事将成一个什么样子，真可以使你想起来发抖！’文例又引《自由中国》第二十卷第二期读者投书《革命军人为何要以‘狗’自居？》等文，认为《自由中国》用意在煽动军人情绪，为其企图颠覆政府重要对象之一。
（4）为共匪作统战宣传。引用《自由中国》第十九卷第八期社论《认清当前局势展开新运动》，内有：‘于是乎台湾一天一天地走向孤立的道路。这种统治的结果，使整个政治机能愈来愈僵固，政治的格局愈来愈狭小’，又有：‘我们兹举几项最需要办的事项如下：取消一党专政；取消党化军队，取消消费青年生命，制造个人势力的青年反共救国团；取消党化教育。’文件作者认为这些文字均证该志煽动海内外人民，颠覆政府，另组政府或投向其他政权之阴谋。
（5）挑拨本省人与大陆来台同胞间感情。引用《自由中国》第二十二卷
第二期社论《台湾人与大陆人》，内有‘司法成了政治及至政党的工具’。除司法以外，警察与税吏是各行各业的人经常接触的，他们当中的横行霸道，更为一般人民所最感头痛，无怪乎这三部门在省议的质询中称之为‘台湾三害’。‘可是在若干台湾人的心目中，统治台湾的是大陆人’。
又引用《自由中国》第十九卷第七期社论《台湾人对陈内阁的期望》，内有：‘在中央各院部会中竟没有一个台湾人，这是不是能够使台湾人相信我们已经恢复了国家主人翁的地位呢？’文件作者认为这是该刊挑拨台湾人不应受大陆人的统治。
（6）鼓励人民反抗政府流血革命。引用《自由中国》第二十二卷第十期社论《反共不是黑暗统治的护符》，内有：‘自古至今，统治者太专横、太霸道、太自私，以至叫人忍无可忍的时候，大家就要冒着生命的危险来反抗的。’”
又引用同期另一篇社论：“《我们为什么迫切需要一个强有力的反对党》内有：‘国民党如果执迷不悟、自私自利，那么只有等待再革命吧！再流血吧！’文件作者认为自南韩与土耳其政变后，《自由中国》一再为文鼓动人民效法韩土政变，掀起流血革命，以图颠覆政府。”
可见台湾当局在下令拘捕雷震之前，早做好一切周详的作业。简言之，发动舆论，使用特务手段，发挥军法制裁的力量，而且不达目的誓不休。下狱国民党对雷震等人的逮捕行动，虽是以“知匪不报”与“为匪宣传”为罪名，但海内外人士都很清楚，雷震等人被捕跟《自由中国》的言论与筹组新党有关。这是一项赤裸裸的政治迫害，胡适曾表示为了此案，而在海外抬不起头来，而一向亲国民党的美国《时代周刊》发行人亨利·鲁斯也忍不住指责蒋介石：“我虽是中华民国的好朋友，但我是杂志的发行人、编辑人，我是一个报人，不能不替报人说话，不能不为言论自由来说话。这是报人的责任，我不能不负起我的责任，否则我就失职了。蒋总统用军法来逮捕《自由中国》半月刊发行人雷震一事，就是打击言论自由，无视新闻自由，实在大不应该了，把自己号称为自由的中国毁掉了。”
在雷震被捕之后，《时代周刊》曾一连登过三篇文章，并刊出雷震照片，其中有一个标题为《如何制造烈士》，讽刺国民党当局。
美国圣路易城的《邮讯报》发表社论说：“叛乱的定义是‘意图叛乱却因缺乏公开的行动而无法达到之行为’。
显然的，在中华民国反对蒋总统就是叛乱。雷先生的《自由中国》杂志，据说曾刊载过那些讨厌的看法。例如，蒋总统的政府太弱，无法光复大陆；党化蒋总统的军队；美国应该监督其对台湾美援的处置，以保障人权。这些意见听来都不像叛乱，美国政治人物在总统竞选中要说比这些更坏得多的事物。”
美国参院外交委员会主席傅尔布莱德，气愤不已也公开评蒋，他说：“也许他（雷震）是一个恶棍，但看样子，却像是清算反对党。”
9月13日，蒋介石亲自出马，向访台的美国西海岸记者访问团解释捕雷的原因，“系该刊所登的文章，对‘共匪’有利”。他相信“已有匪谍在该刊幕后作活动”等等，最后，蒋介石故意卖关子：“我不愿作进一步的评论，因为这件案子尚在侦查中。”
台湾当局一口咬定，雷案是法律事件，它的用心是在逃避世人指责。青年党籍的监察委员陈翰珍，即持此说：“雷案根本不是法律问题，完全是因雷震组织中国民主党的政治问题。”
法律问题也好，政治问题也好，蒋已一意孤行，只好蛮干到底。
台湾的军事法庭，发挥高度的工作效率，于27日公布起诉书，起诉内容一无新颖之处，主要说刘子英策反雷震，为匪宣传，雷知情不报。
起诉书发表的前三天，《自由中国》的编委及主要撰稿人殷海光、夏道平和宋文明三人，共同发表声明，表示愿对该刊的文章自负文责，但当局的对象是雷震，故未予理会。
