工系统完全是独树一帜，根本就不容许戴笠的军统局插手和顾问。这自然使戴笠有了怨气，但又无可奈何。这并不是戴笠没有办法对付，而是此时政治上极度敏感的戴笠已看出，陈诚是最有希望在蒋介石之后取而代之的。所以，戴笠不愿在这件事上与陈诚公开闹僵。这从表面上看戴笠是在为自己的后路在考虑，其实他是为自己在政治上的发展窥测方向，因为在许多时候他也想作蒋介石身后的第一人。为此，戴笠觉得陈诚显然对他的政治前途是最不利的，是他政治上的最大阻力和障碍。对这，陈诚也已感觉到，但他仍然没有把戴笠放在眼里。可戴笠是有耐心的，综合多方面的情况看他知道自己不是陈诚的对手，因而他从不与陈诚作正面交锋。戴笠采取的是以静制动的手法，像头有经验的老狼在暗处等待着捕获猎物的时机。
戴笠的策略是成功的，终于在一九四三年的冬天等到了一个几乎可以置陈诚于死地的机会。
这事起缘于抗日战争的初期。
一九三九年十月，陈诚由第九战区司令长官改任第六战区司令长官。第六战区长官部设在湖北鄂西重镇恩施，任务是防止日军在占领武汉三镇以后进一步向湘西和川东逼近，因而陈诚有保卫刚迁到重庆的国民政府的重任。此时，由于抗战的形势非常严峻，国民党上层人物中的悲观情绪十分严重。特别是汪精卫、陈公博、周佛海等亲日分子的公然投敌，更使国民党内的许多人对抗日战争的最后结果失去了信心。出于对抗战前途的忧虑，第六战区司令长官部的一批青年军官认为，中国所以在抗日战事中一败再败，主要是国民党上层统治集团中有一批贪官污吏、昏庸官僚和亲日降日的军政大员把蒋介石给包围了，使蒋介石的英明主张不能贯彻始终。他们觉得，倘若要使中国有救，必须进行一次军事行动，把蒋介石身边的那些昏庸腐朽的人物清除出去，让真正抗日爱国和廉洁踏实肯干的精英人材进入高层，辅佐蒋介石领导抗战和治理国家。这批青年军官，把陈诚作为理想的辅佐蒋介石的优秀人材，并且把这次军事行动称为“清君侧”计划。不过，这些青年军官深知自己的力量有限，还不足以成大事。于是，他们一方面利用部分青年军官进入陆军大学深造的机会，进一步在陆军大学中寻找知音以扩大自己的力量。此外，他们积极与帮助中国军队训练的美国军官进行联系，以求得到国际力量的支持。
不过，这“清君侧计划”很快被军统局侦获，并将有关材料送到了戴笠的手上。无疑这是份非常重要的情报，就是撇开戴笠与陈诚之间私人恩怨不说，这份“清君侧计划”也是起非常重大的案件。但是，戴笠并没有马上组织人员进行追查，而是经过缜密的考虑后决定暂不打草惊蛇，只是由军统局的特检处加强了对第六战区长官部以及在陆军大学深造的那批青年军官的监视，以便获取更多的证据。虽然，军统局里清楚戴笠与陈诚之间恩怨的人再三催促戴笠及早下手，但戴笠认为时机还没有成熟：其一，军统局对这批人的军事行动计划没有完整掌握，难以对其性质作出正确的判断；其二，参与“清君侧计划”的中坚分子只是些参谋幕僚人员，并不是具体带兵的军官，而且主要矛头又不是指向蒋介石；其三，尚不清楚陈诚是否牵连在内，在没有抓住陈诚的把柄之前出击，反而会给陈诚以脱身之机最终功亏一篑。尽管军统局的监视活动一刻也没有停，并且“清君侧计划”的密谋活动仍在紧张的策划之中，但由于这些年青军官组织工作做得相当的严密，在相当长的一段时间里军统局没有搞到更多的情报和证据。然而戴笠也不急躁，他知道对这起案件是必须要有耐心和时间的。
果然，戴笠的耐心，最终让他等来了时机。
一九四三年二月，蒋介石命令成立“中国远征军司令长官部”，由陈诚出任中国远征军司令长官。陈诚出任后，从第六战区司令长官部带了一大批人员到云南楚雄组建中国远征军司令长官部。这样，原来一些策划“清君侧计划”的青年军官渗透进了中国远征军司令长官部，而且在这里继续进行计划和组织实施行动。在不长的时间里，年青的军官们已经拟就了“清君侧计划”的组织章程和行动计划，并决定把行动时间定在一九四三十二月十二日，这天刚好是“西安事变”七周年的纪念日。就在这些青年军官紧锣密鼓地进行秘密筹划时，他们忽视了一个非常重要的问题。原先，第六战区司令长官部地处鄂西的偏僻之处，加上交通又相当的不便利，军统局的势力很难涉及到。但中国远征军司令长官部距昆明只有百来公里的地，而云南又是戴笠的军统局苦心经营多年的地方，不但人员集中而且势力也雄厚，况且军统局对策划“清君侧计划”的青年军官早就有监视，所以军统局云南站很快就把这些青年军官制定的组织章程、行动计划和时间搞到手了。而且，这次军统局云南站查清了“清君侧计划”制定者中有一位是陈诚的亲戚。这时，戴笠觉得打击陈诚的时机成熟了：一方面他当时与胡宗南和汤恩伯的联盟已经形成，自己的实力已大大增强；另一方面距离这批青年军人实施“清君侧计划”的时间越来越近，如果不在这之前先下手，说不定会遗患无穷。
