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这一次的政变，高拱底政权推翻了，居正底政权树立起来，一切只是人事的变动，不是政策的变动。高拱是一个强干的“政治家”，自兼吏部尚书，上午到内阁，下午到吏部，没有一件积案，这是他办事的能力。居正不兼部，但是对于内阁和六部底事情，没有一件不曾洞察，他底精明，正抵上高拱底强干。高拱对于同僚，不免高亢，居正稍为谦抑；高拱对于政敌，照例是不能容忍，有仇必报，居正稍知容忍，甚至量材录用。不过这个分别，只是一个大概。最初掌握政权的时候，居正还有一些笼络人才的意味，以后便日渐高亢，到了万历六年以后，简直和高拱一样。在这方面，他们中的区别，只是年龄的区别，等到居正过了五十以后，他底行为，便和高拱没有分别。在应付官庭和内监方面，居正比高拱高明多了，他知道敷衍和迁就，他知道走曲线，然而他永远认清政治目标，宫庭和内监对于实际的政治，没有过问的余地。高拱提高内阁政权的目标，在居正手里完成，但是居正没有遇到高拱所遇的挫折。不过这是高拱失败以后，居正所得的教训：假使高拱有第三次入阁的机会，以他那样的能力，不是办不到的。简单一句，高拱和居正，只是同一范畴的人物，因为环境底不同，不免有少许的差异。不明白实际政治的人，也许因为他们不能合作，发生诧异，其实整个的政权不能容许两个“政治家”共同掌握，正和整个的家庭不能容许两个主妇共同主持一样。
六月十六日过去了，十九日神宗召见居正。这时是辰刻，比平常的早朝，稍微迟一点。神宗吩咐居正跪到宝座面前，他说：
先生为父皇陵寝，辛苦受热，国家事重，只在内阁调理，不必给假。
居正叩头，承认在阁调理，神宗又说：＇手 机 电 子 书 w w w 。 5 1 7 z 。 c o m＇
凡事要先生尽心辅佐。
在神宗提起穆宗对于居正的言论，称为忠臣之后，居正感激涕零，不能仰视，俯伏奏称：
臣叨受先帝厚恩，亲承顾命，敢不竭才尽忠，以图报称。方今国家要务，惟在遵守祖宗旧制，不必纷纷更改。至于讲学亲贤，爱民节用，又君道所当先者，伏望圣明留意。
“先生说的是，”神宗说。
“今天气盛暑，望皇上在宫中，慎起居，节饮食，以保养圣躬，茂膺万福，”居正说。
“知道了。”神宗又说，“与先生酒饭吃。”（奏疏二《谢召见疏》，对话用原文。）
居正在召见以后，有《谢召见疏》，历称：“臣之区区，但当矢坚素履，罄竭猷为，为祖宗谨守成宪，不敢以臆见纷更；为国家爱养人才，不敢以私意用舍：此臣忠皇上之职分也。仍望皇上，思祖宗缔造之艰，念皇考顾遗之重，继今益讲学勤政，亲贤远奸，使宫府一体，上下一心，以成雍熙悠久之治，臣愚幸甚，天下幸甚。”
这一次的召见，是居正为首辅以后，第一次的召见。他发表大政方针，只说“遵守成宪”。这是居正和王安石不同的地方。宋神宗的时候，安石充满了一头脑的理想，他要改革，要创制；但是明神宗的时候，居正只是充满了一头脑的“成宪”，他只要循名，要核实。安石是理想的政治家，而居正是现实的政治家。居正所称的祖宗旧制，便是太祖底旧制，一年以前，他为会试主考的时候，曾经说过：
夫高皇帝之始为法也，律令三易而后成，官制晚年而始定，一时名臣英佐，相与持筹而算之。其利害审矣！后虽有智巧，莫能逾之矣！且以高皇帝之圣哲，犹俯循庸众之所为，乃以今之庸众，而欲易圣哲之所建，岂不悖乎？车之不前也，马不力也，不策马而策车，何益？法之不行也，人不力也，不议人而议法，何益？下流壅则上溢，上源窒则下枯：决其壅，疏其窒，而法行矣。今之为法壅者，其病有四：愚请颂言而毋讳，可乎？夫天下之治，始乎严，常卒乎弛；而人之情，始乎奋，常卒乎怠。今固已怠矣，干蛊之道，如塞漏舟，而今且泄泄然，以为毋扰耳。一令下，曰：“何烦苛也？”一事兴，曰：“何操切也？”相与务为无所事事之老成，而崇尚夫坐啸画诺之惇大，以此求理，不亦难乎？此病在积习者一也。天下之势，上常重而下常轻，则运之为易。今法之所行，常在于卑寡，势之所阻，常在于众强。下挟其众而威乎上，上恐见议而畏乎下，陵替之风渐成，指臂之势难使。此病在纪纲者二也。