，明仁宗（朱高炽，年号洪熙）继位，尚未改元，便立即做了一件忤逆先皇的大事：为方孝孺昭雪，不但允许他的文集出版，还释放了许多被流放的方孝孺亲属。百余年后，明神宗（朱翊钧，年号万历）在南京为建文忠臣立表忠祠，以徐辉祖居首，方孝孺次之。
明太宗登基后又把铁铉抓来，铁铉不愿北面见他（以臣见君），于是背对着他，坐在廷中谩骂燕逆。燕逆很生气，要他转过身来，但铁铉就是不给他这点基本的尊重。最后，明太宗将其磔杀，年仅三十六岁。明代中叶济南府便在济南立七忠祠，纪念铁铉等七位反抗朱棣的忠臣。故乡邓州（今属河南）更为铁铉和唐朝在安史之乱中英勇献身的另一位邓州忠臣张巡（也可能是河东人）合立双忠祠。清代更在大明湖畔建立著名的铁公祠，成为济南一景。
尽管职业公务员不干涉皇室私事，但皇室无私事，篡位甚至打仗早已上升到公共利益层面。公务员有义务维持正当的公共秩序，忠孝观念便是维系社会正常运转的基础。尽管盛庸、平安在力战后降燕无可厚非，但徐辉祖、方孝孺、铁铉为现任皇帝尽忠更值得赞颂。不要说什么愚忠于封建君主之类的话，他们跟年轻的建文帝并无私交，也不是他的私有附庸，只是因为建文帝已经当上皇帝，那么作为大臣就有义务维护这种既有的体系而不是任由野心家挑起战争。皇帝是公共秩序的总代表，忠孝观念要求国家公务员竭忠尽死，维护在位皇帝，绝非维护他个人，而是维护关系天下苍生的公共秩序。徐辉祖、方孝孺虽是败者，但毫无疑问他们并不成寇，而是连明太宗嫡传子孙也承认的王道，胜者明太宗反而扮演了不甚光彩的角色。
以上几段采自《明史》，塑造了方孝孺、铁铉这样光辉正义的儒士形象，但按某些资料以及现代主流说法，这几段都还光辉得不够。
先说铁铉，更著名的说法是明太宗将他鼻子、耳朵割下来塞进他嘴里，还问他好不好吃。铁铉怒目道：“忠臣孝子之肉，怎么不好吃！”明太宗又说你活着不拜我，我把你用油锅炸了你也得拜我。但燕军炸死铁铉后发现其骨架仍然背对着太宗，他们想把骨架翻过来，油锅竟然爆炸了！明太宗仍不得铁铉的骨架一拜！
再说方孝孺，据清人赵翼的《廿二史札记》，朱棣强塞纸笔给方孝孺拟诏，方孝孺写了几个字（据析是“燕贼篡逆”），投笔于地。朱棣气急败坏，怒吼道：“你就不怕诛九族！”方孝孺瞪眼道：“便诛我十族又如何？”这本是一句顶牛的话，凶残的朱棣却接过来：“那我便诛你十族！”于是在传统的九族上再加了一族——学生，将方孝孺的十族抓来，一个个在他面前斩首。但方孝孺不为所动，最终自己也慷慨就义。
加上这几段描写，忠臣孝子的浩然正气更加充塞天地，尤其是诛十族这种前无古人后无来者的骇人概念也足以让见者心惊，闻者胆寒，不少通俗历史著作乃至论文都采用了这些说法。然而，这些说法又是否可信呢？很遗憾，后面这两段尽管耳熟能详，但正史确无记载。而且铁铉之事虽然有点夸张，但无伤大雅，方孝孺的问题还有点严重。
《明史》《廿二史札记》都是三百年后清人所编，那当时的原始记录呢？这就要看实录，然而《明太宗实录》的记载却着实让人吃惊不小！该记载称方孝孺被抓到朱棣面前，朱棣指着还在冒烟的地方说：“这（建文帝自焚）都是你们这些人造成的，你罪不可逃！”方孝孺“叩头祈哀”。朱棣说：“我不会让你马上死。”等抓齐了齐泰、黄子澄等“奸恶”，一起历数他们的罪状，一帮软蛋全部认罪伏法，屁都没敢放一个。
说实话，这又差得离谱了点！方孝孺在当时文名冠绝天下，绝非捏造，而如果他真是个摇尾乞怜的猥货，那明仁宗是没有兴趣冒着忤逆先皇的质疑给他平反的，明神宗更不会把他列为表忠祠第二号人物。估计史官在修《明太宗实录》时听信了明太宗的一面之词，很久以后各种真实的声音才渐渐为人所知。
而诛十族就更不靠谱了。方孝孺就义后，正是他的学生廖镛收葬了他的骸骨。而明仁宗解禁方孝孺文章后，也是他的学生王稌潜出版了《侯城集》。至于他的亲属，史载明仁宗、明神宗免除了上千名方氏后人流刑，其中包括他的亲堂弟方孝复。不是说诛十族了吗？这些人怎么活下了？那赵翼又是根据什么资料写出诛十族这么骇人听闻的补充并广为流传的呢？很可能是方孝孺家乡的《宁海县志》。该书成于明末崇祯年间，时隔二百余年，可信度也不能算高。正史记载方孝孺就义时，有不少学生自愿殉死。注意是殉死，不是被诛。可能这就给了某些人一点灵感，编出诛十族这么耸动的传闻。《宁海县志》还绘声绘色地描写了朱棣的怒吼：“汝焉能遽死（你休想死得痛快），朕当灭汝十族！”却忘了当时朱棣还没有登基，岂有自称朕的道理。
这些说法相差的如此极端，其实不过真正的问题并不在于方孝孺，还是在明太宗。清朝对明朝敌意很重，清人所修史书、散布野史无不极尽污蔑中伤明朝之能事。诛十族绝非为了抬高方孝孺，而是为了塑造一个凶残嗜杀、不尊重文士的明太宗形象。再加上前面塑造的同样“凶残嗜杀”“不尊重文士”的明太祖形象，让人觉得明朝就是一个凶残暴戾的黑暗王朝。清人编《明史》编到后来编得高兴，甚至连什么张献忠屠杀六亿四川人都编得出来，您能信吗？
关于明太宗杀方孝孺一案，应该这样说：方孝孺确是读书人的种子，他的忠孝精神感动世人，这个光辉形象不容抹杀。明太宗虽然篡逆并杀忠臣，应遭谴责，但也不能捏造诛十族这种屎盆子扣在他头上。历史，应有公论。
明太宗篡位后还有很多行径也暴露了他内心的阴暗和虚弱。建文四年（1402），明太宗登基，改为永乐元年。但他拒不承认建文帝当过皇帝这个事实，将官方资料中的建文元年（1399）至建文四年（1402）改为洪武三十二年（1399）至洪武三十五年（1402），将明兴宗（朱标）陵移出宗庙，改称懿文皇太子。建文帝明明当了四年皇帝，却没有得到正当的庙谥，甚至没有得到安葬（烧成灰飞掉了）。明朝中后期多次廷议为他追赠庙号，但均未获通过。直到南明才追赠为惠宗让皇帝。明太宗罚“建文奸党”的亲属世代为奴，宋明的社会阶级并不固化，奴婢身份本不能世袭，但明太宗严令对这些家族严格执行，严禁脱离贱籍，他们的