两星期后（10月8日），军法处走完过场，便匆匆结案，以“煽动叛乱罪”判雷震有期徒刑十年，剥夺公权七年；刘子英陪葬，有期徒刑十二年，剥夺公权八年；马之骕有期徒刑五年；傅正因撰文“攻讦政府，论调激烈”，交感化教育三年。
雷震下狱，海外舆论再次大哗。加州大学教授斯卡拉宾诺，发表在《纽约时报》的文章说：“。。雷震的罪名，经失败主义直到颠覆政府，但是他的真正罪名，非常简单，他打算领导一个对抗国民党的真正反对党。
。。最近盛传。。蒋经国正在握权。统治秘密警察的蒋经国，不是美国的朋友，在台湾住的人，最怕的就是他。
国民党有理由畏惧像中国民主党有生气的新党派，此点毫不足异，甚至拥护国民党的人士如胡适，及第三势力如张君劢，目前也很恐惧，或在私下批评。自由中国在哪里呢？”
詹姆斯·H·泰勒牧师这样反问着：“起诉书中‘该刘子英图报犹恐不及，断无任意攀诬（雷震）之理。’这说法是错误的。随便看一看历史上记载的就非常多，有的人们甚至捏词出卖朋友。基于这段错误的说法，雷震被假定‘明知刘子英系匪帮派来使其自己为共党工作的匪谍’。我并不是说雷震并不知道此事，我也不是说他已经知道此事。我只要问，刘子英说他告诉雷震说他是被共产党派来工作的说法（雷震对此点已予否认），是否就足以构成他确已知道的事实呢？”
美国舆论的抨击，是站在美国利益的立场评雷论蒋，国民党所受到的羞辱，不下于吴国桢事件。香港报纸，以纯自己人的身分同样冷峻责骂。《星岛日报》刊登的一篇文章说：“天祸中国！六十年风水‘返转头’，庚子年来了，又要像六十年前一样，祸乱迭见。当年是清朝的末代，措施每多倒逆，戊戌政变，捕杀六君子等，都是末代王朝的衰象。现在正要号召‘中兴’，岂可重蹈六十年前的覆辙？但是，不祥的事，接二连三地来，拘捕政治活动者，闭塞言论，一如当年，怎不叫人不寒而栗？‘中兴’之象未见，反而出现末代衰风，拘捕政治活动者，拘捕出版人，大兴文字狱；可怖之事，孰过于此？庚子是一个可怖的岁序，过了不祥之年，应化戾气为祥知，否则徒嗟年头不对，于大局何补？”香港《工商日报》转载《德臣西报》的一篇社论：“全球人士都想知道雷震将来的命运。现在事情似乎明显得很：蒋氏统治台湾一天，可以预料得到的，不幸的雷震，将会像一个反蒋人物张学良一样，不能希望可以获得宽大待遇，张学良遭非正式的监禁，几乎已有二十五年，国民党如容许这些措置，应该抹去自己的愚拙饰词，不要把所据的中国小块土地冠以‘自由’两字了。”
1960年10月8日，“雷案”初审结束后，台湾“监察院司法委员会”
成立了以委员陶百川、刘永济、金越光、黄宝贯、陈庆华5人组成的“监察院雷震调查小组”，以免外界谓当局有“干涉司法审判”之嫌。但该调查小组向主管单位提出“面晤4位被告，即雷震、刘子英、马之骕和傅正作当面查询之要求”时，却遭到拒绝，原因是“没有蒋总统之指示，他们不敢做主”。雷震发监执行，胡适等四十人曾联名请求“特赦”，蒋介石演双簧，交“国防部”签注。“签注”的结果，不问可知。雷震被捕后，《自由中国》也被迫停刊。
狱中生活从1960年9月4日起，到1970年9月4日止，雷震在新店军人监狱，整整坐了10年牢，一天也不少。
10年的狱中生活，无疑是雷震83年生命中最暗淡的岁月。通常他以写日记、打苍蝇、抓臭虫等活动消磨时光。不过这10年的日记，也如同日记的主人一样，十分不幸。1970年7月23日，雷震应该恢复自由前，台湾“国防部”军人监狱的监狱官，居然滥用权力，连同雷在狱中三易其稿才撰成的回忆录，一并抢夺上交。结果，日记的主人虽然走出了监狱，日记却继续坐牢。直到1988年4月由傅正和雷震夫人宋英发动平反“雷震案”以后，经一再追索下，才答应归还了日记。军监居然公然宣称，回忆录已烧毁。而这10年的日记，又拖到1989年1月27日才勉强发下。但军监又另耍手法，只发下1961到1970年的10本日记，而将入狱初的日记扣留。
雷震的狱中日记，较详细地记录了他的狱中生活。下面摘录其中数则：1961年2月26日星期日今天天晴太阳不好，晨6时35分起床作散步与运动。
近日来写得太累，晚上睡得不好，今天勉强写，仍写了2500字，今日头昏得利害，惟耳鸣较好。。。今天开始打苍蝇消磨时间，4时开始打了42个，华先生在隔壁则打了900个。
1961年3月15日星期三今天天气较好，但是太阳不佳，晨起（6时20分）作散步与运动。时时出外打苍蝇，以代替活动。晚间散步3次，共50个来回，又走了几身汗，惟晚间