夫“多指乱视，多言乱听”，言贵定也。今或一事未建，而论者盈庭，一利未兴，而议者踵至：是以任事者多却顾之虞，而善宦者工遁藏之术。此病在议论者三也。夫屡省考成也，所以兴事也，故采其名，必稽其实，作于始，必考其终，则人无隐衷而事可底绩。今一制之立，若曰“著为令矣”，曾不崇朝，而遽闻停罢。一令之施，若曰“布海内矣”，而畿辅之内，且格不行。利害不究其归，而赏罚莫必其后。此病在名实者四也。四者之弊，熟于人之耳目，而入于人之心志，非一日矣。今不祛四者之弊以决其壅，疏其窒，而欲法之行，虽日更制而月易令，何益乎？（文集三《辛未会试程策》二）
以上所说的是制度方面。在人才方面，居正说过，“为国家爱养人才，不敢以私意用舍。”这一点见出居正底精明。高拱掌握政权的时候，异己的人一概排斥，这是高拱底偏私，以后高拱得到揽权擅政的恶名，未始不由于此。居正从这方面，得到教训，决不重蹈复辙，这是一。其次高拱是一个干练的吏部尚书，他所提拔的人，没有不是当时的人才。隆庆三年的冬天，内阁决定进攻广西古田“叛”僮的时候，高拱用殷正茂为广西巡抚。正茂有才，但是贪污是免不了的。高拱说：“给他一百万，正茂也许吞没一半，但是只有正茂会把事情办好。”后来正茂果然“平定”古田。隆庆五年辽东巡抚李秋去职，高拱主张任用张学颜。旁人不以为然，高拱说：“张学颜底才具，大家没有知道，遇到盘根，自然会认识利器。”正在说着，吏部侍郎魏学曾来了，高拱向他要辽东巡抚。学曾思索很久以后，答复道：“张学颜去得。”高拱得到这个印证，随即提出学颜，后来在辽东也有极好的成绩。高拱赏识的人才，不用，那才胡涂，这不是居正做的。居正曾经说过：
孤虽不肖，其于人之贤否，略窥一斑，内不敢任爱憎之私，外不轻信毁誉之说。自当事以来，鉴前人之失，首陈皇极之论，以开悟上心，消弥偏党。（书牍十一《答南列卿陈我度》）
最有兴趣的是张佳胤。佳胤是当时有名的才子，也是有名的能臣。但是他和高拱关系太深，又因为在应天巡抚任内，办事棘手，他很有些消极，居正接连去过两次信：
自公在郎署时，仆已知公，频年引荐，实出鄙意。不知者，乃谓仆因前宰之推用为介，误矣。天下之贤，与天下用之，何必出于己？且仆于前宰（前宰指高拱）素厚，顷者不恤百口，为之昭雪，区区用舍之间，又何足为嫌哉？“蔡人即吾人”，况前宰非蔡人，而公又吾人也？何嫌何疑之有？愿努力勋名，以副素望。（书牍五《答总宪张崌崃言公用舍》）
惟公俊才厚蓄，又富于春秋，不以此时取旗常，勒钟鼎，乃顾恋庭闱，忘“在公”之义，非所望也。兹属休明之会，方将招遗佚于薖轴，宁肯纵鸾鹤于云林？大疏已属部复，而雅志必不得遂。愿勉奉简书，以徇国事。（同卷《答总宪张崌崃》）
但是居正对于高拱底爪牙，决然不能容忍。他和汪道昆说：“二、三子以言乱政，实朝廷纪纲所系，所谓‘芝兰当路，不得不锄’者，知我罪我，其在斯乎！”（同卷《答汪司马南溟》）
高拱去了，政治中枢当然重有一番布置。要求干练如高拱的吏部尚书，是不可能的，但是当时有一个最负重望的大臣，这是管兵部尚书事的杨博。杨博自嘉靖三十四年以来，三任兵部尚书，嘉靖四十五年，调任吏部尚书，隆庆五年复以吏部尚书起用，在资望方面没有比杨博再高的了。因此提出杨搏仍还吏部尚书。居正说过：
今上登极，首命公还秉铨衡，余受先帝遗托，方欲与公同心戮力，共佐休明。（文集五《襄毅杨公墓志铭》）
居正又说到杨博历佐三朝，以及自己和杨博始终相与的关系：
桓桓世庙，经武纬文，公媚天子，耆定策勋。穆穆庄皇，（穆宗）垂衣拱手，公佐太平，声色不有。迨于今皇，两作继明，询兹黄发，还公宰衡。我求一德，惟公是与，不吊昊天，夺我心侣。有谋孰谘，有难孰夷，山颓木坏，沧矣其悲。（同上）
杨搏调回吏部，遗下兵部尚书，照高拱定下的原则，应由总督继任。当时的口号是国防第一，北边第一。北边三位总督：前任蓟辽总督谭纶，现任宣大总督王崇古，和前任三边总督王之诰，都有重望。杨博和居正商定，起谭纶为兵部尚书。居正给崇古去信说：
昨本兵虚席，公论咸归公与西石，（王之浩）乃太宰（杨博）谓渠复铨之始，嫌于首用其亲，且贡市方殷，犹借重望以