情况，这个世界不知要乱成什么样子。台湾人李敖所说的胡厚宣，在史语所自昆明龙头村即将迁往李庄的前夜，私自出走齐鲁大学，傅斯年在勃然大怒之后，向齐大领导者所发出“今后若在贵校任何刊物内，载有本所未经发表之任何材料，自应由贵校负责，本所当采取适当办法办理”的讨伐檄文，一并发函对胡厚宣给予敲山震虎的教训，的确是与郭沫若这件事有直接的关联。
对于这次“没齿难忘的失策”，傅斯年耿耿于怀，李济后来在重庆见到郭沫若时，也在非正式场合告诉对方“你这样做是不对的，不要拿别人当傻子”云云，但没有作进一步的讨伐。
尽管如此，傅斯年对郭沫若的甲骨文、金文研究成果，仍然给予了肯定。1947年中央研究院进行第一届院士选举，事前傅斯年和胡适提出的候选人名单，都有郭沫若的大名。当年10月，中央研究院召开评议会会议，讨论院士候选人名单，时傅斯年赴美就医，史语所由代理所长夏鼐出席，夏据理力争，最后以多数票通过郭沫若列入候选人名单。但是，当1948年3月中央研究院正式选出第一届院士和9月举行院士大会时，郭沫若已由国统区转移到香港，即将于中共阵营中发迹，自是不把这个院士称号放在眼里了，此为后话。
与李济大不相同的是，董作宾由于深受郭沫若“凿破鸿蒙”、“拍案叫绝”、“高谊”与“卓识”等吹捧的刺激，虽默认傅斯年“严禁资料外泄”的“家法”与“铁律”，但对郭沫若仍一往情深，久久难以忘怀。
抗日战争爆发后，国共两党的关系趋于缓和，郭沫若结束了流亡生活，抛别了日本老婆和孩子，只身一人自日本返国参加抗日宣传活动。1940年，出任重庆国民政府军事委员会政治部第三厅厅长。此时，已随史语所迁往南溪李庄的董作宾得知郭沫若在重庆任职的消息，主动去信与之联系，等待亲赴重庆拜访的机会。在苦苦等了近两年之后，机会终于来了。1942年5月，受傅斯年委托，董作宾赴重庆参加中央研究院院务会议，并一道办理史语所书刊印刷与合作社购物等事宜。适此机会，董作宾一到重庆，就迫不及待地来到了郭沫若在郊外的住所，开始了甲骨学“二堂”的历史性会晤。
据董氏后来对李庄的同事说，二人见面后，郭沫若欣喜异常，两人促膝畅谈，叙新话旧，交流学术，不亦乐乎。郭沫若除设宴款待外，还借着酒兴当场泼墨挥毫，赋诗相赠：
卜辞屡载征尸方，帝乙帝辛费考虑。
万千牛推索遍，独君功力迈观堂。
诗中的尸方是殷墟卜辞中记载的一个方国的名字，帝乙、帝辛则是晚商王朝的两位国王。此处郭沫若意在表达董作宾在甲骨文的考释和研究上，已远远超过了声名显赫的一代宗师王国维。如此一番吹捧，却令把酒临风、已有些醉意的董作宾觉得非常受用和舒服，禁不住头脑又晕眩恍惚起来，把郭沫若当做一世英豪与铁把子兄弟看待。待回到自己下塌的旅馆，董作宾借着酒劲，很快作成一篇《跋鼎堂赠绝句》一首，对郭氏给予了很高的评价，同时表示了自己将继续为甲骨学事业奋斗不息的决心，跋曰：
昔疑古玄同创为甲骨四堂之说，＇24＇立厂和之，有雪堂导夫先路，观堂继以考史，彦堂区其时代，鼎堂发其辞例之目，著在篇章，脍炙学人。今者，观堂墓木盈拱，雪堂老死伪满，惟彦堂与鼎堂，犹崛然并存于人世，以挣扎度此伟大之时代。
三十一年春，访沫若于渝，十年神交，握手言欢。彼方屏置古学，主盟文坛，从事抗战之役，余则抱残守缺，绝学自珍。一生事业，其将以枯龟朽骨之钻研而为余之止境乎？兴念及此，搁笔太息！＇25＇
此时的董作宾只顾得与郭沫若握手言欢，挥墨题跋与搁笔太息，竟把自己来重庆的职责和任务忘得一干二净。在李庄的傅斯年得知此情，大为光火，在给中央研究院总干事叶企孙的信中，满含怨气地说道：“彦堂此行，旨在可谓场闹之至。弟初以药未至，遂言不去，继得药至，颇有去意。如去，则印刷等事必得办妥当。旋思彦堂好朋友，而重庆未去过，故请他去，实在是有望助成其意之意。但绝未想到，彼到后只是演说，访友、寻友（例如郭沫若处，彼能去三次），而公事置之不问也。彼之行也，弟叮嘱周至，谓开会是具文，我们遇事不争，此行第一事是出版，其次为合作社物。彼来两次信，已谓行期在十五矣，而无一语提及出版之接洽……竟然将第一事忘了。17日始见到，在彼到渝将20日矣。大可不成话。”又说：“大约彦堂平日在所，办事用心，而一经见实，心中飘飘然，其办事乃不可恃矣。弟本为省事，请他去，反而多事。……烦极烦极！”＇26＇
这是傅斯年对董作宾不满的牢骚话，而沉浸在言欢晕眩中的董作宾尚未意识到，几年之后，他将被郭沫若这位“神交十年”的朋友斥指为“跑到台湾去准备殉葬”的“妄人”一个。尽管中国有文人相轻的传统，但郭、董的交恶，并不是一个“相轻”就可解释的。此为后话。