于是，戴笠带着该案的全部材料，亲自向蒋介石面报。虽然，“清君侧计划”矛头不是直接指向蒋介石，但在他内心里“西安事变”的阴影仍旧难以挥去，特别是对陈诚的部下会有如此的举动感到吃惊。蒋介石很快批准了戴笠的行动计划，并亲自给陈诚下令立即将中国远征军司令长官部内所有参加“清君侧计划”的青年军官交给军统局审讯。与此同时，戴笠下令将第六战区司令长官部内和正在陆军大学学习的那些参与“清君侧计划”的青年军官进行逮捕。此次行动，所逮捕人员的总数达到六百多人，全被秘密囚禁在“中美特种技术合作所”的警卫大队内。戴笠对被逮捕的首要分子亲自进行审问，欲从他们的口供里证实陈诚支持了“清君侧计划”。但审来审去，就是审不出有这方面的事实。此时，蒋介石尽管宠爱陈诚，而且也相信陈诚不会介入“清君侧计划”，但他作为第六战区和中国远征军的司令长官应有不可推卸责任，加上国民党内部反对陈诚的军政大员不断向蒋介石施加压力，蒋介石不得不让陈诚以养病为名主动辞去了中国远征军司令长官的职务，以示对陈诚的惩戒。
不久，蒋介石下令对十六位为首参加“清君侧计划”的年青军官进行秘密处死。
可事情到此并没有结束，戴笠在审讯中尽管没有抓住陈诚的把柄，但通过审讯他掌握了“清君侧计划”得到了美国人的暗中支持。这支持者不是别人，就是蒋介石的对头史迪威。蒋介石从戴笠处得到报告后极为震怒，此时史迪威与蒋介石的矛盾本已十分激烈，现“清君侧计划”有了这么个背景，他蒋介石怎么能容忍得了？几天后，蒋介石要外交部正式通知美国政府，要罗斯福总统解除史迪威的职务并调回美国国内。后来，经过东南亚盟军司令蒙巴顿将军和美国空军补给司令萨摹维尔将军的出面斡旋，再加上与美国关系很深的宋家姐妹的劝说，蒋介石考虑到自己即将要参加开罗会议，终于在自己的官邸接受了史迪威的当面道歉。
但由此引起的风波并没有过去。
史迪威是因蒋介石的要求，而被美国罗斯福总统任命为中国战区参谋长的，后蒋介石让其全权指挥在缅甸的中国远征军。史迪威到任不久，就发现中国军队的指挥系统存在严重的问题。欧美国家的军队的军官对上级的命令绝对服从，不管是谁，只要有指挥权就能指挥调动军队。而在中国则不然，中国军队的上下级关系由个人恩惠来决定，军官只听从某个人的命令，其他人即使有指挥权，也指挥不动军队。虽然蒋介石明言在缅甸的中国远征军的指挥权归史迪威，但事实上在缅甸的中国远征军只听从蒋介石的命令，史迪威根本不能有效地指挥军队。后中国远征军与英印联军的联合作战被日本军队打败，英印联军很快退回了印度。此时，由于中国远征军退回中国的路已被日本军队切断，史迪威命令中国军队撤往印度。但蒋介石越权指挥，命令中国远征军撤回云南。因为命令上的不统一使中国远征军的军官们十分为难，结果有两个师听从了史迪威的命令撤往了印度，其他的则听从蒋介石的命令撤回了云南。在退回云南的途中，中国远征军迂回穿越人迹未至的原始森林，结果饥饿和疾病导致士兵大量死亡，十多万人的部队最后到云南后只有留下四万人了。
史迪威从印度回到重庆后，要求处分那些不听从他命令的中国将军。史迪威称他作为中国远征军的全权总指挥，部下不听他的命令理应受到惩罚，提出要枪毙四个不听命令的师长。但蒋介石采取了宁人息事的方法只作了个别人员的调动处理，史迪威对此非常不满，认为必须对中国军队进行结构上的改造。由于史迪威对蒋介石的部队无法插手，他提出在印度亲自训练一支十万人中国军队的计划。史迪威说：“如果给予正确的指导，中国军队不逊于任何国家的军队。”当时，在印度的中国军队约有一万多人，史迪威多次要求蒋介石向印度空运人员，把驻印度的中国军队补充到十万人。军队是蒋介石的命根，在军队的事务上他不可听从一个外国人的调遣，更不希望看见中国出现另一支他指挥不了而又非常强大的军队。所以，尽管史迪威再三催促，蒋介石为顾全美国人的面子只向印度空运了一万多人，使史迪威训练十万中国军队的计划胎死腹中。为此，史迪威与蒋介石的矛盾越来越表面化。史迪威多次向美国总统罗斯福写报告，说蒋介石是无能大小人，蒋介石