◎抗战八年第一书
董作宾自重庆回到李庄，被傅斯年训斥一番，自知理亏，不敢嘴硬，又开始蛰居李庄板栗坳几间房子里，在屈万里与自己指导的研究生李孝定，以及刚从李庄中学新招收的见习生刘渊临等人协助下，将所有的精力投入到《殷墟文字乙编》与《殷历谱》的编制之中。为全力支持这项工作，傅斯年特批，由战时首都重庆买来一盏煤油灯和一皮桶“洋油”，专供董作宾与助手开夜车使用，其他研究人员只能使用桐油灯，并规定不得到董氏处以各种理由“抹油”。因桐油灯烟大光暗，每到夏天很难适应，一到闷热难熬的晚上，许多人就跑到牌坊头借着董作宾工作室映出的光亮聊天，而董作宾伏案与弯腰弓背翻检找寻材料的身影，连同额头上不时滚动着的汗珠一并映于众人的眼帘。面对此情，外面的聊天者不得不一次又一次地压低声音，以免惊动这位辛苦做工的“老天爷”（南按：因董作宾对同事说话，一开口就老天爷如何如何，青年研究员就给他偷偷起了一个“老天爷”的绰号）。
董作宾着手进行的《殷墟文字乙编》，主要是对殷墟最后三次发掘（第13次至15次）所得甲骨文进行整理著录。殷墟的后三次发掘共出土有字甲骨18405片，其中最主要的是在小屯北地YH127坑出土的一整坑有字甲骨。当时在工地清理不便，连泥带土运到南京史语所住地——北极阁大厦整理。在董作宾的领导下，由胡福林与所内技工关德儒、魏善臣等经过８个月的努力方告完成，共清理出有字甲骨17096片——这是殷墟发掘以来在甲骨文搜集方面最大的收获。“过去，传世所得甲骨大多支离破碎，学者们据此难以确知甲骨的‘全豹’。而现在，只此一坑就有完整大龟三百多版，再加上缀合材料就更多了。因此学者眼界大开，思路广阔了。”＇27＇
按照原计划，由董作宾主持编纂的《殷墟文字乙编》（以下简称《已编》）共分上、中、下三辑，在李庄期间，完成了上、下两辑，分别于1948年和1949年出版。第三辑在复员回南京后编成，1953年于台北艺文印书馆出版。《乙编》编排体例与《甲编》相同，但所收甲骨文要多出几倍，共收入带字甲骨9105片，“所收材料，超过《甲编》的四倍以上，出土的坑位简单明晰；内容新颖而且丰富，研究的价值，也远在《甲编》之上”。
《甲编》的问世，是董作宾、屈万里等人在甲骨学上所作出的又一项具有划时代意义的伟大贡献，正如甲骨学者孟世凯所言：“这种考古学方法著录甲骨的新体例，是甲骨学史上的创举。它不仅体现了近代田野考古学方法引入甲骨学研究领域取得了辉煌成果，也为以后著录科学发掘所得甲骨文提供了范例。”＇28＇
就在主持编撰《甲骨文字乙编》的同时，董作宾开始向倾注了十几年心血的《殷历谱》作最后冲刺。此前，董作宾尝浩叹：“殷周年代，乃古今史学界一大疑案，两千余年以来，异说孔多，悬而不决。并世治史者咸避而不谈，或谈而不能有所定，定于一说者即不免有谬误，实因年代之考定，必资历术，历术艰涩，钻研为苦。而前人论述，各自成说，抉择非易，无所适从也。”＇29＇殷墟发掘之后，董作宾试图通过甲骨卜辞透出的蛛丝马迹考证殷商时代的历法，由历法再转推确切的年代。自1931年在《安阳发掘报告》上发表《卜辞中所见之殷历》开始，经过十几年的艰苦努力，终于取得了可喜的成果。
按史语所后起之秀夏鼐的说法，在“甲骨四堂”中，罗、王、郭“三堂”皆没有田野考古发掘的经验，无法利用地层学知识断代，只能算“室内考古学家”，所取成绩也就相对有了无法弥补的缺憾。而董作宾是亲自参加过８次安阳殷墟系统发掘的甲骨学者，是名副其实的响当当的田野考古学家，对于甲骨文字的断代和研究自然就较其他“三堂”更有科学根据，看问题的眼光也更胜一筹，所取得的成就在前三位之上也就成为一种必然。
1945年4月，董作宾在李庄板栗坳牌坊头简陋的斗室里，完成了在甲骨学史上具有里程碑意义的鸿篇巨制《殷历谱》，并在傅斯年热切关照下于同年在李庄镇石印出版。由于受当时条件的限制，这部“合情、合理又合天”的皇皇巨著只印了200部，每部都有编号，成为一种特殊时代的珍贵见证。
《殷历谱》在李庄成稿后，在出版印刷之前，董作宾专门复印一份寄往时在成都燕京大学任教的史学大师陈寅恪求教。陈氏在回复中对董氏的创见性成就表示了充分肯定：“大著病中匆匆拜读一过，不朽之盛业，惟有合掌赞叹而已。改正朔一端，为前在昆明承教时所未及，尤觉精确新颖。冬至为太阳至南回归线之点，故